More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0654 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  100 
 
 
383 aa  777    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  58.59 
 
 
372 aa  447  1.0000000000000001e-124  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  58.33 
 
 
372 aa  445  1.0000000000000001e-124  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  58.33 
 
 
372 aa  442  1e-123  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  44.85 
 
 
404 aa  310  4e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  42.43 
 
 
403 aa  296  5e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  42.32 
 
 
403 aa  294  1e-78  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  42.23 
 
 
379 aa  283  5.000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  36.7 
 
 
415 aa  247  2e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
733 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  29.43 
 
 
620 aa  162  6e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  33.22 
 
 
544 aa  163  6e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  35.79 
 
 
506 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  31.23 
 
 
507 aa  155  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  29.89 
 
 
618 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  30.72 
 
 
440 aa  153  4e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  32.29 
 
 
587 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  33.7 
 
 
484 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  33.7 
 
 
487 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  33.21 
 
 
572 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  31.18 
 
 
544 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  29.23 
 
 
499 aa  150  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  34.77 
 
 
442 aa  149  6e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  28.26 
 
 
693 aa  147  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0300  regulatory protein dnir  34.85 
 
 
321 aa  146  5e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.89505  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  34.33 
 
 
573 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  33.96 
 
 
573 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  31.76 
 
 
547 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  28.36 
 
 
447 aa  143  4e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.62 
 
 
554 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  31.97 
 
 
498 aa  142  9e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.69 
 
 
552 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  31.49 
 
 
499 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  31.21 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  31.73 
 
 
595 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.56 
 
 
617 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  25.26 
 
 
498 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  30.84 
 
 
485 aa  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  28.33 
 
 
448 aa  134  3e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  32.04 
 
 
543 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  29.76 
 
 
495 aa  134  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  30.66 
 
 
553 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.41 
 
 
459 aa  133  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.41 
 
 
472 aa  133  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.41 
 
 
395 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.76 
 
 
464 aa  132  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  27.04 
 
 
638 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  32.19 
 
 
548 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  29.9 
 
 
498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  31.53 
 
 
479 aa  128  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.07 
 
 
534 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.22 
 
 
475 aa  126  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  32.62 
 
 
487 aa  126  5e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  28.88 
 
 
519 aa  126  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.62 
 
 
499 aa  126  5e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.88 
 
 
457 aa  126  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.62 
 
 
465 aa  126  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.12 
 
 
515 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  27.32 
 
 
474 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  29.08 
 
 
534 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  27.74 
 
 
473 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  28.03 
 
 
527 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  31.76 
 
 
479 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  27.63 
 
 
610 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  29.93 
 
 
523 aa  125  1e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  29.57 
 
 
517 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  28.97 
 
 
539 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.15 
 
 
452 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  29.15 
 
 
452 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.59 
 
 
527 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  28.84 
 
 
519 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.15 
 
 
452 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.15 
 
 
452 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.15 
 
 
452 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.26 
 
 
457 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.15 
 
 
406 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.15 
 
 
406 aa  124  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.15 
 
 
452 aa  124  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.37 
 
 
530 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  30.36 
 
 
555 aa  123  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  29.29 
 
 
515 aa  123  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  27.95 
 
 
445 aa  122  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  28.47 
 
 
476 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.33 
 
 
556 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.06 
 
 
451 aa  122  9.999999999999999e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  29.67 
 
 
451 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  31.25 
 
 
523 aa  122  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  28.19 
 
 
476 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  28.09 
 
 
458 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.96 
 
 
515 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  31.74 
 
 
281 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  30.95 
 
 
515 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  28.47 
 
 
476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  29.74 
 
 
501 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  27.12 
 
 
419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.7 
 
 
532 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25 
 
 
455 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.27 
 
 
406 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  29.5 
 
 
515 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.27 
 
 
455 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>