297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0474 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0474  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  100 
 
 
801 aa  1622    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  47.76 
 
 
849 aa  472  1.0000000000000001e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3030  peptidoglycan lytic transglycosylase-related protein  36.65 
 
 
583 aa  305  2.0000000000000002e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0565  hypothetical protein  34.9 
 
 
474 aa  278  2e-73  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0157  lytic murein transglycosylase  29.55 
 
 
312 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.417814 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.03 
 
 
372 aa  104  7e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.03 
 
 
372 aa  103  9e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.03 
 
 
372 aa  103  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0033  Lytic transglycosylase catalytic  34.91 
 
 
365 aa  98.6  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  24.32 
 
 
587 aa  97.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  28.81 
 
 
383 aa  96.7  1e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1361  Lytic transglycosylase catalytic  35.52 
 
 
324 aa  95.5  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12858  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.65 
 
 
311 aa  94.7  5e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  24.27 
 
 
404 aa  94  1e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  29.01 
 
 
379 aa  92.8  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  25.3 
 
 
620 aa  91.3  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  33.77 
 
 
498 aa  90.9  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  29.8 
 
 
733 aa  90.5  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  32.22 
 
 
451 aa  90.1  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.82 
 
 
447 aa  90.1  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  34.62 
 
 
419 aa  88.2  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  28.78 
 
 
322 aa  87.8  7e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  29.52 
 
 
403 aa  87.8  7e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  28.2 
 
 
547 aa  87.4  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  35.07 
 
 
440 aa  86.3  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  30.49 
 
 
405 aa  84.7  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  36.79 
 
 
451 aa  84.7  0.000000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  30.1 
 
 
618 aa  84.7  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  24.24 
 
 
403 aa  84  0.000000000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  25.26 
 
 
499 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  28.21 
 
 
415 aa  83.6  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  27.65 
 
 
610 aa  82.8  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  27.16 
 
 
495 aa  83.2  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  33.99 
 
 
377 aa  82.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0032  Lytic transglycosylase catalytic  35.46 
 
 
413 aa  82  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  25.84 
 
 
544 aa  81.6  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  34.23 
 
 
506 aa  80.5  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  34.06 
 
 
276 aa  80.5  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  24.76 
 
 
523 aa  79.7  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  36.79 
 
 
522 aa  79.7  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  39.09 
 
 
507 aa  79  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  23.48 
 
 
499 aa  78.6  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  39.05 
 
 
523 aa  78.2  0.0000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2304  Lytic transglycosylase catalytic  38.41 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  35.59 
 
 
448 aa  77.8  0.0000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0499  Lytic transglycosylase catalytic  30.65 
 
 
279 aa  76.6  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  36.51 
 
 
487 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  21.88 
 
 
638 aa  76.3  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  23.32 
 
 
612 aa  76.6  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.32 
 
 
612 aa  76.6  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  24.52 
 
 
524 aa  76.3  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  24.44 
 
 
498 aa  75.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  23.35 
 
 
596 aa  75.5  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  36.51 
 
 
484 aa  75.9  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  28.87 
 
 
446 aa  75.5  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  26.91 
 
 
281 aa  75.1  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  36.67 
 
 
650 aa  75.1  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  33.87 
 
 
442 aa  73.9  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  29.89 
 
 
562 aa  73.6  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.99 
 
 
617 aa  73.9  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3070  Lytic transglycosylase catalytic  34.04 
 
 
259 aa  73.9  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.32809  normal  0.422558 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  33.1 
 
 
498 aa  73.9  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  37.61 
 
 
301 aa  73.2  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  35.29 
 
 
556 aa  73.6  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  24.29 
 
 
518 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  26.2 
 
 
507 aa  72.8  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  35.85 
 
 
561 aa  72.8  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  35.14 
 
 
451 aa  72  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.36 
 
 
495 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  33.08 
 
 
661 aa  72  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  34.23 
 
 
516 aa  71.6  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  24.74 
 
 
543 aa  71.6  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  28.57 
 
 
539 aa  70.9  0.00000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0034  Lytic transglycosylase catalytic  27.59 
 
 
355 aa  70.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.312775  normal  0.0969684 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  33.33 
 
 
516 aa  70.5  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6909  Mannosyl-glycoproteinendo-beta-N- acetylglucosami dase  24.5 
 
 
619 aa  70.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.490682  normal  0.152044 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  33.96 
 
 
570 aa  70.5  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1403  membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.54 
 
 
401 aa  70.1  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  24.78 
 
 
553 aa  69.7  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  23.27 
 
 
485 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  24.32 
 
 
550 aa  69.3  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  34.75 
 
 
544 aa  68.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  33.65 
 
 
538 aa  68.6  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  30.63 
 
 
477 aa  67.8  0.0000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.71 
 
 
515 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  30.88 
 
 
514 aa  67.4  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  31.11 
 
 
476 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  23.65 
 
 
578 aa  67  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  31.11 
 
 
476 aa  67  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.71 
 
 
534 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  29.17 
 
 
1079 aa  67  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  31.85 
 
 
473 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  37.93 
 
 
301 aa  66.2  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  20.46 
 
 
475 aa  66.2  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  31.11 
 
 
476 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  28.68 
 
 
515 aa  66.2  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  30.16 
 
 
524 aa  66.6  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  28.47 
 
 
458 aa  65.9  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  35.34 
 
 
534 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1137  Lytic transglycosylase catalytic  35.38 
 
 
304 aa  65.9  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000172741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>