More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2162 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  60.82 
 
 
519 aa  661    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  84.85 
 
 
514 aa  892    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  93.59 
 
 
515 aa  983    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  85.63 
 
 
515 aa  901    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  61.45 
 
 
511 aa  653    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  85.83 
 
 
515 aa  904    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  100 
 
 
515 aa  1059    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  99.42 
 
 
515 aa  1055    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  62.16 
 
 
517 aa  676    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  59.81 
 
 
519 aa  650    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  84.97 
 
 
519 aa  895    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  85.63 
 
 
515 aa  901    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  97.48 
 
 
515 aa  1017    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  55.32 
 
 
517 aa  594  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  50.97 
 
 
518 aa  558  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  54.09 
 
 
474 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  50.31 
 
 
485 aa  487  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  49.02 
 
 
554 aa  469  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  44.15 
 
 
517 aa  463  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  46.09 
 
 
552 aa  460  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  47.77 
 
 
495 aa  455  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  45.14 
 
 
528 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  44.18 
 
 
553 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.1 
 
 
532 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  44.36 
 
 
527 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  42.78 
 
 
543 aa  437  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  44.49 
 
 
580 aa  419  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  41.43 
 
 
548 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  40.38 
 
 
539 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  41.3 
 
 
556 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  42.21 
 
 
524 aa  401  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  41.34 
 
 
498 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  39.66 
 
 
550 aa  368  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.05 
 
 
534 aa  362  9e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  38.43 
 
 
515 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  37.07 
 
 
527 aa  351  1e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  37.38 
 
 
534 aa  350  4e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.96 
 
 
530 aa  347  3e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  39.35 
 
 
546 aa  333  3e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  39.69 
 
 
479 aa  328  2.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  39.69 
 
 
479 aa  327  5e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.17 
 
 
472 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.17 
 
 
459 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.82 
 
 
395 aa  297  4e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  38.1 
 
 
487 aa  294  2e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  39.13 
 
 
518 aa  294  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  36.76 
 
 
476 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.97 
 
 
457 aa  295  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  38.1 
 
 
499 aa  294  3e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.85 
 
 
475 aa  293  4e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  38.29 
 
 
442 aa  291  2e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.67 
 
 
457 aa  291  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  37.59 
 
 
442 aa  288  2e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.79 
 
 
465 aa  286  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  36.54 
 
 
476 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  35.56 
 
 
474 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  37.15 
 
 
473 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.2 
 
 
464 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  36.54 
 
 
476 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  38.29 
 
 
445 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  34.5 
 
 
492 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  35.59 
 
 
474 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  35.4 
 
 
474 aa  280  4e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  34.97 
 
 
471 aa  278  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.04 
 
 
455 aa  276  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  37.08 
 
 
446 aa  273  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
539 aa  272  9e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.01 
 
 
452 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  33.01 
 
 
452 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.01 
 
 
452 aa  271  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.01 
 
 
452 aa  271  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.01 
 
 
452 aa  271  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.07 
 
 
406 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.07 
 
 
406 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.01 
 
 
452 aa  271  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.07 
 
 
406 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.07 
 
 
406 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.15 
 
 
455 aa  269  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.58 
 
 
406 aa  263  6e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.58 
 
 
406 aa  263  6e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  33.83 
 
 
477 aa  262  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.71 
 
 
612 aa  261  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  33.71 
 
 
612 aa  261  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  36.36 
 
 
511 aa  259  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  37.38 
 
 
564 aa  258  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  33.9 
 
 
501 aa  256  6e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  36.88 
 
 
570 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  37.25 
 
 
564 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  36.27 
 
 
561 aa  252  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  37.53 
 
 
528 aa  252  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  36.52 
 
 
525 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  36.43 
 
 
557 aa  250  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  37.04 
 
 
524 aa  250  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  36.27 
 
 
525 aa  250  5e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  34.21 
 
 
504 aa  250  5e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  36.57 
 
 
516 aa  249  7e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  36.27 
 
 
525 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  36.79 
 
 
529 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  36.41 
 
 
516 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  36.79 
 
 
529 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>