More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3070 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3070  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
259 aa  536  1e-151  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.32809  normal  0.422558 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0034  Lytic transglycosylase catalytic  45.54 
 
 
355 aa  200  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.312775  normal  0.0969684 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0033  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
365 aa  182  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  43.01 
 
 
276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0032  Lytic transglycosylase catalytic  40.38 
 
 
413 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0499  Lytic transglycosylase catalytic  42.93 
 
 
279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2304  Lytic transglycosylase catalytic  45.65 
 
 
358 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1361  Lytic transglycosylase catalytic  40.44 
 
 
324 aa  141  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12858  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  44.2 
 
 
311 aa  133  3e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0157  lytic murein transglycosylase  45.71 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.417814 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  37.16 
 
 
419 aa  124  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  44.53 
 
 
322 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  35.39 
 
 
281 aa  117  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  37 
 
 
523 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  36.54 
 
 
451 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  34.62 
 
 
377 aa  112  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  40.91 
 
 
1021 aa  107  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  40.91 
 
 
1001 aa  107  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  32.95 
 
 
405 aa  103  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  39.73 
 
 
440 aa  102  5e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  37.01 
 
 
379 aa  99  6e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  31.41 
 
 
447 aa  99  7e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  36.25 
 
 
518 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  30.37 
 
 
516 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1137  Lytic transglycosylase catalytic  35.2 
 
 
304 aa  96.3  5e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000172741  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  36.43 
 
 
1079 aa  95.9  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  33.97 
 
 
516 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  30.5 
 
 
620 aa  95.5  8e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  34.97 
 
 
498 aa  95.5  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  35.44 
 
 
547 aa  94.7  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  33.33 
 
 
451 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  31.73 
 
 
530 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  31.73 
 
 
552 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.73 
 
 
530 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.73 
 
 
530 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.73 
 
 
553 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.73 
 
 
530 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  30.05 
 
 
498 aa  94  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 
693 aa  93.6  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 
578 aa  93.6  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  31.25 
 
 
524 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  32.69 
 
 
531 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  31.73 
 
 
528 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.73 
 
 
530 aa  92.8  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  35.22 
 
 
504 aa  92.4  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  35.22 
 
 
504 aa  92.4  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  31.19 
 
 
499 aa  92.8  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  37.23 
 
 
543 aa  92  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  37.76 
 
 
570 aa  92  8e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  33.18 
 
 
403 aa  92  8e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  38.03 
 
 
547 aa  92  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  36.76 
 
 
524 aa  92  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  34.81 
 
 
523 aa  91.7  1e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  31.05 
 
 
487 aa  91.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  35.85 
 
 
467 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  37.01 
 
 
403 aa  91.7  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  31.25 
 
 
525 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  31.25 
 
 
525 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  31.25 
 
 
525 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.69 
 
 
617 aa  90.9  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  30.24 
 
 
415 aa  90.9  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  34.1 
 
 
514 aa  90.5  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  35.44 
 
 
515 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  30.86 
 
 
618 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  30.53 
 
 
484 aa  90.1  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  35.03 
 
 
448 aa  90.1  3e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  37.14 
 
 
638 aa  90.1  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  36.76 
 
 
509 aa  89.7  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  30.43 
 
 
564 aa  89.7  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  30.43 
 
 
564 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  41.28 
 
 
383 aa  89.4  5e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  30.77 
 
 
529 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  30.77 
 
 
529 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  37.23 
 
 
550 aa  89.4  5e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  35.77 
 
 
580 aa  89  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  31.19 
 
 
507 aa  89  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.5 
 
 
499 aa  89  7e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  34.81 
 
 
511 aa  88.6  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  36.76 
 
 
570 aa  88.6  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  34.64 
 
 
477 aa  88.2  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  37.06 
 
 
556 aa  88.2  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  36.36 
 
 
650 aa  87.8  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  35.85 
 
 
538 aa  87.8  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  37.5 
 
 
487 aa  88.6  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  28.71 
 
 
506 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  36.76 
 
 
557 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  30.63 
 
 
587 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0300  regulatory protein dnir  34.9 
 
 
321 aa  87.4  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.89505  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  33.56 
 
 
522 aa  87  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.78 
 
 
455 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  30.43 
 
 
561 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  30.17 
 
 
499 aa  86.7  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.09 
 
 
452 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.09 
 
 
452 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  30.09 
 
 
452 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.09 
 
 
452 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.09 
 
 
452 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0523  hypothetical protein  29.51 
 
 
247 aa  85.9  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.373296  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000744  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.43 
 
 
248 aa  85.9  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.09 
 
 
452 aa  85.9  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>