More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0492 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  100 
 
 		 1556 aa  3185    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  33.2 
 
 		 231 aa  113  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  32.78 
 
 		 231 aa  110  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  31.67 
 
 		 227 aa  98.6  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  30 
 
 		 370 aa  94  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.07 
 
 		 524 aa  92.8  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  30.54 
 
 		 222 aa  86.7  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  29.29 
 
 		 229 aa  86.3  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  29.77 
 
 		 223 aa  85.5  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  29.77 
 
 		 223 aa  85.5  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  36.21 
 
 		 274 aa  82  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  29.71 
 
 		 222 aa  81.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  30.29 
 
 		 223 aa  77  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  28.45 
 
 		 222 aa  77.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  28.79 
 
 		 301 aa  77.8  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  30.61 
 
 		 223 aa  74.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  30.6 
 
 		 515 aa  73.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  30.6 
 
 		 515 aa  73.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3203  Ig domain-containing protein  31.1 
 
 		 981 aa  73.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  30.6 
 
 		 519 aa  73.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  29.85 
 
 		 515 aa  72.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  24.91 
 
 		 611 aa  72.4  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 307 aa  72  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  30.13 
 
 		 409 aa  71.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  32 
 
 		 310 aa  71.6  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  29.39 
 
 		 274 aa  70.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  25 
 
 		 238 aa  71.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4147  peptidoglycan-binding LysM  33.02 
 
 		 250 aa  70.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0392634 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  30 
 
 		 514 aa  70.5  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2318  LysM/M23/M37 peptidase  35.42 
 
 		 307 aa  70.5  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.234924  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  32.09 
 
 		 797 aa  69.7  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  27.98 
 
 		 515 aa  68.9  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  36.96 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  38.46 
 
 		 267 aa  68.2  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  34.29 
 
 		 733 aa  68.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 327 aa  67.8  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  29.01 
 
 		 515 aa  67.8  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  27.64 
 
 		 258 aa  67.4  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  29.27 
 
 		 515 aa  67.8  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  33.68 
 
 		 470 aa  66.6  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  32.06 
 
 		 338 aa  67  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0056  Ig-like, group 2  26.29 
 
 		 4630 aa  67  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  26.84 
 
 		 226 aa  66.6  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  27.38 
 
 		 515 aa  66.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  29.92 
 
 		 620 aa  65.9  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  34.48 
 
 		 509 aa  65.9  0.000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1555  peptidoglycan-binding LysM  30.94 
 
 		 399 aa  65.5  0.000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  29.01 
 
 		 511 aa  65.5  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  27.33 
 
 		 519 aa  65.1  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  31.73 
 
 		 283 aa  64.7  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  35 
 
 		 546 aa  64.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  33.33 
 
 		 301 aa  63.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  28.57 
 
 		 552 aa  63.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  31.13 
 
 		 179 aa  64.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03671  hypothetical protein  31.08 
 
 		 287 aa  63.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.651012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  37.5 
 
 		 341 aa  63.9  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  27.62 
 
 		 264 aa  63.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2064  polysaccharide deacetylase  35.48 
 
 		 368 aa  63.5  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000028992  hitchhiker  0.000502846 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1354  Lytic transglycosylase catalytic  23.27 
 
 		 661 aa  63.2  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.828484  normal  0.0280405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  34.15 
 
 		 495 aa  63.2  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1839  peptidoglycan-binding LysM  32.26 
 
 		 314 aa  62.8  0.00000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.955288  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  31.36 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  36.84 
 
 		 429 aa  62.8  0.00000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  35.79 
 
 		 448 aa  62.8  0.00000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  28.8 
 
 		 423 aa  62.8  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  39.25 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  29.52 
 
 		 503 aa  62.4  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  29.84 
 
 		 595 aa  62  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  31.4 
 
 		 289 aa  62  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  25.62 
 
 		 539 aa  61.6  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  29.66 
 
 		 519 aa  61.6  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.48 
 
 		 457 aa  61.2  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  26.23 
 
 		 240 aa  61.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  24.48 
 
 		 530 aa  61.6  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  33.65 
 
 		 568 aa  61.2  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  26.35 
 
 		 517 aa  61.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2172  peptidase M23B  29.9 
 
 		 284 aa  61.6  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  34.02 
 
 		 503 aa  61.6  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.48 
 
 		 457 aa  61.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3173  peptidase M23B  27.56 
 
 		 314 aa  60.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000536198  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  34.82 
 
 		 442 aa  60.5  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  25.35 
 
 		 1554 aa  60.1  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0326  muramidase  35.19 
 
 		 372 aa  60.5  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000174883  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  28.8 
 
 		 405 aa  60.5  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  31.36 
 
 		 446 aa  59.7  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.4 
 
 		 343 aa  60.1  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  26.47 
 
 		 543 aa  59.3  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1556  Lytic transglycosylase catalytic  31.62 
 
 		 440 aa  59.3  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0809  hypothetical protein  48.65 
 
 		 916 aa  58.9  0.0000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.455366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1199  LysM repeat-containing muramidase  31.48 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00727449  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  31.52 
 
 		 1079 aa  58.9  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  25.77 
 
 		 517 aa  58.9  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  36.25 
 
 		 367 aa  58.9  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  30.43 
 
 		 1021 aa  58.9  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  31.2 
 
 		 523 aa  58.9  0.0000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1982  LysM domain-containing protein  63.64 
 
 		 184 aa  58.9  0.0000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0017  glycoside hydrolase family 18  30.11 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350058  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  29.13 
 
 		 544 aa  58.5  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.35 
 
 		 1001 aa  58.2  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  31.18 
 
 		 337 aa  58.2  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0756826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>