261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_1839 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
314 aa  635    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  67.49 
 
 
337 aa  434  1e-121  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  49.01 
 
 
499 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03671  hypothetical protein  33.97 
 
 
287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.651012  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1708  peptidoglycan-binding LysM  25.16 
 
 
286 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0335669  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04231  LysM domain-containing protein  24.51 
 
 
286 aa  115  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03621  LysM domain-containing protein  22.78 
 
 
253 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.624755  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0336  peptidoglycan-binding LysM  24.14 
 
 
256 aa  96.7  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.230507  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03561  LysM domain-containing protein  23.28 
 
 
253 aa  95.1  1e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03571  LysM domain-containing protein  25.75 
 
 
253 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3173  peptidase M23B  44.33 
 
 
314 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000536198  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  33.54 
 
 
470 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  32.99 
 
 
612 aa  79  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.99 
 
 
612 aa  79  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  30.68 
 
 
602 aa  77.8  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0326  muramidase  30.37 
 
 
372 aa  77.4  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000174883  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  29.21 
 
 
338 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  35.34 
 
 
503 aa  73.6  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.89 
 
 
797 aa  71.6  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  31.52 
 
 
568 aa  71.2  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30.85 
 
 
840 aa  68.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2172  peptidase M23B  37.5 
 
 
284 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1082  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  36.84 
 
 
400 aa  67.8  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.690054  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  26.98 
 
 
341 aa  67  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0644  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.4 
 
 
679 aa  67  0.0000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.165193  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  28.16 
 
 
595 aa  66.2  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  32.35 
 
 
661 aa  66.6  0.0000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  25.88 
 
 
173 aa  66.6  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  29.77 
 
 
390 aa  66.6  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  26.34 
 
 
405 aa  65.9  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  28.25 
 
 
547 aa  65.9  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.06 
 
 
327 aa  65.9  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  23.04 
 
 
509 aa  65.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  29.17 
 
 
620 aa  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  31.52 
 
 
571 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  36.21 
 
 
283 aa  65.5  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  38.89 
 
 
733 aa  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  22.22 
 
 
423 aa  65.1  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.57 
 
 
576 aa  64.7  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  30.46 
 
 
596 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08381  hypothetical protein  34.62 
 
 
141 aa  63.5  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.275743  hitchhiker  0.00161407 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  26.83 
 
 
849 aa  63.2  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  32.26 
 
 
1556 aa  62.8  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  27.12 
 
 
274 aa  62.8  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  30.41 
 
 
324 aa  62.4  0.000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  33 
 
 
518 aa  62.4  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1840  cell wall hydrolase SleB  33.07 
 
 
264 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645557  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3908  lytic transglycosylase catalytic  31.54 
 
 
544 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0496507 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  40.82 
 
 
301 aa  61.6  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0038  peptidase M23B  39.22 
 
 
330 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  30.13 
 
 
304 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  37.84 
 
 
563 aa  60.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  31.45 
 
 
465 aa  60.8  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  38.1 
 
 
303 aa  60.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4066  Peptidoglycan-binding LysM  27.78 
 
 
390 aa  60.5  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  25.15 
 
 
409 aa  60.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  35.19 
 
 
515 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  27.33 
 
 
446 aa  60.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  34.34 
 
 
250 aa  60.5  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  26.19 
 
 
539 aa  60.1  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  35.19 
 
 
515 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  26.78 
 
 
445 aa  60.1  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1199  LysM repeat-containing muramidase  32.41 
 
 
390 aa  60.1  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00727449  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.27 
 
 
289 aa  60.1  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  34.65 
 
 
517 aa  59.7  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  32.41 
 
 
515 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  32.77 
 
 
518 aa  59.3  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04840  peptidase M23B  25.18 
 
 
419 aa  59.3  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000479397  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1174  peptidoglycan-binding LysM  35.19 
 
 
522 aa  58.9  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.106358 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  34.26 
 
 
517 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  35.19 
 
 
570 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  38.46 
 
 
557 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1363  Peptidase M23  26.9 
 
 
402 aa  57.8  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.498283  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.27 
 
 
554 aa  58.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  27.92 
 
 
302 aa  57.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2780  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  28.33 
 
 
579 aa  57.4  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.395604  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  36.45 
 
 
445 aa  57.4  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0639  peptidase M23B  26.21 
 
 
394 aa  57.4  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00338923  normal  0.454095 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  28.24 
 
 
587 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1111  glycoside hydrolase family 18  29.25 
 
 
426 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  30.19 
 
 
514 aa  57.4  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  24.86 
 
 
1001 aa  57  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3033  peptidase M23B  29.25 
 
 
328 aa  57  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  27.59 
 
 
546 aa  57  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1901  peptidase M23B  36 
 
 
323 aa  57  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.312919 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3922  cell wall hydrolase/autolysin  37.04 
 
 
542 aa  56.6  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00766484  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.61 
 
 
637 aa  56.6  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514476  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1493  Peptidase M23  26.69 
 
 
530 aa  56.2  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.323244 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  27.84 
 
 
1021 aa  56.2  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  31.82 
 
 
519 aa  55.8  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0702  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.61 
 
 
631 aa  55.8  0.0000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00039621  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3656  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.61 
 
 
593 aa  55.8  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000106561  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0054  cell wall hydrolase, SleB  35.05 
 
 
261 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000771521 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  29.91 
 
 
515 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 
539 aa  55.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  38.39 
 
 
289 aa  55.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  31.48 
 
 
515 aa  54.7  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0546  hypothetical protein  36.62 
 
 
95 aa  55.1  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  23.86 
 
 
179 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  29.01 
 
 
334 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>