More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1461 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  63.33 
 
 		 538 aa  654    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  62.16 
 
 		 504 aa  653    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 509 aa  1042    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  69.82 
 
 		 467 aa  649    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  63.65 
 
 		 515 aa  649    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  65.23 
 
 		 504 aa  658    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  61.86 
 
 		 511 aa  623  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  65.09 
 
 		 524 aa  623  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  63.37 
 
 		 514 aa  619  1e-176  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  64.52 
 
 		 547 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  60.33 
 
 		 578 aa  523  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  52.92 
 
 		 557 aa  481  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  53.38 
 
 		 570 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  56.97 
 
 		 516 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  56.48 
 
 		 516 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  49.12 
 
 		 528 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  50.1 
 
 		 561 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  55.36 
 
 		 525 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  55.47 
 
 		 529 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  53.08 
 
 		 553 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 564 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  53.08 
 
 		 530 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  53.08 
 
 		 552 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  54.98 
 
 		 524 aa  451  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  53.08 
 
 		 530 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  55.36 
 
 		 525 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  55.22 
 
 		 529 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  55.36 
 
 		 525 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  53.08 
 
 		 530 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  53.08 
 
 		 530 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  53.08 
 
 		 530 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  53.29 
 
 		 531 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  49.26 
 
 		 564 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  56.85 
 
 		 451 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  45.68 
 
 		 477 aa  350  2e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  44.44 
 
 		 518 aa  327  3e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  51.25 
 
 		 512 aa  323  5e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  49.38 
 
 		 458 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.18 
 
 		 530 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  36.31 
 
 		 543 aa  274  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  36.88 
 
 		 534 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.67 
 
 		 515 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 556 aa  267  4e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  39.86 
 
 		 476 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  39.86 
 
 		 476 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  38.46 
 
 		 501 aa  261  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.99 
 
 		 534 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  39.29 
 
 		 476 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  37.14 
 
 		 580 aa  259  7e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  35.29 
 
 		 492 aa  259  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  38.41 
 
 		 473 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  35.35 
 
 		 548 aa  256  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.47 
 
 		 554 aa  255  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  33.88 
 
 		 553 aa  249  7e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.36 
 
 		 552 aa  249  8e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  36.75 
 
 		 498 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  34.93 
 
 		 519 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  34.04 
 
 		 446 aa  243  7.999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  34.89 
 
 		 539 aa  241  2.9999999999999997e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.4 
 
 		 532 aa  231  3e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  35.01 
 
 		 511 aa  231  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  40.81 
 
 		 1021 aa  229  8e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  40.81 
 
 		 1001 aa  229  9e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  35.8 
 
 		 519 aa  228  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  32.65 
 
 		 517 aa  226  9e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  34.07 
 
 		 517 aa  226  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  31.63 
 
 		 519 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.26 
 
 		 528 aa  223  9e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  34.49 
 
 		 1079 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  32.52 
 
 		 515 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  32.52 
 
 		 515 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  32.28 
 
 		 485 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  32.52 
 
 		 515 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  32.41 
 
 		 479 aa  218  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  46.22 
 
 		 495 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.11 
 
 		 517 aa  216  5e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  31.38 
 
 		 515 aa  216  7e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  31.11 
 
 		 524 aa  216  8e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  32.81 
 
 		 550 aa  215  9.999999999999999e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  33.65 
 
 		 514 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  31.38 
 
 		 515 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.13 
 
 		 475 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  33.42 
 
 		 474 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  30.91 
 
 		 479 aa  214  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  31.67 
 
 		 527 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  31.84 
 
 		 515 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.33 
 
 		 459 aa  213  5.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  31.87 
 
 		 515 aa  213  7e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.33 
 
 		 472 aa  213  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  39.27 
 
 		 507 aa  212  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  31.46 
 
 		 487 aa  211  2e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  31.73 
 
 		 518 aa  211  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  33.01 
 
 		 445 aa  211  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.6 
 
 		 499 aa  211  4e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.23 
 
 		 452 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.23 
 
 		 452 aa  210  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  34.09 
 
 		 527 aa  210  5e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.23 
 
 		 452 aa  210  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  32.23 
 
 		 452 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.23 
 
 		 452 aa  210  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>