More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4010 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  63.55 
 
 
506 aa  661    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  70.61 
 
 
484 aa  647    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  70.31 
 
 
499 aa  659    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
507 aa  1038    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  75.24 
 
 
487 aa  647    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  61.86 
 
 
498 aa  568  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  57.48 
 
 
499 aa  524  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  45.63 
 
 
617 aa  375  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  39.3 
 
 
638 aa  267  2.9999999999999995e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  40.39 
 
 
544 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  38.02 
 
 
572 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  34.64 
 
 
733 aa  260  4e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  38.39 
 
 
573 aa  256  7e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  38.16 
 
 
573 aa  252  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  36.08 
 
 
620 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  34.27 
 
 
693 aa  235  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  34.6 
 
 
544 aa  232  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  34.9 
 
 
448 aa  231  2e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  36.71 
 
 
547 aa  225  1e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  34.52 
 
 
548 aa  222  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  36.09 
 
 
587 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.73 
 
 
554 aa  213  5.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  34.51 
 
 
553 aa  204  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  32.46 
 
 
618 aa  202  8e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  33.15 
 
 
580 aa  202  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.88 
 
 
532 aa  200  5e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  35.73 
 
 
479 aa  197  4.0000000000000005e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  35.83 
 
 
479 aa  196  7e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  32.58 
 
 
403 aa  195  2e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  34.45 
 
 
539 aa  194  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  33.51 
 
 
556 aa  194  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.48 
 
 
552 aa  194  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  31.68 
 
 
543 aa  193  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  33.06 
 
 
517 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  31.96 
 
 
517 aa  190  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  30.95 
 
 
495 aa  190  5e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  31.64 
 
 
511 aa  188  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  33.25 
 
 
485 aa  188  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  33.97 
 
 
524 aa  187  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  31.22 
 
 
415 aa  187  4e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  30.94 
 
 
518 aa  186  6e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  30.16 
 
 
447 aa  186  7e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  37.07 
 
 
281 aa  185  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  31.42 
 
 
403 aa  184  3e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  34.82 
 
 
518 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  34.32 
 
 
515 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  33.87 
 
 
514 aa  182  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  34.32 
 
 
515 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  34.32 
 
 
515 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  34.32 
 
 
519 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.71 
 
 
528 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.25 
 
 
517 aa  181  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  28.18 
 
 
610 aa  181  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  32.53 
 
 
404 aa  180  4.999999999999999e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  33.7 
 
 
495 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  34.04 
 
 
498 aa  179  8e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  31.59 
 
 
519 aa  179  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  32.8 
 
 
442 aa  177  3e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  31.33 
 
 
515 aa  177  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  34.31 
 
 
515 aa  176  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.25 
 
 
530 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  33.06 
 
 
515 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  34.12 
 
 
476 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  35.6 
 
 
476 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  32.05 
 
 
595 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  34.12 
 
 
476 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  30.83 
 
 
515 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  30.1 
 
 
498 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.75 
 
 
474 aa  173  9e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  32.24 
 
 
446 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  29.6 
 
 
523 aa  172  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.98 
 
 
519 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  32.24 
 
 
487 aa  171  3e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.24 
 
 
499 aa  171  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  33.07 
 
 
534 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  34.33 
 
 
515 aa  170  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  29.86 
 
 
522 aa  170  7e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  33.86 
 
 
473 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  29.79 
 
 
546 aa  169  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.93 
 
 
459 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.37 
 
 
527 aa  168  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.38 
 
 
472 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.23 
 
 
534 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  29.32 
 
 
523 aa  167  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.27 
 
 
372 aa  167  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.38 
 
 
395 aa  167  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  33.83 
 
 
492 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  33.06 
 
 
525 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  35.56 
 
 
372 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  31.13 
 
 
442 aa  165  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  33.44 
 
 
379 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.37 
 
 
464 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  33.06 
 
 
525 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.5 
 
 
465 aa  164  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  35.21 
 
 
372 aa  164  5.0000000000000005e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  31.4 
 
 
442 aa  163  6e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  32.79 
 
 
525 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  29.31 
 
 
527 aa  163  9e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.61 
 
 
553 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.38 
 
 
455 aa  162  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>