More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3480 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
404 aa  804    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.31 
 
 
390 aa  431  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.91 
 
 
387 aa  413  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.78 
 
 
389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.18 
 
 
403 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.44 
 
 
388 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.44 
 
 
392 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.03 
 
 
395 aa  401  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.27 
 
 
385 aa  400  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.03 
 
 
395 aa  401  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.02 
 
 
397 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.24 
 
 
411 aa  395  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.08 
 
 
384 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.52 
 
 
397 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.98 
 
 
395 aa  394  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.27 
 
 
426 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.52 
 
 
383 aa  388  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.9 
 
 
395 aa  391  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.25 
 
 
392 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.64 
 
 
404 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.59 
 
 
387 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.7 
 
 
389 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.4 
 
 
395 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.82 
 
 
388 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.31 
 
 
388 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.54 
 
 
388 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.83 
 
 
380 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.33 
 
 
380 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.38 
 
 
371 aa  371  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.09 
 
 
390 aa  367  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.57 
 
 
380 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.74 
 
 
381 aa  365  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.32 
 
 
387 aa  367  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.9 
 
 
410 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.12 
 
 
396 aa  355  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.33 
 
 
363 aa  351  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.38 
 
 
382 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.51 
 
 
379 aa  346  5e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.13 
 
 
389 aa  344  2e-93  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.08 
 
 
377 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.08 
 
 
381 aa  332  7.000000000000001e-90  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.29 
 
 
388 aa  332  9e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
398 aa  328  8e-89  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.39 
 
 
377 aa  325  8.000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.65 
 
 
375 aa  323  3e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.41 
 
 
383 aa  317  3e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.48 
 
 
376 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.57 
 
 
377 aa  312  6.999999999999999e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.51 
 
 
378 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.74 
 
 
376 aa  305  8.000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.64 
 
 
380 aa  305  9.000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.03 
 
 
375 aa  304  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.65 
 
 
378 aa  303  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.7 
 
 
407 aa  302  6.000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.22 
 
 
378 aa  301  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.93 
 
 
407 aa  301  2e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.77 
 
 
386 aa  300  2e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.62 
 
 
386 aa  299  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.59 
 
 
376 aa  299  7e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.52 
 
 
391 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.7 
 
 
375 aa  296  3e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.81 
 
 
385 aa  296  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.52 
 
 
391 aa  295  7e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.36 
 
 
382 aa  295  8e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.36 
 
 
382 aa  295  8e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.13 
 
 
382 aa  294  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.79 
 
 
382 aa  292  9e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
374 aa  291  1e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.13 
 
 
383 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
374 aa  291  1e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.25 
 
 
391 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  43.6 
 
 
378 aa  289  5.0000000000000004e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
395 aa  289  6e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.67 
 
 
402 aa  288  8e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.46 
 
 
396 aa  288  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.96869  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.3 
 
 
375 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.11 
 
 
378 aa  287  2e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.8 
 
 
383 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.94 
 
 
380 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.55 
 
 
383 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.45 
 
 
377 aa  285  7e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.76 
 
 
401 aa  286  7e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.78 
 
 
382 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1130  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.9 
 
 
383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.01 
 
 
377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.9 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  0.131095 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4199  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.9 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0319412  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1734  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.34 
 
 
377 aa  283  4.0000000000000003e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.62 
 
 
383 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.22 
 
 
379 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.26 
 
 
376 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.25 
 
 
379 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.22 
 
 
383 aa  282  9e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.01 
 
 
386 aa  281  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.19 
 
 
384 aa  281  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.49 
 
 
376 aa  281  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.01 
 
 
392 aa  281  1e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.36 
 
 
386 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.44 
 
 
379 aa  281  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.19 
 
 
380 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.473063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>