More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3560 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
446 aa  914    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  33.25 
 
 
423 aa  199  9e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1413  peptidoglycan-binding LysM  34.42 
 
 
323 aa  142  8e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00299984  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1960  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.92 
 
 
360 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2437  hypothetical protein  45.77 
 
 
292 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.693761  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0560  Peptidoglycan-binding LysM  29 
 
 
507 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0820449  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  30.79 
 
 
546 aa  125  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0475  hypothetical protein  43.41 
 
 
315 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0445843  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  32.91 
 
 
620 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.8 
 
 
327 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.3 
 
 
840 aa  97.1  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  29.17 
 
 
409 aa  95.9  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  25.72 
 
 
1001 aa  92  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.35 
 
 
797 aa  89.7  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  31.61 
 
 
470 aa  88.6  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  33.33 
 
 
304 aa  84.3  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  24.78 
 
 
509 aa  82.8  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 
544 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0644  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.43 
 
 
679 aa  80.9  0.00000000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.165193  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  24.59 
 
 
1021 aa  80.1  0.00000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.63 
 
 
515 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  27.22 
 
 
173 aa  79.3  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  28.33 
 
 
539 aa  78.6  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  24.41 
 
 
733 aa  79  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  37.24 
 
 
503 aa  79  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.3 
 
 
289 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  26.75 
 
 
445 aa  77.8  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  26.65 
 
 
1079 aa  76.3  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1626  cell wall hydrolase SleB  37.17 
 
 
253 aa  75.5  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.193546  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.62 
 
 
617 aa  74.3  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  31.93 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 
405 aa  74.3  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  27.27 
 
 
596 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  29.44 
 
 
499 aa  73.2  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0054  cell wall hydrolase, SleB  32.24 
 
 
261 aa  71.6  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000771521 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  29.61 
 
 
495 aa  72  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  29.67 
 
 
514 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  37.93 
 
 
495 aa  71.2  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  37.01 
 
 
267 aa  70.9  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  31.63 
 
 
511 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  29.01 
 
 
179 aa  70.9  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  28.83 
 
 
571 aa  70.5  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2780  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.43 
 
 
579 aa  70.5  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.395604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  26.63 
 
 
534 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.76 
 
 
576 aa  70.1  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.3 
 
 
581 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  33.06 
 
 
523 aa  69.3  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  35.35 
 
 
465 aa  69.3  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.19 
 
 
534 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  39.05 
 
 
498 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  34.31 
 
 
595 aa  68.6  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  30.99 
 
 
568 aa  68.9  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  34.48 
 
 
301 aa  68.6  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  36.67 
 
 
255 aa  67.8  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.63 
 
 
530 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  30.65 
 
 
518 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  29.95 
 
 
849 aa  67.4  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  38.32 
 
 
277 aa  67.4  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  24.43 
 
 
587 aa  67  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2994  peptidoglycan-binding protein  38.1 
 
 
467 aa  66.6  0.0000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00261839  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  32.48 
 
 
289 aa  66.6  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  25.7 
 
 
618 aa  66.6  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  28.11 
 
 
399 aa  66.6  0.0000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0486  CHAP domain-containing protein  28.49 
 
 
334 aa  66.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0271604  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  29.67 
 
 
515 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  28.49 
 
 
334 aa  66.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  27.53 
 
 
324 aa  65.9  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  28.7 
 
 
519 aa  65.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.71 
 
 
515 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  34.65 
 
 
548 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  29.19 
 
 
515 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  26.46 
 
 
552 aa  64.7  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2039  Peptidase M23  28.92 
 
 
414 aa  64.7  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0205491  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.55 
 
 
612 aa  64.7  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  23.55 
 
 
612 aa  64.7  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  26.46 
 
 
527 aa  65.1  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  35.54 
 
 
543 aa  64.7  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  29.19 
 
 
515 aa  64.3  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3522  SCP-like extracellular  35.79 
 
 
290 aa  64.3  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.490521  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  26.85 
 
 
553 aa  64.7  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1363  Peptidase M23  27.85 
 
 
402 aa  64.3  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.498283  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  24.07 
 
 
661 aa  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  31.2 
 
 
444 aa  63.5  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  28.66 
 
 
547 aa  63.5  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  25.58 
 
 
519 aa  63.2  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.89 
 
 
554 aa  62  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  27.32 
 
 
274 aa  62.4  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  26.26 
 
 
638 aa  61.6  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0538  muramidase (flagellum-specific)  31.64 
 
 
361 aa  61.2  0.00000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000149562  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0480  NLP/P60 protein  35.11 
 
 
285 aa  61.6  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0218691  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20080  LysM domain-containing protein  22.71 
 
 
695 aa  60.8  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0704  CHAP domain-containing protein  31.93 
 
 
265 aa  61.2  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000444371  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0689  CHAP domain-containing protein  31.93 
 
 
265 aa  61.2  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00699042  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  27.59 
 
 
314 aa  60.8  0.00000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4066  Peptidoglycan-binding LysM  28.92 
 
 
390 aa  60.5  0.00000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  31.15 
 
 
556 aa  60.5  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  35 
 
 
301 aa  60.5  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  25.42 
 
 
550 aa  60.1  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11314  hypothetical protein  27.7 
 
 
456 aa  60.1  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  29.92 
 
 
303 aa  59.7  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>