More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3414 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  79.75 
 
 
471 aa  772    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  87.29 
 
 
477 aa  853    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  77.23 
 
 
483 aa  771    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  77.02 
 
 
483 aa  768    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  77.02 
 
 
483 aa  768    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  100 
 
 
474 aa  979    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  97.68 
 
 
474 aa  959    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  77.23 
 
 
483 aa  770    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  94.73 
 
 
474 aa  932    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.82 
 
 
515 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.91 
 
 
534 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.17 
 
 
552 aa  290  5.0000000000000004e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  33.15 
 
 
543 aa  286  8e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  34.19 
 
 
524 aa  284  3.0000000000000004e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.84 
 
 
554 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  35.82 
 
 
498 aa  282  9e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  35.87 
 
 
515 aa  281  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  34.56 
 
 
517 aa  280  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  34.48 
 
 
519 aa  280  5e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  35.56 
 
 
511 aa  279  9e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.49 
 
 
457 aa  277  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  35.81 
 
 
534 aa  276  5e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  35.62 
 
 
514 aa  276  8e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  35.02 
 
 
515 aa  276  9e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  35.24 
 
 
515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.59 
 
 
455 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  35.4 
 
 
515 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.36 
 
 
532 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.92 
 
 
530 aa  273  7e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35 
 
 
464 aa  273  7e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  35.42 
 
 
519 aa  273  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.39 
 
 
406 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.39 
 
 
406 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.39 
 
 
406 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.39 
 
 
406 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.08 
 
 
528 aa  269  7e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  34.58 
 
 
553 aa  268  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.14 
 
 
517 aa  267  4e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  33.63 
 
 
515 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  33.63 
 
 
515 aa  266  8e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  33.62 
 
 
487 aa  265  1e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.24 
 
 
527 aa  265  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  33.55 
 
 
519 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.28 
 
 
457 aa  264  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  33.41 
 
 
515 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.62 
 
 
499 aa  263  4e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.03 
 
 
465 aa  263  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  34.09 
 
 
492 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  32.83 
 
 
517 aa  261  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1186  Slt family transglycosylase  39.9 
 
 
398 aa  260  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.91 
 
 
452 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.91 
 
 
452 aa  260  4e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.91 
 
 
452 aa  260  4e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.91 
 
 
452 aa  260  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  32.91 
 
 
452 aa  260  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.67 
 
 
475 aa  259  6e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.7 
 
 
455 aa  259  8e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.13 
 
 
472 aa  259  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  35.83 
 
 
473 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.7 
 
 
452 aa  259  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.26 
 
 
459 aa  258  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.7 
 
 
406 aa  257  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.7 
 
 
406 aa  257  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  32.37 
 
 
580 aa  253  7e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  34.15 
 
 
556 aa  252  9.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  32.71 
 
 
476 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  33.66 
 
 
548 aa  252  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  32.02 
 
 
518 aa  252  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  33.5 
 
 
539 aa  251  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  34.51 
 
 
476 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  34.27 
 
 
476 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  32.51 
 
 
474 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.68 
 
 
395 aa  246  8e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  33.74 
 
 
445 aa  239  9e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  31.58 
 
 
527 aa  239  1e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  30.42 
 
 
485 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  32.06 
 
 
550 aa  236  9e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  32.76 
 
 
446 aa  233  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  35.81 
 
 
495 aa  232  9e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  32.2 
 
 
546 aa  230  5e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  32.02 
 
 
518 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  41.18 
 
 
507 aa  221  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  31.45 
 
 
442 aa  218  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  31.2 
 
 
442 aa  217  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  33.17 
 
 
552 aa  216  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.17 
 
 
530 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  30.85 
 
 
561 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  32.76 
 
 
570 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  31.44 
 
 
515 aa  215  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.17 
 
 
530 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  29.88 
 
 
479 aa  215  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.17 
 
 
531 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.17 
 
 
553 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.71 
 
 
495 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.17 
 
 
530 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  29.88 
 
 
479 aa  214  2.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.17 
 
 
530 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.17 
 
 
530 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  30.11 
 
 
504 aa  213  7e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  30.62 
 
 
514 aa  212  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>