More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0139 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  100 
 
 
451 aa  929    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  41.77 
 
 
650 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  43.92 
 
 
570 aa  295  9e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  42.96 
 
 
556 aa  293  6e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  41.8 
 
 
561 aa  286  4e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  42.82 
 
 
661 aa  281  2e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 
596 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  40.16 
 
 
522 aa  274  3e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  39.22 
 
 
523 aa  269  8.999999999999999e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  39.6 
 
 
440 aa  268  2e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  40.5 
 
 
405 aa  260  3e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  39.44 
 
 
495 aa  257  4e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  38.68 
 
 
610 aa  254  3e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  37.39 
 
 
733 aa  227  3e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  31.77 
 
 
498 aa  215  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  40.7 
 
 
523 aa  203  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  33.7 
 
 
595 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  30.35 
 
 
544 aa  159  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  33.65 
 
 
419 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  29.09 
 
 
620 aa  156  7e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  30.5 
 
 
638 aa  156  9e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  29.16 
 
 
487 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  29.92 
 
 
484 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  30.85 
 
 
451 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  31.63 
 
 
499 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.56 
 
 
534 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.25 
 
 
515 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  32.22 
 
 
473 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  32.12 
 
 
476 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  32.12 
 
 
476 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  31.04 
 
 
506 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  33.55 
 
 
534 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.66 
 
 
617 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.22 
 
 
530 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  31.56 
 
 
476 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  29.81 
 
 
507 aa  147  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  27.78 
 
 
499 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  28.76 
 
 
447 aa  144  3e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.22 
 
 
395 aa  144  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.22 
 
 
459 aa  143  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  29.94 
 
 
448 aa  143  5e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.22 
 
 
472 aa  143  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  33.99 
 
 
377 aa  143  7e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.11 
 
 
452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.6 
 
 
554 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  29.41 
 
 
446 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  30.58 
 
 
587 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.9 
 
 
475 aa  140  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  29.7 
 
 
487 aa  140  4.999999999999999e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.79 
 
 
452 aa  140  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.79 
 
 
406 aa  140  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.7 
 
 
499 aa  140  6e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.79 
 
 
452 aa  140  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.79 
 
 
452 aa  140  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.79 
 
 
452 aa  140  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  32.79 
 
 
452 aa  140  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.79 
 
 
406 aa  140  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  31.08 
 
 
618 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  31.51 
 
 
556 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  30.71 
 
 
543 aa  136  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  29.14 
 
 
492 aa  136  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  28.69 
 
 
483 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  30.25 
 
 
547 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  36.11 
 
 
511 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.61 
 
 
464 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  32.32 
 
 
442 aa  135  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  31.4 
 
 
550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.49 
 
 
457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  28.85 
 
 
379 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  31.56 
 
 
539 aa  134  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.25 
 
 
552 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  31.91 
 
 
512 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  31.69 
 
 
544 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  29.56 
 
 
483 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.84 
 
 
457 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  32 
 
 
281 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  29.56 
 
 
483 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  27.51 
 
 
498 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  30 
 
 
483 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  36.77 
 
 
564 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  28.25 
 
 
498 aa  132  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  30.35 
 
 
458 aa  132  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  34.62 
 
 
531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  36.04 
 
 
561 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  36.77 
 
 
557 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  28.42 
 
 
501 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  29.79 
 
 
546 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.04 
 
 
564 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  30.67 
 
 
553 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  36.28 
 
 
516 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.19 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.19 
 
 
553 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  34.19 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  34.19 
 
 
552 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.19 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.19 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  36.28 
 
 
516 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.19 
 
 
530 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  29.84 
 
 
524 aa  131  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  31.8 
 
 
539 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>