More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4500 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
523 aa  1082    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  49.59 
 
 
498 aa  473  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  41.47 
 
 
495 aa  364  2e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  33.73 
 
 
570 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  32.16 
 
 
610 aa  252  9.000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  31.91 
 
 
650 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  36.79 
 
 
523 aa  244  3e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  33.4 
 
 
596 aa  242  9e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  31.19 
 
 
556 aa  242  1e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  30.9 
 
 
733 aa  238  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  32.79 
 
 
561 aa  237  4e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  33.89 
 
 
440 aa  235  1.0000000000000001e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  32.15 
 
 
661 aa  235  2.0000000000000002e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  35.62 
 
 
405 aa  226  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  33.26 
 
 
544 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  30.92 
 
 
522 aa  218  2e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.51 
 
 
617 aa  213  5.999999999999999e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  30.06 
 
 
638 aa  213  5.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  32.15 
 
 
451 aa  208  2e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.22 
 
 
447 aa  203  5e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  30.51 
 
 
620 aa  203  5e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  31.22 
 
 
487 aa  183  7e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  31.74 
 
 
547 aa  182  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  30.71 
 
 
484 aa  177  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  34.74 
 
 
451 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  27.56 
 
 
595 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  28.66 
 
 
587 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  30.12 
 
 
499 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  28.9 
 
 
498 aa  169  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  29.32 
 
 
507 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  28.11 
 
 
506 aa  167  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.35 
 
 
530 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  28.41 
 
 
534 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  29.87 
 
 
499 aa  163  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  29.01 
 
 
448 aa  159  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  28.08 
 
 
518 aa  159  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  29.49 
 
 
693 aa  158  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.21 
 
 
515 aa  156  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.25 
 
 
534 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  36.21 
 
 
618 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  36.1 
 
 
281 aa  154  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  34.96 
 
 
322 aa  153  8e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  29.02 
 
 
544 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.45 
 
 
556 aa  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  34.99 
 
 
446 aa  151  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  28.02 
 
 
498 aa  150  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  31.39 
 
 
570 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  28.42 
 
 
543 aa  146  7.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.5 
 
 
499 aa  145  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  26.21 
 
 
552 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  25.81 
 
 
555 aa  143  8e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  30.53 
 
 
557 aa  143  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  28.27 
 
 
487 aa  142  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  28.75 
 
 
561 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.12 
 
 
532 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  29.3 
 
 
501 aa  140  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  29.07 
 
 
539 aa  139  8.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  29.6 
 
 
516 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  29.6 
 
 
516 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  30.05 
 
 
528 aa  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.93 
 
 
564 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  28.93 
 
 
564 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  29.44 
 
 
476 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  30.72 
 
 
372 aa  138  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  29.95 
 
 
525 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  28.19 
 
 
553 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  28.33 
 
 
529 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  26.89 
 
 
403 aa  137  4e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  39.56 
 
 
276 aa  137  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  29.44 
 
 
476 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  27.32 
 
 
403 aa  137  5e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  30 
 
 
511 aa  137  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  29.67 
 
 
476 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  28.3 
 
 
529 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  26.18 
 
 
524 aa  137  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  30.38 
 
 
372 aa  136  7.000000000000001e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  29.7 
 
 
525 aa  136  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  29.7 
 
 
525 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  27.8 
 
 
580 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  26.7 
 
 
479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.66 
 
 
372 aa  134  3e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  30.39 
 
 
531 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  25.99 
 
 
517 aa  134  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  26.23 
 
 
479 aa  134  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  35.02 
 
 
379 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  26.25 
 
 
415 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  26.55 
 
 
419 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.1 
 
 
528 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  28.18 
 
 
524 aa  134  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  26.41 
 
 
518 aa  133  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  28.28 
 
 
539 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  27.46 
 
 
519 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  29.83 
 
 
552 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  28.37 
 
 
515 aa  132  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.83 
 
 
530 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.95 
 
 
457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.83 
 
 
530 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  29.83 
 
 
530 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.83 
 
 
553 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  27.2 
 
 
511 aa  131  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>