More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_06290 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
358 aa  706    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  72.11 
 
 
359 aa  498  1e-140  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.82 
 
 
367 aa  455  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.03 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.26 
 
 
369 aa  441  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.99 
 
 
354 aa  443  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.43 
 
 
354 aa  441  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.15 
 
 
366 aa  438  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.15 
 
 
366 aa  438  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.15 
 
 
366 aa  438  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.61 
 
 
354 aa  410  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.11 
 
 
354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.33 
 
 
364 aa  403  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.51 
 
 
357 aa  400  9.999999999999999e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.18 
 
 
371 aa  395  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.26 
 
 
358 aa  397  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.66 
 
 
357 aa  395  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.11 
 
 
354 aa  396  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.73 
 
 
353 aa  389  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.56 
 
 
375 aa  389  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.71 
 
 
371 aa  379  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.54 
 
 
359 aa  378  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.85 
 
 
356 aa  376  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.89 
 
 
374 aa  372  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.94 
 
 
351 aa  371  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.83 
 
 
371 aa  369  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.22 
 
 
378 aa  366  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.55 
 
 
370 aa  365  1e-100  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.66 
 
 
397 aa  362  7.0000000000000005e-99  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  55.52 
 
 
353 aa  356  2.9999999999999997e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.34 
 
 
359 aa  355  6.999999999999999e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.9 
 
 
378 aa  354  1e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
376 aa  354  1e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.46 
 
 
394 aa  348  1e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.26 
 
 
378 aa  324  1e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.4 
 
 
401 aa  318  7.999999999999999e-86  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.65 
 
 
356 aa  226  6e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  45.89 
 
 
344 aa  225  7e-58  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  37.15 
 
 
368 aa  183  5.0000000000000004e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.1 
 
 
368 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.25 
 
 
361 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.82 
 
 
368 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.78 
 
 
354 aa  179  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.15 
 
 
368 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.35 
 
 
383 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.4 
 
 
378 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.03 
 
 
425 aa  99.8  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.05 
 
 
391 aa  99.8  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.5 
 
 
388 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  29.21 
 
 
365 aa  97.4  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.53 
 
 
377 aa  97.4  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.06 
 
 
383 aa  97.4  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1025  peptidase M20  29.28 
 
 
362 aa  96.7  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.23 
 
 
386 aa  93.6  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  29.39 
 
 
364 aa  93.2  7e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  27.65 
 
 
368 aa  92.4  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0233  peptidase M20  29.17 
 
 
420 aa  92.4  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.571831  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.91 
 
 
391 aa  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.71 
 
 
387 aa  90.5  4e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.12 
 
 
383 aa  90.5  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.23 
 
 
391 aa  90.5  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  26.6 
 
 
369 aa  89.7  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.83 
 
 
387 aa  89.7  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1676  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  26.18 
 
 
349 aa  89  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.791756  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.08 
 
 
375 aa  89.4  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.41 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3310  acetyl-lysine deacetylase  29.86 
 
 
351 aa  88.2  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.08 
 
 
376 aa  88.6  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.41 
 
 
375 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.41 
 
 
375 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  29.18 
 
 
375 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.41 
 
 
375 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.41 
 
 
375 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  27.78 
 
 
380 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1391  acetyl-lysine deacetylase  30.83 
 
 
358 aa  86.7  6e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.971431  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.46 
 
 
386 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.27 
 
 
375 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.43 
 
 
391 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.27 
 
 
375 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  30.37 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.27 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.88 
 
 
377 aa  84.3  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.01 
 
 
383 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.57 
 
 
382 aa  84  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.57 
 
 
382 aa  84  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.89 
 
 
376 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.48 
 
 
386 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.47 
 
 
383 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1810  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.17 
 
 
406 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.834903 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.6 
 
 
375 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.97 
 
 
413 aa  81.6  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.34 
 
 
363 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.66 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.77 
 
 
382 aa  82  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.77 
 
 
389 aa  80.9  0.00000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.05 
 
 
392 aa  80.9  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  29.01 
 
 
416 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.99 
 
 
375 aa  80.5  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0407  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.06 
 
 
392 aa  80.1  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.2 
 
 
374 aa  79.7  0.00000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>