More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1998 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  100 
 
 
552 aa  1128    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  52.48 
 
 
554 aa  611  1e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  52.93 
 
 
553 aa  600  1e-170  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  49.82 
 
 
511 aa  545  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  52.1 
 
 
519 aa  542  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  53.18 
 
 
519 aa  542  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  48.24 
 
 
517 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  47.86 
 
 
548 aa  526  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  48.38 
 
 
543 aa  527  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  48.53 
 
 
527 aa  523  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  45.99 
 
 
532 aa  514  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  46.86 
 
 
528 aa  511  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  46.62 
 
 
517 aa  510  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  48.63 
 
 
580 aa  496  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  44.65 
 
 
556 aa  486  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  44.83 
 
 
539 aa  486  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  47.19 
 
 
524 aa  476  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  42.75 
 
 
518 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  42.94 
 
 
515 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  43.67 
 
 
514 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  42.57 
 
 
519 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  42.75 
 
 
515 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  42.75 
 
 
515 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  42.7 
 
 
515 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  42.88 
 
 
515 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  42.88 
 
 
515 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  41.42 
 
 
515 aa  444  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  44.68 
 
 
550 aa  437  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  41.45 
 
 
517 aa  438  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  42.41 
 
 
474 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  40.85 
 
 
485 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  40.07 
 
 
495 aa  375  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  38.54 
 
 
479 aa  369  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  37.24 
 
 
498 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  38.33 
 
 
479 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.96 
 
 
534 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  38.22 
 
 
515 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.63 
 
 
530 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  35.26 
 
 
534 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  39.16 
 
 
442 aa  334  2e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  39.16 
 
 
442 aa  331  3e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.16 
 
 
472 aa  330  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.16 
 
 
459 aa  330  5.0000000000000004e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  34.69 
 
 
546 aa  327  3e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.9 
 
 
499 aa  323  4e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  36.46 
 
 
487 aa  322  9.999999999999999e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.48 
 
 
475 aa  322  9.999999999999999e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.58 
 
 
395 aa  321  1.9999999999999998e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  35.44 
 
 
527 aa  318  2e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.88 
 
 
457 aa  312  7.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.76 
 
 
465 aa  312  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  36.85 
 
 
518 aa  311  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.38 
 
 
457 aa  309  8e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  31.99 
 
 
539 aa  306  7e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35 
 
 
464 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.39 
 
 
455 aa  301  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.36 
 
 
455 aa  300  4e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.32 
 
 
406 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.32 
 
 
406 aa  300  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.32 
 
 
406 aa  300  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.32 
 
 
406 aa  300  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  38.85 
 
 
476 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  38.63 
 
 
476 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  38.85 
 
 
476 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  35.29 
 
 
473 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  36.79 
 
 
492 aa  296  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.4 
 
 
452 aa  296  8e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.4 
 
 
452 aa  296  8e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.4 
 
 
452 aa  296  8e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  35.4 
 
 
452 aa  296  8e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.4 
 
 
452 aa  296  8e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.14 
 
 
452 aa  295  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  37.99 
 
 
446 aa  294  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.14 
 
 
406 aa  292  8e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.14 
 
 
406 aa  292  8e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  38.94 
 
 
445 aa  291  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  33.61 
 
 
471 aa  288  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  38.22 
 
 
483 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  36.23 
 
 
474 aa  288  2e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  37.5 
 
 
483 aa  286  5e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  35.99 
 
 
474 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  37.5 
 
 
483 aa  286  7e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  37.5 
 
 
483 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1205  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.9 
 
 
426 aa  282  1e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.627815  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  35.75 
 
 
474 aa  282  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  35.56 
 
 
477 aa  278  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  34.71 
 
 
529 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  35.33 
 
 
524 aa  271  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  34.63 
 
 
561 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  34.71 
 
 
529 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  34.17 
 
 
528 aa  269  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  38.39 
 
 
467 aa  267  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  34 
 
 
562 aa  267  5e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  35.06 
 
 
525 aa  267  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  35.06 
 
 
525 aa  267  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  35.06 
 
 
525 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  36 
 
 
515 aa  266  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  32.87 
 
 
564 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  37.26 
 
 
570 aa  264  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.57 
 
 
564 aa  263  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>