More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3620 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
377 aa  756    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.58 
 
 
375 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.94 
 
 
377 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.14 
 
 
371 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.86 
 
 
395 aa  383  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.35 
 
 
388 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.96 
 
 
385 aa  384  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.67 
 
 
389 aa  368  1e-100  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.08 
 
 
404 aa  363  4e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.42 
 
 
404 aa  359  4e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.19 
 
 
388 aa  358  8e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.87 
 
 
381 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.18 
 
 
387 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.13 
 
 
392 aa  352  5e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.87 
 
 
384 aa  352  5.9999999999999994e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.13 
 
 
389 aa  349  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.39 
 
 
389 aa  348  1e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.72 
 
 
392 aa  347  3e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.15 
 
 
397 aa  345  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.58 
 
 
411 aa  339  5.9999999999999996e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50 
 
 
397 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.94 
 
 
395 aa  337  2.9999999999999997e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.79 
 
 
387 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.94 
 
 
395 aa  337  2.9999999999999997e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.78 
 
 
379 aa  335  7e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.79 
 
 
390 aa  333  3e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.17 
 
 
390 aa  332  8e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.92 
 
 
403 aa  331  1e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.35 
 
 
426 aa  331  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.4 
 
 
388 aa  331  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.13 
 
 
380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.69 
 
 
381 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.35 
 
 
380 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.21 
 
 
395 aa  324  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.08 
 
 
380 aa  323  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.92 
 
 
388 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.97 
 
 
398 aa  319  6e-86  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.93 
 
 
383 aa  317  3e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.62 
 
 
395 aa  316  4e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.3 
 
 
376 aa  316  5e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.38 
 
 
396 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.92 
 
 
410 aa  310  4e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.17 
 
 
382 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.3 
 
 
392 aa  306  3e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.44 
 
 
363 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.83 
 
 
387 aa  305  6e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.65 
 
 
375 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.49 
 
 
383 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.14 
 
 
388 aa  303  3.0000000000000004e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.97 
 
 
376 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.88 
 
 
382 aa  300  3e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.36 
 
 
378 aa  300  4e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0095  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.16 
 
 
377 aa  299  5e-80  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.26 
 
 
383 aa  298  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.89 
 
 
383 aa  297  3e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.09 
 
 
382 aa  295  6e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.85 
 
 
385 aa  294  2e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.67 
 
 
377 aa  293  2e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.74 
 
 
375 aa  294  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.98 
 
 
386 aa  293  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.43 
 
 
374 aa  291  2e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.15 
 
 
376 aa  291  2e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.43 
 
 
374 aa  291  2e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
375 aa  290  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.22 
 
 
375 aa  289  5.0000000000000004e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.68 
 
 
386 aa  288  8e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.41 
 
 
379 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
380 aa  288  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.78 
 
 
375 aa  287  2e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.78 
 
 
375 aa  287  2e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.53 
 
 
383 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.16 
 
 
391 aa  286  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.71 
 
 
401 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.52 
 
 
375 aa  285  8e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.9 
 
 
407 aa  285  9e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.75 
 
 
379 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.19 
 
 
379 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.49 
 
 
378 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.83 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.01 
 
 
395 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2051  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.23 
 
 
379 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  282  7.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.96 
 
 
377 aa  281  9e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.47 
 
 
382 aa  281  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.47 
 
 
382 aa  281  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1933  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.75 
 
 
379 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.55211 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.07 
 
 
377 aa  281  1e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.69 
 
 
375 aa  281  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.71 
 
 
379 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.4 
 
 
375 aa  281  2e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
381 aa  280  3e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.89 
 
 
407 aa  280  4e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.23 
 
 
383 aa  279  6e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6045  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.23 
 
 
379 aa  279  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.790399  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.19 
 
 
386 aa  279  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2032  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.23 
 
 
379 aa  279  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460385  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.91 
 
 
375 aa  279  7e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.23 
 
 
379 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.23 
 
 
379 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.23 
 
 
379 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>