More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3005 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
423 aa  869    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0560  Peptidoglycan-binding LysM  40.85 
 
 
507 aa  253  6e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0820449  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  33.65 
 
 
446 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1960  peptidoglycan binding domain-containing protein  50.32 
 
 
360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1413  peptidoglycan-binding LysM  32.67 
 
 
323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00299984  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  26.42 
 
 
620 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  29.02 
 
 
409 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0475  hypothetical protein  37.57 
 
 
315 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0445843  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20080  LysM domain-containing protein  27.53 
 
 
695 aa  99  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.96 
 
 
1001 aa  98.6  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  25.68 
 
 
1079 aa  97.4  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.14 
 
 
327 aa  97.8  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  30.23 
 
 
304 aa  97.1  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  26.06 
 
 
547 aa  95.9  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  27.62 
 
 
499 aa  95.1  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  26.7 
 
 
509 aa  94.4  4e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2437  hypothetical protein  39.35 
 
 
292 aa  93.2  8e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.693761  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.38 
 
 
617 aa  92.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  29.88 
 
 
546 aa  92.4  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  37.14 
 
 
283 aa  91.3  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  27.03 
 
 
173 aa  89  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  31.72 
 
 
301 aa  88.2  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  30.21 
 
 
514 aa  87.4  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.9 
 
 
612 aa  84  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  28.5 
 
 
515 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  23.9 
 
 
612 aa  84  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.43 
 
 
552 aa  83.6  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4066  Peptidoglycan-binding LysM  29.95 
 
 
390 aa  83.6  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13740  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  28.5 
 
 
390 aa  83.6  0.000000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  24.82 
 
 
1021 aa  82.8  0.000000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  31.28 
 
 
341 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  28.5 
 
 
515 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  30.81 
 
 
338 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  27.5 
 
 
179 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  21.46 
 
 
445 aa  81.6  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  31.09 
 
 
849 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  25.42 
 
 
587 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.34 
 
 
797 aa  81.3  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  30.53 
 
 
307 aa  80.5  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  27.03 
 
 
539 aa  80.5  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3112  peptidase M23B  28.7 
 
 
633 aa  80.5  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.233689 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  24.62 
 
 
544 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  28.46 
 
 
602 aa  80.1  0.00000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1556  Lytic transglycosylase catalytic  28.64 
 
 
440 aa  79.7  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  27.46 
 
 
515 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  28.65 
 
 
553 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.14 
 
 
289 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  31.5 
 
 
301 aa  77.8  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  26.94 
 
 
515 aa  77  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  25.99 
 
 
470 aa  76.3  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  30.61 
 
 
399 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  30.22 
 
 
733 aa  75.9  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  26.74 
 
 
517 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2785  peptidoglycan-binding LysM  25.2 
 
 
647 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.89 
 
 
554 aa  73.9  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  26.11 
 
 
518 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  27.32 
 
 
517 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  31.58 
 
 
250 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  32.06 
 
 
442 aa  72.8  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  27.23 
 
 
405 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2401  peptidase M23B  32.29 
 
 
297 aa  72.4  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  26.29 
 
 
511 aa  72  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0054  cell wall hydrolase, SleB  38.68 
 
 
261 aa  72.4  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000771521 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1363  Peptidase M23  26.42 
 
 
402 aa  71.6  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.498283  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  27.17 
 
 
543 aa  71.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.49 
 
 
527 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  28.67 
 
 
274 aa  70.5  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.21 
 
 
532 aa  70.5  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0014  glycoside hydrolase family 18  27.07 
 
 
428 aa  69.7  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1708  peptidoglycan-binding LysM  29.75 
 
 
286 aa  69.7  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0335669  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  27.98 
 
 
324 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  32.31 
 
 
255 aa  69.7  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  27.62 
 
 
519 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  27.62 
 
 
515 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  35.92 
 
 
277 aa  69.3  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  24.34 
 
 
519 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  27.62 
 
 
515 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  30 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  20.72 
 
 
661 aa  68.6  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  23.4 
 
 
568 aa  67.8  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  28.26 
 
 
465 aa  68.2  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  27.07 
 
 
515 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  25.99 
 
 
517 aa  68.2  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2039  Peptidase M23  29.56 
 
 
414 aa  67.4  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0205491  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  23.46 
 
 
519 aa  67  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  29.84 
 
 
503 aa  67.4  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0017  glycoside hydrolase family 18  40 
 
 
428 aa  67.4  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350058  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  24.12 
 
 
546 aa  66.6  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0480  NLP/P60 protein  28.67 
 
 
285 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0218691  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.55 
 
 
528 aa  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  25.23 
 
 
310 aa  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04231  LysM domain-containing protein  28.1 
 
 
286 aa  66.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  26.92 
 
 
527 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1901  peptidase M23B  28.57 
 
 
323 aa  65.1  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.312919 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  26.81 
 
 
840 aa  65.1  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  22.88 
 
 
580 aa  64.7  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2256  glycoside hydrolase family protein  30.6 
 
 
430 aa  64.3  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00349057  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  23.99 
 
 
634 aa  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06090  type II and III secretion system protein  33.66 
 
 
881 aa  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  35 
 
 
267 aa  63.5  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>