More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1793 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1793  peptidase M23B  100 
 
 		 426 aa  844    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.532041  normal  0.0360441 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1203  peptidase M23B  51.64 
 
 		 399 aa  348  7e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.104562 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2543  peptidoglycan-binding LysM ( peptidase)  51.64 
 
 		 399 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.97237  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1979  peptidase M23B  52.51 
 
 		 409 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.552283  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2138  hypothetical protein  45.52 
 
 		 409 aa  307  3e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.123403  normal  0.331255 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1065  peptidase M23B  48.41 
 
 		 373 aa  302  8.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0161444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2729  peptidase M23B  46.17 
 
 		 389 aa  253  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0639  peptidase M23B  33.88 
 
 		 394 aa  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00338923  normal  0.454095 
 
 
-
 
NC_004310  BR0888  M24/M37 family peptidase  34.57 
 
 		 427 aa  109  8.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0884  M24/M37 family peptidase  34.44 
 
 		 427 aa  106  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1493  Peptidase M23  28.8 
 
 		 530 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.323244 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  33.19 
 
 		 230 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1171  peptidase M23B  28.84 
 
 		 509 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816034  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  30.99 
 
 		 257 aa  101  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1901  peptidase M23B  30.04 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.312919 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1800  peptidase M23B  32.28 
 
 		 412 aa  101  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0541473  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3033  peptidase M23B  33.19 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2339  peptidase M23B  33.47 
 
 		 438 aa  99.8  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  33.94 
 
 		 293 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  33.48 
 
 		 290 aa  97.8  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3768  peptidase M23B  31.68 
 
 		 289 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4600  peptidase M23B  31.68 
 
 		 289 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.204329 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2662  lipoprotein  26.81 
 
 		 538 aa  95.9  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0792091  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1244  peptidase M23B  31.9 
 
 		 286 aa  95.1  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2205  putative lipoprotein  32.54 
 
 		 256 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.572382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1691  Peptidase M23  27.44 
 
 		 534 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1772  peptidase M23B  28.92 
 
 		 453 aa  94.4  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306427  decreased coverage  0.00457712 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4750  Peptidase M23  42.11 
 
 		 446 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.282212 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1202  peptidase M23B  30 
 
 		 230 aa  94  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  28.39 
 
 		 287 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  32.37 
 
 		 297 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5969  Peptidase M23  31.2 
 
 		 261 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4231  peptidase M23B  42.11 
 
 		 451 aa  92  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4601  Peptidase M23  42.11 
 
 		 455 aa  92  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0813649  normal  0.686442 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4047  peptidase M23B  33.04 
 
 		 284 aa  92  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  28.08 
 
 		 264 aa  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4030  peptidase M23B  31.76 
 
 		 279 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4409  putative peptidoglycan-binding LysM  35.02 
 
 		 484 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.35842 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2522  peptidase M23B  31.35 
 
 		 464 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158439  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6574  peptidase M23B  41.53 
 
 		 501 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189098  normal  0.018456 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1073  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  31.25 
 
 		 242 aa  90.5  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4956  Peptidase M23  28.63 
 
 		 325 aa  90.1  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.388458  normal  0.0405344 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1542  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.57 
 
 		 233 aa  90.5  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0803  lipoprotein NlpD, putative  30.57 
 
 		 233 aa  90.5  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1711  peptidase  30.57 
 
 		 296 aa  90.5  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.651895  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1320  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.57 
 
 		 233 aa  90.5  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1341  Peptidase M23  43.86 
 
 		 417 aa  90.1  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.734958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7396  Peptidase M23  41.53 
 
 		 537 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128641  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0553  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.57 
 
 		 233 aa  90.5  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0602  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.57 
 
 		 296 aa  90.5  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.469429  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  31.9 
 
 		 250 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310031 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4488  peptidase M23  31.76 
 
 		 279 aa  89.7  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0528  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.8 
 
 		 322 aa  89.4  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.427762  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0258  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.8 
 
 		 322 aa  89.4  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5705  peptidase M23B  32.46 
 
 		 289 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0246973 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1511  peptidase  30.13 
 
 		 236 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1039  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.8 
 
 		 322 aa  89.4  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2699  peptidase M23  41.23 
 
 		 500 aa  88.6  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349979  normal  0.95229 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1284  putative lipoprotein NlpD  30.8 
 
 		 315 aa  89  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0661  peptidase M23B  28.9 
 
 		 270 aa  88.6  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0851983  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  31.9 
 
 		 251 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  31.9 
 
 		 251 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  31.9 
 
 		 251 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1694  putative lipoprotein nlpD  27.82 
 
 		 329 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.807801 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1037  peptidase M23B  27.27 
 
 		 240 aa  88.2  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.283686 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  31.9 
 
 		 251 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  31.25 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  31.25 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1299  peptidase M23B  31.47 
 
 		 233 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1300  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.42 
 
 		 322 aa  87.8  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  31.25 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  30.6 
 
 		 295 aa  87.8  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  31.25 
 
 		 377 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0836  peptidase M23B  31.47 
 
 		 233 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0521  LysM/M23 peptidase  28.18 
 
 		 397 aa  87.8  4e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.939953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1317  peptidase M23B  31.47 
 
 		 233 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  31.25 
 
 		 377 aa  87.4  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1285  Peptidase M23  31.17 
 
 		 246 aa  87  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.780134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0899  peptidase M23B  30.67 
 
 		 240 aa  87  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4460  peptidase M23B  31.9 
 
 		 233 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  33.04 
 
 		 274 aa  86.7  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1826  peptidase M23B  28.48 
 
 		 333 aa  86.3  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0261154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  29.59 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2270  peptidase M23  41.23 
 
 		 494 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.561142 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1380  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  30.42 
 
 		 322 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.801957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2551  peptidase  30.42 
 
 		 315 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  31.47 
 
 		 251 aa  86.3  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1050  Peptidase M23  30.71 
 
 		 275 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.515696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  30.6 
 
 		 250 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  28.83 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  31.86 
 
 		 268 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  30.49 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1429  putative lipoprotein  27.64 
 
 		 279 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000184738  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  30.6 
 
 		 250 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  35.67 
 
 		 465 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  30.6 
 
 		 250 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  30.6 
 
 		 250 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0690  hypothetical protein  28.02 
 
 		 272 aa  84.7  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000105765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  31.03 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  26.95 
 
 		 509 aa  84.3  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>