More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2093 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
363 aa  732    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.35 
 
 
387 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.4 
 
 
388 aa  422  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.33 
 
 
392 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.13 
 
 
403 aa  418  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.86 
 
 
392 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.26 
 
 
389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.83 
 
 
387 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.45 
 
 
411 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.26 
 
 
397 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.16 
 
 
383 aa  397  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.41 
 
 
388 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.8 
 
 
404 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.45 
 
 
389 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.46 
 
 
397 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.53 
 
 
384 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.8 
 
 
395 aa  386  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.8 
 
 
395 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.8 
 
 
426 aa  388  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.58 
 
 
410 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.52 
 
 
388 aa  384  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.53 
 
 
395 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.39 
 
 
395 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.69 
 
 
396 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.32 
 
 
388 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.33 
 
 
404 aa  363  3e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.32 
 
 
385 aa  362  7.0000000000000005e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.15 
 
 
395 aa  352  5e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.98 
 
 
390 aa  351  1e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.41 
 
 
389 aa  348  1e-94  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.35 
 
 
390 aa  347  2e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.77 
 
 
387 aa  343  2.9999999999999997e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.65 
 
 
381 aa  332  5e-90  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.41 
 
 
382 aa  326  3e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.14 
 
 
371 aa  320  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.74 
 
 
378 aa  318  6e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.27 
 
 
380 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.73 
 
 
380 aa  316  3e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.96 
 
 
398 aa  315  7e-85  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.03 
 
 
382 aa  311  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.01 
 
 
392 aa  309  5e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.92 
 
 
380 aa  309  5e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.05 
 
 
376 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.74 
 
 
379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.04 
 
 
375 aa  306  3e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.79 
 
 
379 aa  305  7e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.63 
 
 
385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.74 
 
 
381 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.74 
 
 
388 aa  302  5.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.21 
 
 
382 aa  301  9e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.21 
 
 
382 aa  301  9e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.41 
 
 
380 aa  301  1e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.57 
 
 
383 aa  301  2e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.2 
 
 
401 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.23 
 
 
378 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.8 
 
 
376 aa  299  4e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.62 
 
 
378 aa  299  4e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.41 
 
 
376 aa  299  5e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.65 
 
 
379 aa  299  6e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.01 
 
 
381 aa  298  8e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.96 
 
 
377 aa  298  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.41 
 
 
377 aa  297  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.48 
 
 
376 aa  296  3e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.41 
 
 
376 aa  296  3e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.53 
 
 
376 aa  295  6e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.45 
 
 
375 aa  295  7e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
382 aa  295  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.48 
 
 
383 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.66 
 
 
380 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.93 
 
 
383 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.44 
 
 
377 aa  292  8e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.18 
 
 
386 aa  290  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2470  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
380 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847211  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.31 
 
 
381 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.31 
 
 
381 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2367  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.58 
 
 
380 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0319493  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.41 
 
 
386 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.01 
 
 
386 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.31 
 
 
381 aa  290  3e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.11 
 
 
383 aa  290  4e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2123  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.58 
 
 
379 aa  289  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1992  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.58 
 
 
380 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000000073122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.48 
 
 
407 aa  289  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.13 
 
 
375 aa  289  6e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.76 
 
 
377 aa  288  9e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.58 
 
 
380 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.473063  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.13 
 
 
384 aa  288  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.97 
 
 
377 aa  288  1e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.65 
 
 
383 aa  288  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.89 
 
 
383 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.31 
 
 
375 aa  287  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.48 
 
 
407 aa  287  2e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.01 
 
 
376 aa  286  4e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.6 
 
 
391 aa  286  5e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.45 
 
 
383 aa  285  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.66 
 
 
375 aa  285  5.999999999999999e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.39 
 
 
374 aa  285  7e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.39 
 
 
374 aa  285  7e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
402 aa  285  8e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  43.68 
 
 
378 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>