More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_1087 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  60.04 
 
 
561 aa  664    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
650 aa  1338    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  65.55 
 
 
570 aa  785    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  54.31 
 
 
556 aa  597  1e-169  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  49.08 
 
 
596 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  47.96 
 
 
661 aa  568  1e-160  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  47.94 
 
 
522 aa  473  1e-132  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  35.47 
 
 
610 aa  347  4e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  45.58 
 
 
523 aa  319  1e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  45.07 
 
 
440 aa  318  3e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  42.46 
 
 
451 aa  295  2e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  40.5 
 
 
405 aa  265  3e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  32.62 
 
 
523 aa  257  5e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  35.47 
 
 
495 aa  248  2e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  31.14 
 
 
498 aa  241  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
733 aa  238  4e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  30.64 
 
 
638 aa  213  5.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  27.63 
 
 
620 aa  192  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  28.44 
 
 
544 aa  189  9e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.8 
 
 
617 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27 
 
 
552 aa  177  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  28.16 
 
 
595 aa  176  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.16 
 
 
554 aa  172  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.6 
 
 
556 aa  171  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  28.43 
 
 
587 aa  166  9e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  27.06 
 
 
553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  29.06 
 
 
580 aa  164  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  33.22 
 
 
451 aa  162  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  27.35 
 
 
543 aa  161  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.82 
 
 
515 aa  159  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.91 
 
 
534 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  28.05 
 
 
539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  27.11 
 
 
534 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.62 
 
 
530 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  28.29 
 
 
506 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  29.64 
 
 
484 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  26.9 
 
 
618 aa  154  5e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  27.35 
 
 
546 aa  154  5e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  29.38 
 
 
487 aa  154  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  28.82 
 
 
499 aa  153  8e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  25.83 
 
 
547 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  27.91 
 
 
447 aa  150  6e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  28.54 
 
 
492 aa  148  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.54 
 
 
532 aa  148  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  27.37 
 
 
448 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  27.55 
 
 
524 aa  147  5e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  28.37 
 
 
476 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  26.77 
 
 
501 aa  146  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  31.4 
 
 
446 aa  146  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.33 
 
 
612 aa  145  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  25.33 
 
 
612 aa  145  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  37.13 
 
 
281 aa  145  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  26.8 
 
 
498 aa  145  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  28.77 
 
 
473 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  28.74 
 
 
476 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  27.74 
 
 
507 aa  145  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  25.8 
 
 
548 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  26.06 
 
 
550 aa  143  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  25.99 
 
 
527 aa  143  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.35 
 
 
528 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  28.27 
 
 
476 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  28.5 
 
 
499 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  26.92 
 
 
442 aa  140  7e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.31 
 
 
499 aa  140  7.999999999999999e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  25.45 
 
 
511 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  27.31 
 
 
487 aa  139  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  31.16 
 
 
511 aa  139  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  26 
 
 
519 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  27.23 
 
 
485 aa  138  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  26.76 
 
 
517 aa  137  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  30 
 
 
419 aa  137  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.43 
 
 
517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  27.2 
 
 
415 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.4 
 
 
464 aa  135  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  25.85 
 
 
527 aa  135  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  30.89 
 
 
467 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  26.16 
 
 
519 aa  134  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  27.16 
 
 
544 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.06 
 
 
457 aa  134  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  29.21 
 
 
403 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.1 
 
 
475 aa  132  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.03 
 
 
465 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  29.76 
 
 
570 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.22 
 
 
455 aa  132  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  30.66 
 
 
528 aa  131  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  25.81 
 
 
514 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  30.74 
 
 
377 aa  131  4.0000000000000003e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  36.29 
 
 
322 aa  131  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  30.36 
 
 
524 aa  130  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  28.09 
 
 
516 aa  130  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.49 
 
 
457 aa  130  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.57 
 
 
531 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  27.78 
 
 
525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  25.66 
 
 
498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  25.1 
 
 
518 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  41.38 
 
 
514 aa  128  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.5 
 
 
530 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  27.78 
 
 
525 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  27.78 
 
 
525 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.19 
 
 
406 aa  128  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>