More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2218 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  56.25 
 
 
587 aa  650    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
618 aa  1268    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  49.66 
 
 
544 aa  558  1e-158  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  38.07 
 
 
620 aa  410  1e-113  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  39.07 
 
 
547 aa  397  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  42.05 
 
 
555 aa  395  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.63 
 
 
617 aa  246  6.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  30.67 
 
 
733 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.73 
 
 
530 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  30.4 
 
 
534 aa  224  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  32.8 
 
 
498 aa  224  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  31.26 
 
 
518 aa  221  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  29.57 
 
 
580 aa  218  2.9999999999999998e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  34.78 
 
 
506 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.86 
 
 
552 aa  212  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  35.31 
 
 
544 aa  212  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  34.31 
 
 
499 aa  212  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  33.09 
 
 
448 aa  210  7e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.66 
 
 
534 aa  209  9e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.75 
 
 
515 aa  209  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.63 
 
 
554 aa  207  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  28.52 
 
 
638 aa  207  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.38 
 
 
528 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  32.68 
 
 
507 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  31.4 
 
 
499 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  29.82 
 
 
539 aa  201  5e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  28.8 
 
 
524 aa  200  7e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  33.73 
 
 
487 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  32.34 
 
 
442 aa  197  5.000000000000001e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  28.14 
 
 
548 aa  196  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.01 
 
 
532 aa  194  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  27.69 
 
 
610 aa  193  7e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  31.51 
 
 
498 aa  193  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  29.7 
 
 
495 aa  193  9e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.19 
 
 
517 aa  191  2.9999999999999997e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  32.87 
 
 
572 aa  191  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  29.18 
 
 
479 aa  190  5.999999999999999e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  33.25 
 
 
484 aa  189  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  28.08 
 
 
543 aa  189  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  28.96 
 
 
479 aa  188  3e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  31.28 
 
 
595 aa  188  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  26.53 
 
 
553 aa  187  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  37.14 
 
 
447 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.17 
 
 
556 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  27.37 
 
 
612 aa  186  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.37 
 
 
612 aa  186  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  28.24 
 
 
519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.27 
 
 
527 aa  184  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  33.07 
 
 
512 aa  182  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  29.93 
 
 
557 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  27.4 
 
 
517 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  31.29 
 
 
573 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  32.59 
 
 
511 aa  180  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  28.21 
 
 
511 aa  180  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  28.79 
 
 
523 aa  180  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  27.26 
 
 
550 aa  180  9e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  28.33 
 
 
527 aa  179  9e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  31.06 
 
 
573 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  29.56 
 
 
515 aa  177  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  28.94 
 
 
504 aa  177  6e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  31.15 
 
 
504 aa  177  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  30.26 
 
 
501 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.5 
 
 
474 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  30.93 
 
 
492 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  34.62 
 
 
514 aa  174  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  27.02 
 
 
517 aa  171  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  31.34 
 
 
528 aa  171  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  31.6 
 
 
525 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  31.6 
 
 
525 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  26.78 
 
 
519 aa  171  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  31.6 
 
 
525 aa  171  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  29.06 
 
 
495 aa  171  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  31.28 
 
 
524 aa  170  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  32.23 
 
 
570 aa  170  9e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  29.59 
 
 
564 aa  169  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  29.95 
 
 
523 aa  169  2e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 
467 aa  169  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  27.26 
 
 
661 aa  168  2.9999999999999998e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.82 
 
 
564 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  34.82 
 
 
440 aa  167  5e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  31.09 
 
 
529 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  28.23 
 
 
515 aa  167  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  28.06 
 
 
515 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  28.33 
 
 
415 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  30.71 
 
 
485 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.02 
 
 
515 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  31.94 
 
 
458 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  27.73 
 
 
514 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  26.38 
 
 
518 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  30.63 
 
 
529 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  27.42 
 
 
515 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.46 
 
 
499 aa  164  5.0000000000000005e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  30.39 
 
 
578 aa  163  7e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  29.46 
 
 
487 aa  163  8.000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  31.3 
 
 
476 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  28.49 
 
 
693 aa  163  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  31.3 
 
 
476 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  32.6 
 
 
531 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  31.28 
 
 
524 aa  162  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.55 
 
 
457 aa  161  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>