259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1361 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1361  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
324 aa  675    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12858  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  53.58 
 
 
311 aa  339  4e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0157  lytic murein transglycosylase  41.13 
 
 
312 aa  194  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.417814 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  40.93 
 
 
419 aa  182  5.0000000000000004e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  39.61 
 
 
377 aa  182  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0499  Lytic transglycosylase catalytic  42.41 
 
 
279 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0034  Lytic transglycosylase catalytic  42.06 
 
 
355 aa  170  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.312775  normal  0.0969684 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0033  Lytic transglycosylase catalytic  43.84 
 
 
365 aa  165  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0032  Lytic transglycosylase catalytic  36.73 
 
 
413 aa  159  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  39.42 
 
 
276 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3070  Lytic transglycosylase catalytic  40.44 
 
 
259 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.32809  normal  0.422558 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2304  Lytic transglycosylase catalytic  44.09 
 
 
358 aa  139  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  40.78 
 
 
322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  35.56 
 
 
495 aa  126  5e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  33.04 
 
 
523 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  33.62 
 
 
447 aa  117  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0523  hypothetical protein  31.42 
 
 
247 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.373296  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  34.8 
 
 
650 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  29.33 
 
 
440 aa  114  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  34.38 
 
 
733 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  29.66 
 
 
570 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  32.16 
 
 
556 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  33.17 
 
 
618 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
661 aa  109  5e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3030  peptidoglycan lytic transglycosylase-related protein  34.75 
 
 
583 aa  109  7.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  29.09 
 
 
498 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  34.56 
 
 
523 aa  108  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  36.07 
 
 
595 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  32.73 
 
 
487 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  31.73 
 
 
448 aa  108  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  32.27 
 
 
484 aa  107  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  32.14 
 
 
596 aa  106  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  34.78 
 
 
499 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  31.56 
 
 
544 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  30.97 
 
 
499 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  31.65 
 
 
405 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  32.26 
 
 
281 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  32.48 
 
 
383 aa  104  2e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  32.3 
 
 
573 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  31.73 
 
 
522 aa  103  4e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  39.86 
 
 
451 aa  103  5e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  31.07 
 
 
451 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  32.3 
 
 
572 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  32.3 
 
 
573 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  34.95 
 
 
547 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  31.36 
 
 
507 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.43 
 
 
465 aa  100  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  33.17 
 
 
498 aa  99.8  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  31.82 
 
 
506 aa  99.8  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  32.2 
 
 
561 aa  99.4  7e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  32.6 
 
 
372 aa  99  9e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  32.6 
 
 
372 aa  99  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  31.86 
 
 
544 aa  99  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.43 
 
 
464 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  33.62 
 
 
403 aa  99  1e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.53 
 
 
372 aa  99  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.07 
 
 
455 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  28.33 
 
 
555 aa  97.1  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  35 
 
 
587 aa  97.1  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  35.48 
 
 
442 aa  96.7  5e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  32.85 
 
 
403 aa  96.7  5e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.5 
 
 
617 aa  96.3  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1403  membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.7 
 
 
401 aa  96.3  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0474  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  35.52 
 
 
801 aa  96.3  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1137  Lytic transglycosylase catalytic  30.95 
 
 
304 aa  95.9  8e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000172741  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  29.26 
 
 
849 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.14 
 
 
455 aa  95.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  30.62 
 
 
1021 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.62 
 
 
457 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.62 
 
 
1001 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  29.22 
 
 
620 aa  94.4  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  31.46 
 
 
610 aa  94  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  33.68 
 
 
501 aa  94  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  30.91 
 
 
415 aa  93.6  5e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.62 
 
 
457 aa  93.2  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  37.58 
 
 
638 aa  92.4  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  29.3 
 
 
517 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.77 
 
 
452 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.77 
 
 
452 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.3 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  30.2 
 
 
516 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.3 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  30.2 
 
 
516 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.77 
 
 
452 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  25.77 
 
 
452 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.3 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.77 
 
 
452 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.77 
 
 
452 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.3 
 
 
406 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.96 
 
 
475 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.28 
 
 
459 aa  90.1  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.28 
 
 
395 aa  90.1  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.28 
 
 
472 aa  90.1  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  29.72 
 
 
1079 aa  89.7  5e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  30.88 
 
 
517 aa  89.4  7e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0565  hypothetical protein  26.72 
 
 
474 aa  89.4  7e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  30.54 
 
 
518 aa  89.4  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  29.21 
 
 
451 aa  89  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.17 
 
 
406 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  35.9 
 
 
518 aa  89  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>