61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6487 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6487  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 341 aa  687    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.577671  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3043  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  27.15 
 
 		 399 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.592375  normal  0.198967 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2915  Peptidoglycan-binding LysM  27.15 
 
 		 393 aa  88.2  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.992614  hitchhiker  0.000000148718 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  37.62 
 
 		 571 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5051  Peptidoglycan-binding LysM  26.18 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.517247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  34.86 
 
 		 634 aa  58.5  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  36.78 
 
 		 751 aa  56.6  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  32.38 
 
 		 595 aa  56.2  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2842  LysM repeat-containing protein  34.91 
 
 		 389 aa  56.2  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  28.71 
 
 		 522 aa  56.2  0.0000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  29.52 
 
 		 518 aa  55.5  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  25 
 
 		 555 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0474  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.56 
 
 		 801 aa  53.9  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.08 
 
 		 552 aa  53.5  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  27.55 
 
 		 849 aa  52.8  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  31.9 
 
 		 638 aa  52.4  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2379  peptidoglycan-binding LysM  27.35 
 
 		 698 aa  51.2  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.829657  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  28.87 
 
 		 301 aa  51.2  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  34.62 
 
 		 576 aa  50.8  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  40.98 
 
 		 485 aa  50.1  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  30.08 
 
 		 620 aa  49.7  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2150  LysM domain-containing protein  34.31 
 
 		 501 aa  49.7  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.72 
 
 		 517 aa  48.1  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  25.23 
 
 		 546 aa  48.5  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  31.25 
 
 		 797 aa  47.8  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01000  LysM-repeat domain protein  26.01 
 
 		 651 aa  47.8  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  44 
 
 		 1001 aa  47.4  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1082  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  35.63 
 
 		 400 aa  47  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.690054  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  27.66 
 
 		 517 aa  47  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1979  peptidase M23B  45.65 
 
 		 409 aa  46.6  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.552283  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  30.84 
 
 		 557 aa  46.6  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2639  NLP/P60 protein  28.57 
 
 		 349 aa  46.6  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04231  LysM domain-containing protein  26.16 
 
 		 286 aa  46.6  0.0007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.32 
 
 		 581 aa  46.2  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  37.1 
 
 		 1079 aa  46.2  0.0009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1954  NLP/P60 protein  31.43 
 
 		 384 aa  46.2  0.0009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.03 
 
 		 530 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1203  peptidase M23B  43.18 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.104562 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1708  peptidoglycan-binding LysM  24.42 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0335669  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2543  peptidoglycan-binding LysM ( peptidase)  43.18 
 
 		 399 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.97237  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  24.47 
 
 		 543 aa  46.2  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  42 
 
 		 1021 aa  45.8  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  36.56 
 
 		 650 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  31.25 
 
 		 661 aa  45.4  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  30 
 
 		 534 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  37.25 
 
 		 423 aa  45.1  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  30.11 
 
 		 570 aa  44.7  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03561  LysM domain-containing protein  30.59 
 
 		 253 aa  44.3  0.003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  23.08 
 
 		 495 aa  44.3  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  27.96 
 
 		 515 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2270  Peptidase M23  30.33 
 
 		 727 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000539525  unclonable  0.00000000807187 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1862  Peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 		 642 aa  43.9  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.746272  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.42 
 
 		 470 aa  43.9  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22240  Peptidoglycan-binding LysM  29.17 
 
 		 619 aa  43.9  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2207  Peptidase M23  30.33 
 
 		 727 aa  43.9  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0896  NLP/P60 protein  32.43 
 
 		 342 aa  43.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000013444  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  26.6 
 
 		 514 aa  43.1  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  34.17 
 
 		 293 aa  43.1  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3922  cell wall hydrolase/autolysin  28.97 
 
 		 542 aa  43.1  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00766484  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0752  peptidoglycan-binding peptidase M23B  30.43 
 
 		 291 aa  42.7  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.897589  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  25.74 
 
 		 465 aa  42.4  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>