More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1379 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  72.92 
 
 
561 aa  671    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
556 aa  1141    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  57.09 
 
 
570 aa  612  9.999999999999999e-175  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  54.31 
 
 
650 aa  597  1e-169  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
596 aa  508  1e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  50.94 
 
 
661 aa  498  1e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  57.61 
 
 
522 aa  432  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  36.06 
 
 
610 aa  313  4.999999999999999e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  34.31 
 
 
523 aa  311  2e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  41.81 
 
 
440 aa  304  3.0000000000000004e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  42.96 
 
 
451 aa  282  1e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  39.69 
 
 
495 aa  261  2e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  37.59 
 
 
405 aa  256  6e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  31.19 
 
 
523 aa  242  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  29.61 
 
 
498 aa  230  6e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  33.13 
 
 
733 aa  220  5e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  29.76 
 
 
587 aa  171  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  27.63 
 
 
638 aa  169  9e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  34.67 
 
 
451 aa  164  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.3 
 
 
617 aa  160  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  29.44 
 
 
447 aa  159  2e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  28.63 
 
 
618 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  28.84 
 
 
527 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  28.28 
 
 
620 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  28.89 
 
 
595 aa  148  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  30.64 
 
 
419 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  28.85 
 
 
415 aa  147  6e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  27.33 
 
 
487 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  28.23 
 
 
544 aa  145  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  26.09 
 
 
448 aa  145  3e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  25.5 
 
 
547 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  28.21 
 
 
484 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.25 
 
 
530 aa  140  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  28.41 
 
 
492 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  29.48 
 
 
544 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  26.06 
 
 
507 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  26.22 
 
 
506 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  28.85 
 
 
499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  28.34 
 
 
534 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  25.04 
 
 
556 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  29.54 
 
 
546 aa  134  5e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  31.78 
 
 
281 aa  133  9e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  29.12 
 
 
570 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.17 
 
 
534 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  28.54 
 
 
580 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.17 
 
 
515 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  26.5 
 
 
483 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  34.73 
 
 
511 aa  131  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  26.5 
 
 
483 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  26.55 
 
 
483 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  27.85 
 
 
524 aa  130  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  24.95 
 
 
499 aa  130  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  29.01 
 
 
446 aa  130  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  26.16 
 
 
483 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  31 
 
 
557 aa  130  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  29.94 
 
 
473 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  26.29 
 
 
554 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  30.41 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  29.25 
 
 
467 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  37.56 
 
 
507 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  28.01 
 
 
539 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  29.25 
 
 
573 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.75 
 
 
457 aa  128  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  33.03 
 
 
476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  32.72 
 
 
476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  29.48 
 
 
377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  33.72 
 
 
564 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  26.71 
 
 
517 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.44 
 
 
457 aa  127  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  24.58 
 
 
498 aa  127  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.06 
 
 
495 aa  127  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  26.97 
 
 
442 aa  126  9e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
561 aa  126  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.91 
 
 
452 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.91 
 
 
452 aa  126  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.91 
 
 
452 aa  126  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  26.32 
 
 
519 aa  126  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  27.91 
 
 
452 aa  126  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.48 
 
 
464 aa  126  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.91 
 
 
452 aa  126  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.91 
 
 
452 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  26.84 
 
 
474 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  33.72 
 
 
529 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  25.68 
 
 
474 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  33.72 
 
 
529 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  33.46 
 
 
528 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.27 
 
 
459 aa  125  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  34.16 
 
 
524 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  27.78 
 
 
543 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 
564 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.27 
 
 
472 aa  125  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  35.59 
 
 
1021 aa  125  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.59 
 
 
1001 aa  125  3e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.7 
 
 
406 aa  125  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.06 
 
 
395 aa  124  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.7 
 
 
406 aa  125  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  26.07 
 
 
403 aa  124  4e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  38.89 
 
 
1079 aa  124  4e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
322 aa  124  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  26.19 
 
 
515 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>