More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0486 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
419 aa  869    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  52.41 
 
 
377 aa  369  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0523  hypothetical protein  47.81 
 
 
247 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.373296  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1361  Lytic transglycosylase catalytic  35.27 
 
 
324 aa  186  9e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12858  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.59 
 
 
311 aa  167  4e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  30.63 
 
 
499 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  33.44 
 
 
595 aa  163  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.33 
 
 
451 aa  162  1e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  31.4 
 
 
495 aa  160  5e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  32.51 
 
 
499 aa  159  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  33.02 
 
 
587 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  30.23 
 
 
447 aa  154  2e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  28.11 
 
 
487 aa  153  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  29.47 
 
 
507 aa  152  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  30.81 
 
 
561 aa  153  7e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  32.61 
 
 
733 aa  152  8e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.98 
 
 
452 aa  152  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  29.75 
 
 
544 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.98 
 
 
452 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  29.98 
 
 
452 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.98 
 
 
452 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.98 
 
 
452 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.98 
 
 
452 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  30.64 
 
 
556 aa  151  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  30.31 
 
 
570 aa  150  5e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  31.09 
 
 
506 aa  149  7e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  32.46 
 
 
484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  31.01 
 
 
440 aa  149  1.0000000000000001e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  30.12 
 
 
596 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  32.7 
 
 
661 aa  147  3e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  31.32 
 
 
446 aa  147  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.52 
 
 
406 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  30.92 
 
 
501 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.52 
 
 
406 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  31.14 
 
 
547 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  31.53 
 
 
498 aa  144  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  26.22 
 
 
523 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.97 
 
 
464 aa  144  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  31.44 
 
 
507 aa  143  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  29.32 
 
 
405 aa  143  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  29.78 
 
 
650 aa  142  9e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  36.29 
 
 
516 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.48 
 
 
455 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  36.29 
 
 
516 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.54 
 
 
515 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  27.93 
 
 
498 aa  141  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.54 
 
 
534 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  37.62 
 
 
276 aa  139  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.71 
 
 
530 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  27.92 
 
 
544 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.02 
 
 
564 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  29.13 
 
 
528 aa  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  33.12 
 
 
539 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0499  Lytic transglycosylase catalytic  34.2 
 
 
279 aa  139  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  36.02 
 
 
561 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  28.96 
 
 
557 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.94 
 
 
617 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  31.55 
 
 
522 aa  138  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  32.48 
 
 
476 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  35.59 
 
 
564 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.2 
 
 
455 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  35.44 
 
 
451 aa  137  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  28.22 
 
 
534 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  32.13 
 
 
524 aa  137  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0033  Lytic transglycosylase catalytic  33.43 
 
 
365 aa  137  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  27.49 
 
 
504 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 
1021 aa  136  8e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.33 
 
 
1001 aa  136  9e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  32.13 
 
 
529 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  32.91 
 
 
476 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  28.77 
 
 
479 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  36.64 
 
 
693 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.1 
 
 
459 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  31.12 
 
 
570 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.1 
 
 
472 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  32.13 
 
 
529 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  28.77 
 
 
479 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  27.27 
 
 
504 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  33.23 
 
 
476 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  25.96 
 
 
620 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  28.36 
 
 
498 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  31.07 
 
 
556 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.33 
 
 
465 aa  133  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  31.33 
 
 
638 aa  133  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  29.69 
 
 
448 aa  132  7.999999999999999e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  29.68 
 
 
618 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  32.13 
 
 
525 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.17 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.57 
 
 
395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  32.13 
 
 
525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  35.17 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.17 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.17 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  35.17 
 
 
552 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  35.17 
 
 
531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.17 
 
 
553 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  32.13 
 
 
525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.17 
 
 
530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.73 
 
 
406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  29.64 
 
 
572 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>