137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_01000 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_01000  LysM-repeat domain protein  100 
 
 		 651 aa  1329    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2379  peptidoglycan-binding LysM  28.61 
 
 		 698 aa  303  8.000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.829657  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1862  Peptidoglycan-binding LysM  30.95 
 
 		 642 aa  290  9e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.746272  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  29.45 
 
 		 634 aa  125  4e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2150  LysM domain-containing protein  24.02 
 
 		 501 aa  117  7.999999999999999e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1954  NLP/P60 protein  33.96 
 
 		 384 aa  104  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0994  hypothetical protein  23.28 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.207935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2842  LysM repeat-containing protein  29.41 
 
 		 389 aa  70.1  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  27.97 
 
 		 546 aa  70.5  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0523  hypothetical protein  22.94 
 
 		 582 aa  68.6  0.0000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  32.48 
 
 		 307 aa  66.6  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  28.02 
 
 		 173 aa  66.2  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  24.38 
 
 		 1001 aa  65.5  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3365  NLP/P60 protein  27.09 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  21.28 
 
 		 534 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  24.27 
 
 		 495 aa  62.8  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  25 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  34.33 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0896  NLP/P60 protein  27.37 
 
 		 342 aa  60.1  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000013444  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2915  Peptidoglycan-binding LysM  27.66 
 
 		 393 aa  60.1  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.992614  hitchhiker  0.000000148718 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  23.51 
 
 		 1021 aa  59.7  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  24.34 
 
 		 544 aa  57.8  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  23.24 
 
 		 515 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  24.75 
 
 		 341 aa  57.8  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.81 
 
 		 530 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1626  cell wall hydrolase SleB  26.72 
 
 		 253 aa  57.8  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.193546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  25.35 
 
 		 534 aa  57.4  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  21.24 
 
 		 840 aa  57.4  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  25.11 
 
 		 539 aa  57  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0935  hypothetical protein  22.98 
 
 		 583 aa  56.6  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0337995  normal  0.523565 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  31.03 
 
 		 301 aa  56.2  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  22.18 
 
 		 620 aa  56.2  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2994  peptidoglycan-binding protein  25.98 
 
 		 467 aa  55.8  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00261839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  21.73 
 
 		 409 aa  55.5  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.08 
 
 		 289 aa  55.5  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  24.73 
 
 		 532 aa  55.8  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  30.91 
 
 		 324 aa  54.7  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1368  NLP/P60 protein  21.69 
 
 		 346 aa  54.7  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00025517  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1149  hypothetical protein  26.79 
 
 		 567 aa  54.7  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.658364  normal  0.0237518 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  30.43 
 
 		 638 aa  54.7  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  23.66 
 
 		 509 aa  54.7  0.000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  20.96 
 
 		 498 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  30.11 
 
 		 476 aa  53.9  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3452  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  26.49 
 
 		 335 aa  53.9  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  27.03 
 
 		 444 aa  53.1  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  30.11 
 
 		 476 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.62 
 
 		 528 aa  53.9  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  32.8 
 
 		 849 aa  53.5  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  24.37 
 
 		 498 aa  53.5  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  25.37 
 
 		 515 aa  53.1  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6855  hypothetical protein  20.45 
 
 		 440 aa  52.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  23.35 
 
 		 554 aa  52.8  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  25.37 
 
 		 515 aa  52.4  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  30.1 
 
 		 503 aa  52.4  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  24.71 
 
 		 548 aa  51.6  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  24.31 
 
 		 733 aa  51.2  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  24.26 
 
 		 580 aa  51.6  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1838  peptidoglycan-binding LysM  25.38 
 
 		 443 aa  51.2  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.858327  unclonable  0.000000000675364 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  21.54 
 
 		 612 aa  51.6  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  21.54 
 
 		 612 aa  51.6  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  25.37 
 
 		 515 aa  51.2  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  29.03 
 
 		 476 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  21.46 
 
 		 539 aa  50.8  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  19.84 
 
 		 617 aa  50.4  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  21.99 
 
 		 587 aa  50.4  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  26.37 
 
 		 519 aa  50.4  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  26.37 
 
 		 515 aa  50.4  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  23.12 
 
 		 179 aa  50.1  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  26.37 
 
 		 515 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  28.04 
 
 		 523 aa  50.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  32 
 
 		 487 aa  49.3  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  22.66 
 
 		 553 aa  49.7  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  25.87 
 
 		 515 aa  49.3  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  27.19 
 
 		 544 aa  49.7  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  28.44 
 
 		 267 aa  49.7  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2345  peptidase M23B  31.11 
 
 		 452 aa  49.7  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000378681  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  24.38 
 
 		 515 aa  48.9  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  24.81 
 
 		 501 aa  49.3  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  30.19 
 
 		 610 aa  48.9  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  24.35 
 
 		 442 aa  48.5  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3795  cell wall hydrolase, putative  26.28 
 
 		 265 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000105599  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  23.66 
 
 		 576 aa  48.1  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1111  glycoside hydrolase family 18  25 
 
 		 426 aa  48.5  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1303  peptidoglycan-binding LysM  31.03 
 
 		 112 aa  48.1  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.290391  normal  0.428505 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  23.86 
 
 		 446 aa  48.1  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  30 
 
 		 303 aa  47.8  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  21.76 
 
 		 550 aa  47.8  0.0006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  27 
 
 		 327 aa  47.8  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3056  NLP/P60 protein  26.72 
 
 		 347 aa  47.8  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000688808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  22.03 
 
 		 556 aa  47.8  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  29.81 
 
 		 507 aa  47.8  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  28.85 
 
 		 338 aa  47.8  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  22.91 
 
 		 546 aa  47.4  0.0008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  30.84 
 
 		 404 aa  47.4  0.0008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6487  Peptidoglycan-binding LysM  32.8 
 
 		 341 aa  47.4  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.577671  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  28.21 
 
 		 301 aa  46.6  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  25.23 
 
 		 522 aa  47  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2106  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.77 
 
 		 509 aa  46.6  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  21.05 
 
 		 304 aa  47.4  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3802  putative cell wall hydrolase  30.16 
 
 		 265 aa  47.4  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000430896  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>