More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1124 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
596 aa  1219    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  63.53 
 
 
661 aa  761    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  52.43 
 
 
570 aa  571  1e-161  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  49.83 
 
 
650 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  54.98 
 
 
561 aa  547  1e-154  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
556 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  50.11 
 
 
522 aa  438  1e-121  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  35.53 
 
 
610 aa  318  1e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  39.22 
 
 
523 aa  315  1.9999999999999998e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  40.12 
 
 
440 aa  283  6.000000000000001e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  33.39 
 
 
733 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  40 
 
 
451 aa  272  1e-71  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.18 
 
 
617 aa  259  7e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  32.04 
 
 
498 aa  248  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  34.91 
 
 
495 aa  248  3e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  38.84 
 
 
405 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  33.4 
 
 
523 aa  243  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  28.65 
 
 
638 aa  209  9e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  34.1 
 
 
595 aa  204  5e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  28.11 
 
 
620 aa  200  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  30.37 
 
 
544 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.34 
 
 
554 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  30.98 
 
 
580 aa  195  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  32.37 
 
 
539 aa  195  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.35 
 
 
534 aa  194  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.35 
 
 
515 aa  194  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
452 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
452 aa  192  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
406 aa  192  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
452 aa  192  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
452 aa  192  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
406 aa  192  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  33.97 
 
 
452 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.97 
 
 
452 aa  192  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  31.47 
 
 
511 aa  188  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.22 
 
 
457 aa  186  8e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.49 
 
 
457 aa  186  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  30.28 
 
 
543 aa  185  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  32.6 
 
 
473 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  29.31 
 
 
553 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  28.69 
 
 
612 aa  184  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.69 
 
 
612 aa  184  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  32.1 
 
 
556 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.89 
 
 
464 aa  181  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  30.63 
 
 
548 aa  179  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  30.61 
 
 
534 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.09 
 
 
406 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.09 
 
 
455 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.09 
 
 
406 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.09 
 
 
406 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.52 
 
 
530 aa  178  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  30.02 
 
 
527 aa  177  5e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.81 
 
 
465 aa  177  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  29.65 
 
 
587 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  29.28 
 
 
544 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.82 
 
 
406 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  31.29 
 
 
517 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.09 
 
 
455 aa  174  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.58 
 
 
459 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.58 
 
 
472 aa  173  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  31.52 
 
 
476 aa  173  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.56 
 
 
395 aa  172  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  30.18 
 
 
519 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  29.78 
 
 
524 aa  172  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  29.71 
 
 
487 aa  172  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.43 
 
 
517 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  28.51 
 
 
514 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.98 
 
 
532 aa  171  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  29.1 
 
 
547 aa  170  6e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  29.43 
 
 
519 aa  170  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  29.89 
 
 
498 aa  170  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  31.83 
 
 
476 aa  169  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.77 
 
 
552 aa  169  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.87 
 
 
528 aa  169  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  28.01 
 
 
506 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  31.83 
 
 
476 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  27.67 
 
 
498 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  28.44 
 
 
515 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  27.71 
 
 
484 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  28.21 
 
 
515 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.92 
 
 
475 aa  165  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  30.81 
 
 
492 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  29.41 
 
 
550 aa  164  6e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  31.03 
 
 
415 aa  163  7e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  27.98 
 
 
515 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  30.24 
 
 
546 aa  162  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  27.98 
 
 
515 aa  161  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  27.52 
 
 
515 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  28.44 
 
 
499 aa  160  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  28.63 
 
 
487 aa  160  7e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.63 
 
 
499 aa  160  9e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  25 
 
 
517 aa  160  9e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  27.4 
 
 
515 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  27.29 
 
 
519 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  28.35 
 
 
447 aa  159  1e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  27.06 
 
 
515 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  28.05 
 
 
499 aa  158  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  27.6 
 
 
507 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  30.45 
 
 
495 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  30.7 
 
 
518 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>