More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3116 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
395 aa  813    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.45 
 
 
381 aa  433  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.36 
 
 
380 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.82 
 
 
380 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.09 
 
 
380 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.67 
 
 
388 aa  415  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.18 
 
 
379 aa  411  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.24 
 
 
382 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45 
 
 
388 aa  322  5e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.48 
 
 
395 aa  319  6e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.19 
 
 
387 aa  317  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.25 
 
 
388 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.99 
 
 
403 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.52 
 
 
390 aa  309  5e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
404 aa  300  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.37 
 
 
392 aa  297  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.17 
 
 
397 aa  296  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.48 
 
 
381 aa  295  1e-78  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.6 
 
 
397 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.22 
 
 
389 aa  293  5e-78  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43 
 
 
395 aa  291  9e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43 
 
 
395 aa  291  9e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.74 
 
 
411 aa  290  4e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.64 
 
 
392 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.67 
 
 
384 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.53 
 
 
390 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.21 
 
 
371 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.62 
 
 
395 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.15 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.41 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
389 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
426 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.79 
 
 
398 aa  281  2e-74  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.01 
 
 
377 aa  279  5e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.42 
 
 
410 aa  279  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.16 
 
 
395 aa  279  7e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
389 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.42 
 
 
396 aa  276  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.69 
 
 
388 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.58 
 
 
385 aa  277  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.75 
 
 
377 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.46 
 
 
388 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.85 
 
 
363 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
375 aa  268  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.92 
 
 
387 aa  256  5e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.44 
 
 
379 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1933  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.97 
 
 
379 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.55211 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.5 
 
 
379 aa  252  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.37 
 
 
375 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.11 
 
 
391 aa  251  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.9 
 
 
386 aa  250  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.73 
 
 
386 aa  249  8e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.62 
 
 
383 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.24 
 
 
379 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.97 
 
 
383 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2051  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.67 
 
 
379 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.85 
 
 
391 aa  246  6e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
375 aa  245  8e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2596  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
383 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.44 
 
 
379 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.34 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6045  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.790399  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2032  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.7 
 
 
379 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460385  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.26 
 
 
389 aa  243  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.95 
 
 
386 aa  242  7e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.63 
 
 
385 aa  242  7e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.24 
 
 
401 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  36.83 
 
 
375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.82 
 
 
386 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.68 
 
 
382 aa  240  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.19 
 
 
407 aa  240  4e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.83 
 
 
375 aa  239  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.57 
 
 
383 aa  239  9e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.57 
 
 
383 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.75 
 
 
375 aa  238  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.93 
 
 
383 aa  237  3e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0095  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.31 
 
 
377 aa  236  7e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.34 
 
 
407 aa  236  7e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.22 
 
 
377 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.87 
 
 
375 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.44 
 
 
382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.48 
 
 
375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.48 
 
 
375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.48 
 
 
375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.23 
 
 
376 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>