More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2115 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  60.42 
 
 
519 aa  635    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
511 aa  1046    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  68.02 
 
 
519 aa  725    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  68.85 
 
 
519 aa  733    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  61.45 
 
 
515 aa  643    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  61.45 
 
 
515 aa  642    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  70.21 
 
 
517 aa  764    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  61.72 
 
 
515 aa  647    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  58.95 
 
 
514 aa  635    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  60.55 
 
 
515 aa  633  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  60.51 
 
 
515 aa  633  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  60.7 
 
 
515 aa  634  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  60.7 
 
 
515 aa  634  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  57.08 
 
 
554 aa  552  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  56.24 
 
 
527 aa  548  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  51.07 
 
 
517 aa  546  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  50.19 
 
 
552 aa  542  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  51.76 
 
 
517 aa  541  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  54.45 
 
 
528 aa  537  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  50.29 
 
 
518 aa  535  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  54.36 
 
 
553 aa  532  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  50.48 
 
 
532 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  52.7 
 
 
474 aa  499  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  50.11 
 
 
485 aa  495  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  46.89 
 
 
543 aa  493  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  52.36 
 
 
495 aa  482  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  49.89 
 
 
580 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  46.68 
 
 
548 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  46.07 
 
 
556 aa  455  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  49.03 
 
 
539 aa  453  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  44.25 
 
 
524 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  45.24 
 
 
550 aa  415  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.47 
 
 
515 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  39.39 
 
 
534 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  38.68 
 
 
527 aa  351  2e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  38.55 
 
 
498 aa  348  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.05 
 
 
530 aa  347  4e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  37.03 
 
 
534 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  39.56 
 
 
546 aa  336  5e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  39.96 
 
 
479 aa  335  1e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  39.74 
 
 
479 aa  335  2e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.43 
 
 
457 aa  329  9e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.95 
 
 
457 aa  323  3e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.91 
 
 
475 aa  317  2e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.62 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.62 
 
 
459 aa  315  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  38.18 
 
 
518 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.63 
 
 
395 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.25 
 
 
464 aa  301  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  36.52 
 
 
442 aa  300  3e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  36.28 
 
 
442 aa  296  6e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.42 
 
 
465 aa  293  5e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  33.79 
 
 
539 aa  290  6e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  35.86 
 
 
483 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.36 
 
 
499 aa  284  3.0000000000000004e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  35.7 
 
 
473 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  34.84 
 
 
476 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.1 
 
 
455 aa  283  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  36.36 
 
 
487 aa  283  6.000000000000001e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  34.27 
 
 
492 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.1 
 
 
406 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.1 
 
 
406 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.1 
 
 
406 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.1 
 
 
406 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  34.84 
 
 
476 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  35.86 
 
 
483 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  35.86 
 
 
483 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  35.24 
 
 
476 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  35.65 
 
 
483 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  35.56 
 
 
474 aa  279  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.06 
 
 
452 aa  276  4e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  34.06 
 
 
452 aa  276  4e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.06 
 
 
452 aa  276  4e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.06 
 
 
452 aa  276  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.06 
 
 
452 aa  276  4e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.06 
 
 
452 aa  276  4e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  34.91 
 
 
474 aa  276  6e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  35.34 
 
 
474 aa  276  7e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  33.77 
 
 
471 aa  276  7e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.72 
 
 
455 aa  276  9e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.12 
 
 
406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.12 
 
 
406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  33.47 
 
 
477 aa  270  4e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  33.46 
 
 
612 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.46 
 
 
612 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  36.55 
 
 
501 aa  263  4e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  35.39 
 
 
446 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  38.93 
 
 
445 aa  262  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  34.15 
 
 
515 aa  261  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  33.92 
 
 
467 aa  260  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  33.48 
 
 
504 aa  258  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  33.48 
 
 
504 aa  257  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  35.32 
 
 
511 aa  256  7e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  35.97 
 
 
570 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  36.01 
 
 
557 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  35.32 
 
 
547 aa  251  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  34.87 
 
 
578 aa  249  1e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  40.41 
 
 
512 aa  248  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  36.3 
 
 
528 aa  247  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  34.16 
 
 
514 aa  247  4e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>