More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0965 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  64.47 
 
 
561 aa  680    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
570 aa  1177    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  65.88 
 
 
650 aa  793    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  56.91 
 
 
556 aa  621  1e-176  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  54.07 
 
 
661 aa  575  1.0000000000000001e-162  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  52.43 
 
 
596 aa  566  1e-160  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  51.8 
 
 
522 aa  481  1e-134  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  38.31 
 
 
610 aa  364  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  41.68 
 
 
523 aa  349  8e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  44.07 
 
 
440 aa  315  1.9999999999999998e-84  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  43.24 
 
 
451 aa  289  1e-76  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  37.78 
 
 
495 aa  270  4e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  34.9 
 
 
523 aa  265  2e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  39.56 
 
 
405 aa  259  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  31.55 
 
 
498 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  33.02 
 
 
733 aa  239  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.19 
 
 
617 aa  210  6e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  31.42 
 
 
544 aa  206  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  29.69 
 
 
638 aa  198  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  32.55 
 
 
580 aa  195  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  27.91 
 
 
620 aa  192  1e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  31.04 
 
 
595 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.3 
 
 
534 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.3 
 
 
515 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.88 
 
 
552 aa  181  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  26.73 
 
 
547 aa  172  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.54 
 
 
554 aa  171  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  30.02 
 
 
543 aa  171  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  29.93 
 
 
553 aa  171  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  28.07 
 
 
618 aa  170  8e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.22 
 
 
528 aa  169  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  28.07 
 
 
546 aa  169  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  30.9 
 
 
498 aa  168  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  27.29 
 
 
587 aa  169  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  29.42 
 
 
548 aa  168  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  27.77 
 
 
524 aa  167  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.73 
 
 
530 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.78 
 
 
556 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  27.45 
 
 
511 aa  163  7e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  30.54 
 
 
492 aa  163  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  29.33 
 
 
539 aa  162  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.49 
 
 
532 aa  161  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  28.21 
 
 
506 aa  160  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  28.48 
 
 
534 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.41 
 
 
527 aa  159  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  27.07 
 
 
514 aa  159  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  27.79 
 
 
519 aa  158  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  29.09 
 
 
442 aa  157  4e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.89 
 
 
517 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  30.05 
 
 
476 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  27.76 
 
 
499 aa  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  32.98 
 
 
451 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  27.85 
 
 
487 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  28.1 
 
 
517 aa  154  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  27.92 
 
 
550 aa  154  4e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  27.9 
 
 
448 aa  154  4e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  30.05 
 
 
473 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  27.89 
 
 
515 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  27.67 
 
 
515 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  27.45 
 
 
515 aa  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  25.1 
 
 
612 aa  150  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.1 
 
 
612 aa  150  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  26.67 
 
 
527 aa  150  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  32.65 
 
 
446 aa  149  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  29.85 
 
 
476 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  26.62 
 
 
519 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  27.65 
 
 
518 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  27.51 
 
 
484 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  26.21 
 
 
515 aa  148  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  29.6 
 
 
476 aa  148  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  26.67 
 
 
507 aa  147  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  27.03 
 
 
499 aa  146  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  28.69 
 
 
447 aa  144  4e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  36.29 
 
 
281 aa  144  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  30.48 
 
 
419 aa  143  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.48 
 
 
452 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.48 
 
 
452 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.48 
 
 
452 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  25.49 
 
 
515 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  29.48 
 
 
452 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  25.49 
 
 
519 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.48 
 
 
406 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.48 
 
 
452 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.48 
 
 
406 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  25.49 
 
 
515 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  26.43 
 
 
487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  25.27 
 
 
515 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.43 
 
 
499 aa  141  3e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.75 
 
 
452 aa  141  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.93 
 
 
455 aa  140  6e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  26.53 
 
 
498 aa  140  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.74 
 
 
464 aa  140  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.94 
 
 
475 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.01 
 
 
465 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  27.23 
 
 
518 aa  139  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  28.99 
 
 
1079 aa  138  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  29.77 
 
 
415 aa  137  7.000000000000001e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.83 
 
 
472 aa  136  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27 
 
 
457 aa  136  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.83 
 
 
459 aa  136  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>