195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2785 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2785  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
647 aa  1339    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0551  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  34.55 
 
 
377 aa  114  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.73 
 
 
617 aa  72.8  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  24.54 
 
 
423 aa  65.5  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4794  hypothetical protein  25.68 
 
 
329 aa  63.9  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  25.9 
 
 
733 aa  63.5  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  27.54 
 
 
553 aa  60.5  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 
444 aa  60.1  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  31.65 
 
 
506 aa  58.9  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  25.81 
 
 
399 aa  58.5  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  29.46 
 
 
550 aa  58.9  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  23.7 
 
 
1556 aa  58.5  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6708  hypothetical protein  28.5 
 
 
316 aa  58.5  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  29.77 
 
 
539 aa  58.5  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2039  Peptidase M23  25.28 
 
 
414 aa  57.8  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0205491  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  28.99 
 
 
602 aa  57.8  0.0000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  26.33 
 
 
1001 aa  57.8  0.0000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  27.56 
 
 
539 aa  57.8  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  28.68 
 
 
620 aa  57.4  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  30.5 
 
 
544 aa  57.4  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  31.78 
 
 
519 aa  57  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  29.46 
 
 
554 aa  56.6  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3257  lytic transglycosylase, catalytic  32.06 
 
 
471 aa  57  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.06 
 
 
515 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  28.26 
 
 
498 aa  55.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  23.72 
 
 
650 aa  56.2  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  24.62 
 
 
570 aa  56.2  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  25 
 
 
503 aa  55.5  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.33 
 
 
534 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  27.1 
 
 
587 aa  55.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.39 
 
 
457 aa  55.5  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  30.17 
 
 
509 aa  55.1  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  25 
 
 
390 aa  54.7  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  25.69 
 
 
457 aa  54.3  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  29.08 
 
 
289 aa  54.3  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1690  penicillin-insensitive murein endopeptidase  26.29 
 
 
279 aa  53.9  0.000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  29.5 
 
 
474 aa  53.9  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2632  peptidase M23B  39.39 
 
 
367 aa  53.9  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  24.67 
 
 
612 aa  53.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  30 
 
 
301 aa  53.5  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  29.32 
 
 
474 aa  53.5  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01020  penicillin-insensitive murein endopeptidase  28.33 
 
 
282 aa  53.5  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  24.67 
 
 
612 aa  53.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.56 
 
 
517 aa  53.1  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  26.72 
 
 
527 aa  52.8  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  25.53 
 
 
1021 aa  52.4  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.35 
 
 
556 aa  52.8  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  25.35 
 
 
301 aa  52.4  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  30.43 
 
 
324 aa  52  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1556  Lytic transglycosylase catalytic  25.93 
 
 
440 aa  52  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004390  murein endopeptidase  28.51 
 
 
278 aa  52  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  26.32 
 
 
1079 aa  51.6  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  26.57 
 
 
552 aa  51.6  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1363  Peptidase M23  18.93 
 
 
402 aa  51.6  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.498283  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  28.47 
 
 
277 aa  51.6  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  23.48 
 
 
442 aa  51.2  0.00006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.07 
 
 
327 aa  50.8  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  27.01 
 
 
477 aa  50.8  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20080  LysM domain-containing protein  28.35 
 
 
695 aa  50.8  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  22.82 
 
 
274 aa  50.8  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.99 
 
 
465 aa  50.8  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  24.14 
 
 
409 aa  50.8  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  29.77 
 
 
492 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  27.13 
 
 
517 aa  50.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  28.26 
 
 
499 aa  50.1  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  25.98 
 
 
303 aa  50.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  29.32 
 
 
474 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1299  peptidase M23B  41.51 
 
 
233 aa  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132462  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  25.74 
 
 
511 aa  50.4  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  24.09 
 
 
514 aa  50.4  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.56 
 
 
527 aa  49.7  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0836  peptidase M23B  41.51 
 
 
233 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  24.49 
 
 
517 aa  49.7  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15830  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  24.75 
 
 
414 aa  49.7  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103964  normal  0.0951382 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1317  peptidase M23B  41.51 
 
 
233 aa  49.3  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  26.67 
 
 
515 aa  49.3  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  27.46 
 
 
483 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.56 
 
 
528 aa  48.5  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  27.37 
 
 
518 aa  48.5  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  24.62 
 
 
515 aa  48.9  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  26.67 
 
 
515 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  26.92 
 
 
519 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  26.67 
 
 
515 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  23.17 
 
 
546 aa  48.5  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  30.53 
 
 
445 aa  48.5  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07930  cell wall hydrolase SleB  26.85 
 
 
310 aa  48.5  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  28.17 
 
 
483 aa  48.5  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  28.17 
 
 
483 aa  48.5  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  28.17 
 
 
483 aa  48.5  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1838  peptidoglycan-binding LysM  26.21 
 
 
443 aa  48.5  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.858327  unclonable  0.000000000675364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1691  Peptidase M23  25.54 
 
 
534 aa  48.1  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0560  penicillin-insensitive murein endopeptidase  26.6 
 
 
278 aa  48.1  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3373  penicillin-insensitive murein endopeptidase  25.75 
 
 
275 aa  48.1  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.903399  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2729  peptidase M23B  26.62 
 
 
389 aa  48.1  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.01 
 
 
530 aa  47.8  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  34.38 
 
 
230 aa  47.8  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2401  peptidase M23B  26.58 
 
 
297 aa  47.8  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  23.85 
 
 
515 aa  47.8  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  28.08 
 
 
341 aa  47.8  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4460  peptidase M23B  41.51 
 
 
233 aa  47.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561403  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>