More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3030 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3030  peptidoglycan lytic transglycosylase-related protein  100 
 
 
583 aa  1202    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0474  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  36.65 
 
 
801 aa  306  7e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0565  hypothetical protein  37.02 
 
 
474 aa  295  1e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  34.93 
 
 
849 aa  268  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  24.73 
 
 
733 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  24.77 
 
 
610 aa  119  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  23.09 
 
 
498 aa  118  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1361  Lytic transglycosylase catalytic  34.75 
 
 
324 aa  109  1e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  22.99 
 
 
617 aa  105  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12858  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.72 
 
 
311 aa  103  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0747324  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  23.28 
 
 
587 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  29.7 
 
 
447 aa  100  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  23.28 
 
 
522 aa  96.3  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1334  Lytic transglycosylase catalytic  42.5 
 
 
451 aa  96.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1814  Lytic transglycosylase catalytic  35.04 
 
 
276 aa  95.5  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.322189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0033  Lytic transglycosylase catalytic  35.19 
 
 
365 aa  94.7  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0750  peptidoglycan-binding LysM  30.9 
 
 
377 aa  94.7  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000075939  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  37.68 
 
 
495 aa  94.4  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.1 
 
 
372 aa  94  8e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.1 
 
 
372 aa  93.2  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  25.54 
 
 
448 aa  92.8  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.1 
 
 
372 aa  92.8  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0654  peptidoglycan-binding LysM:Lytic transglycosylase, catalytic (SLT family)  30.33 
 
 
383 aa  92.4  2e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0645436  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1082  lytic transglycosylase, catalytic  27.04 
 
 
379 aa  92  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0499  Lytic transglycosylase catalytic  35.4 
 
 
279 aa  91.7  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.809571  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0157  lytic murein transglycosylase  29.9 
 
 
312 aa  90.9  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.417814 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  21.04 
 
 
620 aa  90.5  8e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  30.11 
 
 
523 aa  89.7  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  29.73 
 
 
405 aa  89  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0032  Lytic transglycosylase catalytic  29.19 
 
 
413 aa  89  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  21.19 
 
 
544 aa  87  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  38.53 
 
 
451 aa  85.9  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  22.08 
 
 
530 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  22.08 
 
 
534 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  24.87 
 
 
506 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  24.61 
 
 
499 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  21.01 
 
 
555 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  32.24 
 
 
618 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0034  Lytic transglycosylase catalytic  29.88 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.312775  normal  0.0969684 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  23.66 
 
 
499 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  31.31 
 
 
523 aa  85.1  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  23.79 
 
 
547 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.11 
 
 
532 aa  84.7  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  29.74 
 
 
419 aa  84.7  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0661  Lytic transglycosylase catalytic  26.64 
 
 
415 aa  84.3  0.000000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.398223  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0305  Lytic transglycosylase catalytic  35.9 
 
 
440 aa  84.3  0.000000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  23.2 
 
 
638 aa  84  0.000000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  31.18 
 
 
562 aa  82.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  20.61 
 
 
556 aa  82  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  22.93 
 
 
543 aa  82.4  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0077  Lytic transglycosylase catalytic  30.36 
 
 
322 aa  82  0.00000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  23.97 
 
 
487 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  24.47 
 
 
527 aa  80.9  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  22.57 
 
 
403 aa  80.9  0.00000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  27.57 
 
 
404 aa  80.9  0.00000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  22.69 
 
 
459 aa  80.9  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  24.38 
 
 
524 aa  80.5  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  20.16 
 
 
612 aa  80.5  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  22.69 
 
 
472 aa  80.5  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  20.16 
 
 
612 aa  80.5  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  24.88 
 
 
474 aa  80.5  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  26.96 
 
 
281 aa  80.5  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  23.66 
 
 
498 aa  80.5  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.58 
 
 
395 aa  80.5  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  23.43 
 
 
595 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  37.27 
 
 
561 aa  79.3  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  20.83 
 
 
550 aa  79.3  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  29.21 
 
 
504 aa  79.3  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1379  peptidoglycan-binding LysM  36.11 
 
 
556 aa  79.3  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  25.78 
 
 
403 aa  79  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  22.25 
 
 
554 aa  78.6  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  28.71 
 
 
504 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  21.89 
 
 
442 aa  78.2  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  35.45 
 
 
650 aa  78.2  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  22.28 
 
 
507 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  24.62 
 
 
467 aa  77.8  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  27.67 
 
 
484 aa  77.4  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  22.71 
 
 
553 aa  77  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  22.97 
 
 
527 aa  76.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  20.4 
 
 
457 aa  76.6  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  26.58 
 
 
451 aa  75.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  28.22 
 
 
547 aa  76.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  21.77 
 
 
446 aa  75.1  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  22.12 
 
 
442 aa  75.5  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.64 
 
 
528 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  29.86 
 
 
512 aa  75.5  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  27.17 
 
 
492 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  35.19 
 
 
570 aa  75.1  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  28.66 
 
 
477 aa  75.1  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  26.94 
 
 
516 aa  75.5  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  28.43 
 
 
511 aa  74.3  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  19.65 
 
 
457 aa  74.3  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.61 
 
 
581 aa  74.3  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  26.48 
 
 
516 aa  74.7  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0798  lytic transglycosylase catalytic  37.17 
 
 
351 aa  73.9  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.44501  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  19.53 
 
 
580 aa  73.9  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  20.83 
 
 
534 aa  73.9  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2304  Lytic transglycosylase catalytic  31.91 
 
 
358 aa  73.9  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  23.46 
 
 
518 aa  73.9  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  36.45 
 
 
661 aa  73.9  0.000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>