More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1555 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
399 aa  788    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1556  Lytic transglycosylase catalytic  72.42 
 
 
440 aa  514  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  48.73 
 
 
445 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4066  Peptidoglycan-binding LysM  50.27 
 
 
390 aa  300  4e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15830  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  49.18 
 
 
414 aa  276  4e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103964  normal  0.0951382 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  40.68 
 
 
390 aa  236  4e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13740  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  38.15 
 
 
390 aa  236  5.0000000000000005e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  36.02 
 
 
324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  35.36 
 
 
661 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0486  CHAP domain-containing protein  34.55 
 
 
334 aa  98.6  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0271604  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  34.55 
 
 
334 aa  98.6  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  35.98 
 
 
733 aa  97.1  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  34.18 
 
 
515 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  35.64 
 
 
499 aa  96.7  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  30.88 
 
 
539 aa  96.3  8e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  30.49 
 
 
596 aa  95.9  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.14 
 
 
327 aa  95.1  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  32.22 
 
 
568 aa  94.4  4e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  33.33 
 
 
495 aa  90.1  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  35.14 
 
 
544 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  33.33 
 
 
515 aa  89.7  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  31.58 
 
 
580 aa  89.4  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  31.65 
 
 
515 aa  89.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  33.33 
 
 
515 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  35.68 
 
 
444 aa  87.8  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.33 
 
 
1001 aa  87  5e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  29.76 
 
 
849 aa  87  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.62 
 
 
576 aa  86.7  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  31.98 
 
 
307 aa  86.3  9e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  29.69 
 
 
587 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  30.46 
 
 
602 aa  84.7  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.72 
 
 
519 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30 
 
 
617 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  28.98 
 
 
1021 aa  85.5  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  34.21 
 
 
571 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  31.89 
 
 
620 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  27.73 
 
 
539 aa  83.2  0.000000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  30.61 
 
 
423 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.52 
 
 
554 aa  82.8  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  30.51 
 
 
514 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  34.39 
 
 
518 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  30.73 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  30.26 
 
 
1079 aa  80.9  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  30.73 
 
 
518 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.82 
 
 
452 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  25.91 
 
 
409 aa  79.3  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.82 
 
 
452 aa  79  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.82 
 
 
452 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.82 
 
 
452 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.23 
 
 
534 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  39.82 
 
 
452 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.82 
 
 
452 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.82 
 
 
406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.82 
 
 
406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0538  muramidase (flagellum-specific)  26.06 
 
 
361 aa  78.6  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000149562  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  28.43 
 
 
517 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  31.44 
 
 
519 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  31.44 
 
 
515 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  31.44 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  28.57 
 
 
509 aa  77  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  30.93 
 
 
515 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0326  muramidase  30.43 
 
 
372 aa  76.6  0.0000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000174883  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  32.37 
 
 
527 aa  76.6  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  27.6 
 
 
556 aa  76.6  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  29.26 
 
 
511 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  29.5 
 
 
543 aa  76.3  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  34.21 
 
 
570 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  27.37 
 
 
524 aa  75.5  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  28.27 
 
 
337 aa  75.5  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  30.22 
 
 
173 aa  75.5  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  37.4 
 
 
277 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.02 
 
 
515 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  31.02 
 
 
547 aa  75.5  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  38.97 
 
 
563 aa  74.7  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  29.03 
 
 
519 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  37.09 
 
 
557 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  39.19 
 
 
954 aa  73.9  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  38.39 
 
 
637 aa  73.9  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514476  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.51 
 
 
581 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  28.64 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  40.16 
 
 
255 aa  73.6  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  30.05 
 
 
446 aa  73.6  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  29.48 
 
 
479 aa  73.2  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0702  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.5 
 
 
631 aa  73.2  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00039621  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3656  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.5 
 
 
593 aa  73.2  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000106561  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  31.47 
 
 
448 aa  73.2  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  37.86 
 
 
285 aa  72.8  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.46 
 
 
289 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  31.78 
 
 
471 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  25 
 
 
553 aa  72  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.13 
 
 
465 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  35.11 
 
 
474 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  35.11 
 
 
474 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  31.47 
 
 
429 aa  72  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.57 
 
 
528 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  38.76 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  29.57 
 
 
532 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  28.79 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  28.32 
 
 
479 aa  70.5  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.81 
 
 
797 aa  70.5  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>