More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_2180 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
354 aa  705    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.53 
 
 
354 aa  637    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  85.47 
 
 
366 aa  590  1e-167  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  85.47 
 
 
366 aa  590  1e-167  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  85.47 
 
 
366 aa  590  1e-167  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  78.25 
 
 
354 aa  562  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.21 
 
 
369 aa  484  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.55 
 
 
364 aa  460  9.999999999999999e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.96 
 
 
359 aa  452  1.0000000000000001e-126  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.59 
 
 
367 aa  449  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.99 
 
 
358 aa  431  1e-120  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.93 
 
 
358 aa  421  1e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.02 
 
 
356 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60 
 
 
354 aa  401  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.25 
 
 
359 aa  401  1e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.26 
 
 
376 aa  394  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.49 
 
 
354 aa  393  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.93 
 
 
357 aa  389  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.48 
 
 
357 aa  386  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.75 
 
 
354 aa  384  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.1 
 
 
371 aa  382  1e-105  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.34 
 
 
371 aa  375  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.66 
 
 
375 aa  377  1e-103  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.26 
 
 
370 aa  369  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.26 
 
 
353 aa  367  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  58.69 
 
 
353 aa  366  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.85 
 
 
359 aa  363  3e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.26 
 
 
351 aa  358  8e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.46 
 
 
374 aa  352  4e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.97 
 
 
371 aa  343  2e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.35 
 
 
394 aa  335  5e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.18 
 
 
378 aa  326  3e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.68 
 
 
378 aa  325  8.000000000000001e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.74 
 
 
397 aa  323  2e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.71 
 
 
378 aa  322  9.000000000000001e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.3 
 
 
401 aa  293  4e-78  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  42 
 
 
344 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.47 
 
 
356 aa  207  2e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.18 
 
 
354 aa  189  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.11 
 
 
361 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.26 
 
 
368 aa  183  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.16 
 
 
368 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  36.31 
 
 
368 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  31.13 
 
 
368 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3428  peptidase M20  28.73 
 
 
356 aa  99.8  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00953913  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.9 
 
 
404 aa  97.1  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.13 
 
 
386 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2101  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.56 
 
 
407 aa  94  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.239154  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.44 
 
 
398 aa  94  4e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.56 
 
 
407 aa  94  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.21 
 
 
379 aa  92.8  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  30.05 
 
 
385 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4431  peptidase dimerisation domain protein  26.22 
 
 
361 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0204618  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0287  peptidase M20  31.39 
 
 
373 aa  90.9  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.13 
 
 
391 aa  90.9  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.12 
 
 
385 aa  90.9  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.8 
 
 
391 aa  90.9  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.45 
 
 
391 aa  90.5  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.09 
 
 
395 aa  89.7  7e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.09 
 
 
389 aa  89  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  29.75 
 
 
365 aa  89.4  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.43 
 
 
401 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.75 
 
 
376 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.57 
 
 
385 aa  88.2  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1014  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.72 
 
 
393 aa  88.2  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00488739 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.72 
 
 
377 aa  88.2  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.67 
 
 
387 aa  88.2  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4203  peptidase M20  28.74 
 
 
360 aa  87.8  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0267175  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.07 
 
 
380 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.76 
 
 
380 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3087  acetylornithine deacetylase  27.43 
 
 
354 aa  87  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.36 
 
 
399 aa  87.4  4e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.69 
 
 
388 aa  87  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.4 
 
 
376 aa  86.3  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.76 
 
 
366 aa  86.3  7e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.1 
 
 
391 aa  86.3  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.87 
 
 
399 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1500  peptidase  27.79 
 
 
394 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  28.1 
 
 
374 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.76 
 
 
365 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.119075  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  28.31 
 
 
380 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.19 
 
 
378 aa  84.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.98 
 
 
386 aa  85.1  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.79 
 
 
387 aa  85.1  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0027  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  28.3 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.61 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.3 
 
 
383 aa  84.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0948  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.97 
 
 
377 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6551  peptidase M20  25.83 
 
 
354 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.46 
 
 
392 aa  84.3  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.64 
 
 
379 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  30.56 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.34 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.8 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.67 
 
 
365 aa  83.2  0.000000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.467708  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0918  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.45 
 
 
377 aa  83.2  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.85 
 
 
376 aa  83.2  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3269  acetylornithine deacetylase  27.08 
 
 
382 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0376318 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.44 
 
 
374 aa  82  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>