More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2042 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  100 
 
 
617 aa  1256    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  46.88 
 
 
506 aa  378  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  45.63 
 
 
507 aa  375  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  46.21 
 
 
499 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  39.88 
 
 
499 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  43.58 
 
 
498 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  43.32 
 
 
487 aa  332  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  43.32 
 
 
484 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  34.66 
 
 
620 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  36.93 
 
 
638 aa  289  1e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  35.9 
 
 
544 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  34.34 
 
 
733 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  40.86 
 
 
572 aa  276  8e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  41.65 
 
 
544 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  33.57 
 
 
547 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  37.39 
 
 
580 aa  269  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  41.01 
 
 
573 aa  263  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  34.8 
 
 
596 aa  257  6e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  37.24 
 
 
448 aa  256  7e-67  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  33.13 
 
 
553 aa  250  7e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.03 
 
 
554 aa  248  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  31.38 
 
 
587 aa  244  3e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  35.81 
 
 
595 aa  242  2e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  30.6 
 
 
548 aa  241  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.66 
 
 
552 aa  235  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.8 
 
 
515 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  33.26 
 
 
518 aa  234  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  34.68 
 
 
511 aa  233  9e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.32 
 
 
517 aa  233  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.27 
 
 
528 aa  232  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  33.11 
 
 
514 aa  232  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.57 
 
 
534 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  32.05 
 
 
618 aa  231  4e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  31.65 
 
 
543 aa  231  4e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  33.98 
 
 
539 aa  230  6e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.5 
 
 
527 aa  229  9e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  33.04 
 
 
519 aa  228  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  32.89 
 
 
517 aa  228  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  34.87 
 
 
498 aa  227  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
519 aa  228  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
539 aa  227  5.0000000000000005e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  32.74 
 
 
515 aa  226  9e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  32.3 
 
 
517 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  32.89 
 
 
515 aa  225  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  31.74 
 
 
661 aa  224  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  28.2 
 
 
546 aa  224  4e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  32.44 
 
 
515 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  32.21 
 
 
515 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.08 
 
 
532 aa  223  9e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  32.7 
 
 
524 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  34.09 
 
 
556 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  35.98 
 
 
534 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  30.87 
 
 
612 aa  217  5e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.87 
 
 
612 aa  217  5e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  36.41 
 
 
442 aa  214  2.9999999999999995e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  34.24 
 
 
693 aa  214  4.9999999999999996e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.14 
 
 
530 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  31.85 
 
 
515 aa  213  7e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  31.77 
 
 
515 aa  213  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  35.59 
 
 
523 aa  212  1e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  31.77 
 
 
519 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  31.54 
 
 
515 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  31.28 
 
 
523 aa  211  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  32.22 
 
 
518 aa  209  9e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  34.73 
 
 
495 aa  207  5e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  30.42 
 
 
610 aa  205  2e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  30.81 
 
 
570 aa  205  2e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  31.07 
 
 
527 aa  204  5e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  31.02 
 
 
555 aa  204  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  29.98 
 
 
495 aa  200  7.999999999999999e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  32.82 
 
 
550 aa  199  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  32.18 
 
 
479 aa  192  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  31.71 
 
 
479 aa  189  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  36.48 
 
 
473 aa  185  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  35.45 
 
 
476 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  35.45 
 
 
476 aa  184  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  33.16 
 
 
492 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  31.06 
 
 
403 aa  183  1e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  36.54 
 
 
446 aa  182  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  31.67 
 
 
403 aa  181  2.9999999999999997e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  37.3 
 
 
476 aa  180  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  31.12 
 
 
485 aa  180  9e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  31.19 
 
 
487 aa  179  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  28.33 
 
 
498 aa  179  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  37.4 
 
 
281 aa  179  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.19 
 
 
499 aa  179  2e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  29.81 
 
 
474 aa  177  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  31.63 
 
 
561 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  33.62 
 
 
415 aa  176  9.999999999999999e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  33.42 
 
 
504 aa  174  5.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  30.67 
 
 
561 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  31.27 
 
 
467 aa  173  6.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  33.42 
 
 
504 aa  173  9e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  30.08 
 
 
447 aa  173  9e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  30.91 
 
 
511 aa  173  9e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  30.61 
 
 
538 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.65 
 
 
564 aa  172  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  29.38 
 
 
650 aa  172  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  33.25 
 
 
514 aa  172  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  30.65 
 
 
564 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>