More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4562 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
388 aa  788    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60 
 
 
390 aa  429  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.84 
 
 
395 aa  423  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.24 
 
 
392 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.77 
 
 
387 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.47 
 
 
388 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.49 
 
 
389 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.25 
 
 
389 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.73 
 
 
384 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.35 
 
 
385 aa  393  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.03 
 
 
411 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.21 
 
 
389 aa  382  1e-105  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.31 
 
 
404 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.12 
 
 
387 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.03 
 
 
381 aa  376  1e-103  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.35 
 
 
371 aa  373  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.15 
 
 
388 aa  371  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.79 
 
 
381 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.38 
 
 
380 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.96 
 
 
403 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.32 
 
 
397 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.93 
 
 
404 aa  365  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.38 
 
 
380 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.28 
 
 
397 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.32 
 
 
363 aa  361  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.74 
 
 
388 aa  358  9.999999999999999e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.65 
 
 
383 aa  355  8.999999999999999e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.35 
 
 
377 aa  354  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.5 
 
 
375 aa  352  5e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.25 
 
 
380 aa  352  7e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.74 
 
 
388 aa  351  1e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.52 
 
 
395 aa  346  3e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.52 
 
 
395 aa  346  3e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.87 
 
 
426 aa  347  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.3 
 
 
390 aa  345  8.999999999999999e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.56 
 
 
387 aa  343  2e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.89 
 
 
377 aa  341  1e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.26 
 
 
392 aa  340  4e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.59 
 
 
398 aa  336  3.9999999999999995e-91  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.6 
 
 
379 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.48 
 
 
395 aa  333  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.52 
 
 
410 aa  332  8e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.76 
 
 
396 aa  329  4e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.17 
 
 
395 aa  324  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.34 
 
 
378 aa  323  3e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.15 
 
 
382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.95 
 
 
392 aa  319  7e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.67 
 
 
385 aa  317  3e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.48 
 
 
380 aa  316  3e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.99 
 
 
375 aa  316  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.45 
 
 
383 aa  315  8e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.82 
 
 
383 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.09 
 
 
383 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.19 
 
 
407 aa  305  7e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.89 
 
 
407 aa  304  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.33 
 
 
375 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45 
 
 
395 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
377 aa  302  7.000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.13 
 
 
378 aa  301  2e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.16 
 
 
379 aa  298  7e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.84 
 
 
402 aa  298  1e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.59 
 
 
386 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.3 
 
 
380 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.65 
 
 
386 aa  295  7e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.09 
 
 
382 aa  295  9e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.85 
 
 
383 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.95 
 
 
401 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.33 
 
 
383 aa  293  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44 
 
 
378 aa  291  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.46 
 
 
377 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.42 
 
 
375 aa  291  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.42 
 
 
375 aa  290  3e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.89 
 
 
375 aa  290  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.16 
 
 
379 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.29 
 
 
376 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.2 
 
 
375 aa  289  5.0000000000000004e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.74 
 
 
386 aa  289  7e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
377 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.01 
 
 
375 aa  288  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
378 aa  288  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
376 aa  288  2e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.74 
 
 
383 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.27 
 
 
383 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.05 
 
 
382 aa  286  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.05 
 
 
382 aa  286  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.11 
 
 
376 aa  286  4e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.93 
 
 
383 aa  285  7e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.25 
 
 
396 aa  285  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.96869  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.11 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.16 
 
 
376 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.03 
 
 
425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
375 aa  283  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
383 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.52 
 
 
375 aa  282  8.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.97 
 
 
379 aa  282  9e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.97 
 
 
379 aa  282  9e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.37 
 
 
391 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.3 
 
 
389 aa  281  1e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>