More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2988 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  100 
 
 
503 aa  1043    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1826  hypothetical protein  41.43 
 
 
441 aa  207  4e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.658878  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  32.31 
 
 
620 aa  157  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1010  Slt family transglycosylase  29.29 
 
 
506 aa  151  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  30.43 
 
 
547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2556  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  28.57 
 
 
499 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000626959  hitchhiker  0.0000000459399 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  29.39 
 
 
638 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0489  Lytic transglycosylase catalytic  29.72 
 
 
487 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000573639 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0393  lytic transglycosylase, catalytic  29.06 
 
 
498 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00582053  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  31.82 
 
 
544 aa  136  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.25 
 
 
617 aa  136  9e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0472  lytic transglycosylase catalytic protein  27.72 
 
 
484 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  29.04 
 
 
442 aa  134  3.9999999999999996e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4010  lytic transglycosylase, catalytic  27.82 
 
 
507 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000241761  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  29.83 
 
 
595 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  31.06 
 
 
405 aa  131  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0695  Lytic transglycosylase catalytic  30.22 
 
 
499 aa  130  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000410524  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  30.25 
 
 
447 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  29.58 
 
 
522 aa  127  6e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  29.43 
 
 
596 aa  126  7e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  30.46 
 
 
523 aa  127  7e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  27.08 
 
 
448 aa  125  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  28.83 
 
 
543 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  27.68 
 
 
587 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1895  Lytic transglycosylase catalytic  26.44 
 
 
693 aa  121  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  27.59 
 
 
570 aa  120  6e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3789  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  28.95 
 
 
572 aa  120  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  31.76 
 
 
733 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.07 
 
 
528 aa  119  9e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  28.38 
 
 
661 aa  119  9e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  29.09 
 
 
534 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  28.68 
 
 
495 aa  118  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  29.14 
 
 
517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.12 
 
 
515 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.65 
 
 
534 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  29.08 
 
 
473 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  29.11 
 
 
476 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1354  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.27 
 
 
372 aa  116  7.999999999999999e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.401236  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  27.95 
 
 
544 aa  116  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  28.38 
 
 
476 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  24.31 
 
 
610 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.73 
 
 
530 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  28.38 
 
 
476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0748  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  30.54 
 
 
372 aa  114  3e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  26.9 
 
 
518 aa  115  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1522  Lytic transglycosylase catalytic  27.53 
 
 
561 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00867161  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  28.27 
 
 
519 aa  114  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3932  Lytic transglycosylase catalytic  28.65 
 
 
573 aa  114  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0673  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  30.2 
 
 
372 aa  113  7.000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  30.16 
 
 
527 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  31.41 
 
 
451 aa  112  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3846  Lytic transglycosylase catalytic  28.39 
 
 
573 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  26.3 
 
 
474 aa  111  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  31.4 
 
 
458 aa  110  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.8 
 
 
464 aa  110  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.5 
 
 
527 aa  110  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.8 
 
 
554 aa  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.23 
 
 
395 aa  109  1e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  28.49 
 
 
546 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.23 
 
 
459 aa  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.23 
 
 
472 aa  109  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  28.38 
 
 
498 aa  109  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  30.11 
 
 
556 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.37 
 
 
457 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1987  Dyp-type peroxidase  23.82 
 
 
403 aa  108  2e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  28.1 
 
 
524 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  26.14 
 
 
485 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  28.22 
 
 
553 aa  107  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  25.61 
 
 
498 aa  107  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  28.65 
 
 
519 aa  107  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  26.82 
 
 
457 aa  107  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  28.42 
 
 
511 aa  106  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  28.75 
 
 
539 aa  106  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.67 
 
 
475 aa  106  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  27.66 
 
 
492 aa  106  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.38 
 
 
532 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  28.11 
 
 
580 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.2 
 
 
455 aa  105  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 
406 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  28.07 
 
 
515 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1087  lytic transglycosylase, catalytic  24.08 
 
 
650 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.106498  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 
406 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  28.99 
 
 
445 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 
406 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 
406 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.42 
 
 
455 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1043  lytic transglycosylase, catalytic  31.76 
 
 
281 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0755702  hitchhiker  0.000682757 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2218  Lytic transglycosylase catalytic  27.13 
 
 
618 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.70593 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1191  regulatory protein dnir  24.32 
 
 
404 aa  103  5e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  29.16 
 
 
519 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  28.88 
 
 
515 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0459  putative Signal recognition particle protein (Fifty-four-like protein)  24.66 
 
 
403 aa  102  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  28.88 
 
 
515 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  26.42 
 
 
517 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.15 
 
 
452 aa  102  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.15 
 
 
406 aa  102  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.15 
 
 
406 aa  102  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.15 
 
 
452 aa  102  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.15 
 
 
452 aa  102  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  27.15 
 
 
452 aa  102  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>