174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2915 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2915  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 393 aa  806    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.992614  hitchhiker  0.000000148718 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2842  LysM repeat-containing protein  27.46 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3043  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  26.47 
 
 		 399 aa  89.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.592375  normal  0.198967 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.98 
 
 		 840 aa  76.3  0.0000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  26.8 
 
 		 620 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5051  Peptidoglycan-binding LysM  24.48 
 
 		 326 aa  75.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.517247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  28.75 
 
 		 546 aa  73.2  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  31.21 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6487  Peptidoglycan-binding LysM  36.9 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.577671  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.13 
 
 		 581 aa  67  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  37.7 
 
 		 595 aa  66.6  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2780  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30 
 
 		 579 aa  64.7  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.395604  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  28.67 
 
 		 523 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  31.29 
 
 		 479 aa  64.3  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  24.6 
 
 		 610 aa  64.3  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  28.1 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  30.82 
 
 		 479 aa  62.4  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1413  peptidoglycan-binding LysM  25.69 
 
 		 323 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00299984  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2379  peptidoglycan-binding LysM  25.93 
 
 		 698 aa  61.2  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.829657  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  31.47 
 
 		 571 aa  60.8  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0551  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  23.86 
 
 		 377 aa  60.8  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  25.11 
 
 		 849 aa  60.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01000  LysM-repeat domain protein  27.66 
 
 		 651 aa  60.1  0.00000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  25.41 
 
 		 448 aa  58.9  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  28.31 
 
 		 556 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  26.09 
 
 		 563 aa  58.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.13 
 
 		 576 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  22.86 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0489  cell wall hydrolase/autolysin  29.38 
 
 		 560 aa  58.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000671829  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.57 
 
 		 527 aa  57.8  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  33.33 
 
 		 557 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 		 474 aa  57.4  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  26.52 
 
 		 634 aa  57.4  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  27.7 
 
 		 556 aa  57  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.03 
 
 		 637 aa  56.6  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514476  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  25.59 
 
 		 733 aa  56.6  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3656  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.41 
 
 		 593 aa  56.6  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000106561  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0702  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.03 
 
 		 631 aa  56.2  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00039621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.21 
 
 		 554 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  24.7 
 
 		 499 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.03 
 
 		 470 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3922  cell wall hydrolase/autolysin  26.45 
 
 		 542 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00766484  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  23.18 
 
 		 446 aa  55.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  22.91 
 
 		 173 aa  55.1  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 		 250 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.57 
 
 		 528 aa  55.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  23.45 
 
 		 544 aa  54.7  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0480  NLP/P60 protein  30.86 
 
 		 285 aa  54.7  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0218691  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2150  LysM domain-containing protein  27.88 
 
 		 501 aa  53.9  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3030  peptidoglycan lytic transglycosylase-related protein  27.65 
 
 		 583 aa  53.9  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.65 
 
 		 499 aa  53.9  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  27.65 
 
 		 487 aa  53.9  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  25.62 
 
 		 555 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0474  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  27.78 
 
 		 801 aa  53.5  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  28.16 
 
 		 314 aa  53.1  0.000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0689  CHAP domain-containing protein  26.52 
 
 		 265 aa  53.1  0.000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00699042  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0704  CHAP domain-containing protein  26.52 
 
 		 265 aa  53.1  0.000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000444371  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  23.81 
 
 		 1001 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1681  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  23.24 
 
 		 354 aa  52.8  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.86934  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2994  peptidoglycan-binding protein  28.85 
 
 		 467 aa  52.8  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00261839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1954  NLP/P60 protein  33.88 
 
 		 384 aa  52.4  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0644  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  24.89 
 
 		 679 aa  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.165193  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  25.87 
 
 		 498 aa  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  26.67 
 
 		 587 aa  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2034  rare lipoprotein A  26.88 
 
 		 168 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1913  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  35.06 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  24.34 
 
 		 638 aa  51.2  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13890  Peptidoglycan-binding LysM  27.59 
 
 		 175 aa  51.2  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.582346  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1247  putative cell-wall associated endopeptidase  23.56 
 
 		 257 aa  50.8  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2739  NLP/P60 protein  39.06 
 
 		 216 aa  50.8  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.232039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  22.62 
 
 		 534 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1251  Peptidase M23  25.21 
 
 		 430 aa  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.767497  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  25 
 
 		 797 aa  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.08 
 
 		 515 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  29.03 
 
 		 324 aa  49.7  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  25.69 
 
 		 495 aa  49.7  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  28.99 
 
 		 423 aa  49.7  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  26.79 
 
 		 534 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  28.74 
 
 		 302 aa  49.3  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  22.59 
 
 		 602 aa  48.9  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  27.72 
 
 		 337 aa  48.1  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  23.4 
 
 		 1021 aa  48.5  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  23.13 
 
 		 524 aa  48.9  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  27.66 
 
 		 498 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0246  peptidoglycan-binding LysM  37.31 
 
 		 473 aa  48.5  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0188  peptidase M23B  26.11 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.248105  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  29.29 
 
 		 523 aa  48.5  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3357  cell wall hydrolase SleB  50 
 
 		 208 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.17779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  22.61 
 
 		 465 aa  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  26.96 
 
 		 289 aa  47.8  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1368  NLP/P60 protein  27.61 
 
 		 346 aa  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00025517  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3543  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.29 
 
 		 440 aa  47.8  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  25.26 
 
 		 552 aa  47.8  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0054  cell wall hydrolase, SleB  28.32 
 
 		 261 aa  47.8  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000771521 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0428  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.11 
 
 		 597 aa  47.4  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000317907  hitchhiker  0.000000852685 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  24.83 
 
 		 255 aa  47.4  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  21.03 
 
 		 547 aa  47.4  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  27.38 
 
 		 546 aa  47  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  25.87 
 
 		 503 aa  47.4  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07510  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.18 
 
 		 475 aa  47  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>