More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2728 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
547 aa  1118    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  40.71 
 
 
620 aa  458  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  45.78 
 
 
544 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  40.75 
 
 
618 aa  392  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  40.54 
 
 
587 aa  387  1e-106  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.57 
 
 
617 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  35.13 
 
 
555 aa  265  1e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  36.78 
 
 
442 aa  245  1.9999999999999999e-63  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  32.84 
 
 
556 aa  239  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  31.35 
 
 
553 aa  239  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  32.96 
 
 
595 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.61 
 
 
528 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.96 
 
 
532 aa  231  2e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  34.61 
 
 
518 aa  229  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  36.73 
 
 
506 aa  228  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  38.34 
 
 
487 aa  226  1e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  36.71 
 
 
507 aa  225  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.2 
 
 
527 aa  224  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.8 
 
 
534 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.93 
 
 
552 aa  223  8e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.2 
 
 
515 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.4 
 
 
554 aa  222  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  31.79 
 
 
580 aa  221  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  33.06 
 
 
524 aa  220  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  36.83 
 
 
733 aa  220  6e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  35.8 
 
 
448 aa  218  2e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  32.55 
 
 
638 aa  217  5e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  34.25 
 
 
548 aa  217  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  31.81 
 
 
543 aa  216  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  35.24 
 
 
544 aa  216  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  36.72 
 
 
499 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.47 
 
 
517 aa  213  4.9999999999999996e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  32.47 
 
 
517 aa  211  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  36.79 
 
 
484 aa  210  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  32.74 
 
 
527 aa  210  6e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.41 
 
 
519 aa  208  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  32.19 
 
 
517 aa  208  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  32.98 
 
 
519 aa  207  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  34.26 
 
 
498 aa  207  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  35.15 
 
 
534 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  36.55 
 
 
499 aa  204  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  32.87 
 
 
539 aa  204  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.94 
 
 
530 aa  203  6e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  34.7 
 
 
498 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.6 
 
 
447 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  33.26 
 
 
693 aa  197  5.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  29.66 
 
 
550 aa  196  6e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  31.32 
 
 
511 aa  196  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  30.5 
 
 
518 aa  195  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  33.11 
 
 
514 aa  192  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  29.89 
 
 
546 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  32.48 
 
 
572 aa  191  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  31.92 
 
 
573 aa  187  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  31.52 
 
 
515 aa  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  31.69 
 
 
573 aa  186  9e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  31.84 
 
 
415 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  31.87 
 
 
487 aa  185  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.48 
 
 
612 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  29.48 
 
 
612 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  30.13 
 
 
539 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.87 
 
 
499 aa  184  3e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  31.73 
 
 
515 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  31.73 
 
 
515 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  32.68 
 
 
495 aa  183  8.000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.02 
 
 
457 aa  182  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  31.74 
 
 
523 aa  182  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  27.42 
 
 
610 aa  181  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  28.92 
 
 
498 aa  179  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  30.48 
 
 
515 aa  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.97 
 
 
475 aa  176  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  31.47 
 
 
403 aa  175  1.9999999999999998e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  29.07 
 
 
596 aa  174  5e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  31.22 
 
 
515 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.39 
 
 
464 aa  172  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.56 
 
 
457 aa  172  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  30.68 
 
 
515 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  30.72 
 
 
561 aa  171  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  33.69 
 
 
511 aa  172  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  31.51 
 
 
519 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  26.04 
 
 
477 aa  170  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  30.79 
 
 
515 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  30.21 
 
 
661 aa  170  5e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  27.77 
 
 
471 aa  170  6e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  31.08 
 
 
403 aa  170  7e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  28.08 
 
 
474 aa  170  7e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  28.6 
 
 
504 aa  169  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  27.85 
 
 
474 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.08 
 
 
472 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  32.11 
 
 
404 aa  168  2e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.08 
 
 
459 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  31.41 
 
 
523 aa  168  2.9999999999999998e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  27.85 
 
 
474 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  29.93 
 
 
479 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  35.71 
 
 
476 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  33.56 
 
 
473 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  26.14 
 
 
570 aa  166  8e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  29.78 
 
 
515 aa  166  9e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  29.7 
 
 
479 aa  166  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  28.4 
 
 
504 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  31.51 
 
 
467 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>