More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3231 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_3231  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
390 aa  764    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0309569 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15830  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  47.47 
 
 
414 aa  268  1e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103964  normal  0.0951382 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  51.92 
 
 
445 aa  268  1e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  39.43 
 
 
399 aa  241  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1556  Lytic transglycosylase catalytic  39.65 
 
 
440 aa  214  9.999999999999999e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4066  Peptidoglycan-binding LysM  38.46 
 
 
390 aa  207  3e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13740  soluble lytic murein transglycosylase-like protein  34.94 
 
 
390 aa  155  1e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  35.03 
 
 
324 aa  99  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  41.32 
 
 
499 aa  96.3  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  34.1 
 
 
546 aa  90.1  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  33.52 
 
 
515 aa  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.64 
 
 
532 aa  88.6  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
517 aa  87.8  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  32.97 
 
 
515 aa  87.8  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  33.52 
 
 
515 aa  86.7  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  31.49 
 
 
514 aa  86.3  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0326  muramidase  34.39 
 
 
372 aa  85.9  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000174883  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  41.1 
 
 
341 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  35.6 
 
 
338 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  32.97 
 
 
515 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  35.33 
 
 
661 aa  84  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  32.27 
 
 
568 aa  84  0.000000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.73 
 
 
527 aa  82.8  0.000000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.07 
 
 
327 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  29.84 
 
 
495 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  34.78 
 
 
304 aa  82  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  34.98 
 
 
733 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  29.61 
 
 
519 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  31.32 
 
 
515 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.73 
 
 
528 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  30.73 
 
 
519 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  29.08 
 
 
337 aa  80.5  0.00000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  31.32 
 
 
519 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  31.32 
 
 
515 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  31.32 
 
 
515 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  33.17 
 
 
544 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2008  Peptidase M23  27.89 
 
 
602 aa  80.1  0.00000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  30.11 
 
 
1079 aa  79.3  0.00000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  41.04 
 
 
444 aa  79.3  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  34.12 
 
 
470 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  30.56 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  37.21 
 
 
527 aa  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  28.49 
 
 
518 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  33 
 
 
595 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.11 
 
 
554 aa  77  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  31.63 
 
 
550 aa  77  0.0000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  28.12 
 
 
849 aa  76.6  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  32.4 
 
 
547 aa  75.1  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  30.9 
 
 
511 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  28.73 
 
 
517 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  27.78 
 
 
553 aa  74.3  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2042  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.6 
 
 
617 aa  73.6  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130746  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.54 
 
 
797 aa  73.9  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0486  CHAP domain-containing protein  31.61 
 
 
334 aa  73.6  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0271604  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  26.7 
 
 
552 aa  73.6  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  31.61 
 
 
334 aa  73.6  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  27.18 
 
 
509 aa  73.2  0.000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  30.57 
 
 
620 aa  72.8  0.000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0625  NLP/P60 protein  34.84 
 
 
466 aa  72.8  0.00000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00171515  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  33.51 
 
 
534 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  28.49 
 
 
517 aa  72.8  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1708  peptidoglycan-binding LysM  23.88 
 
 
286 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0335669  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.24 
 
 
515 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  26.13 
 
 
409 aa  70.5  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  32.62 
 
 
518 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.43 
 
 
1001 aa  69.3  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  29.27 
 
 
173 aa  68.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  30.81 
 
 
539 aa  68.2  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1124  Lytic transglycosylase catalytic  32.18 
 
 
596 aa  67.4  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.331825  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  30.22 
 
 
1021 aa  67  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  30.14 
 
 
524 aa  67  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.89 
 
 
612 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  31.89 
 
 
612 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  26.34 
 
 
543 aa  66.2  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3294  glycoside hydrolase family protein  36.45 
 
 
430 aa  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  41.9 
 
 
301 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.33 
 
 
840 aa  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1200  lytic transglycosylase, catalytic  34.97 
 
 
279 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.15 
 
 
289 aa  65.1  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0538  muramidase (flagellum-specific)  29.65 
 
 
361 aa  65.5  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000149562  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  38.32 
 
 
429 aa  65.1  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  38.32 
 
 
448 aa  65.1  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.74 
 
 
455 aa  65.1  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  29.58 
 
 
580 aa  64.7  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3365  NLP/P60 protein  40.59 
 
 
342 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  36.45 
 
 
570 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 
587 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1862  Peptidoglycan-binding LysM  30.2 
 
 
642 aa  64.3  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.746272  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2256  glycoside hydrolase family protein  35.51 
 
 
430 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00349057  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1601  Lytic transglycosylase catalytic  38.89 
 
 
321 aa  64.3  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  36.07 
 
 
445 aa  63.9  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  31.58 
 
 
474 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  31.94 
 
 
498 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  37.04 
 
 
267 aa  63.5  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  35.43 
 
 
307 aa  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  37.93 
 
 
503 aa  63.5  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  35.38 
 
 
202 aa  63.2  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  33.53 
 
 
251 aa  63.2  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  32.53 
 
 
204 aa  63.2  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  34.91 
 
 
555 aa  63.2  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>