More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1021 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
388 aa  789    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.8 
 
 
383 aa  494  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.89 
 
 
387 aa  473  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.34 
 
 
403 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.82 
 
 
388 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60 
 
 
389 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.2 
 
 
392 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.05 
 
 
384 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.64 
 
 
387 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.15 
 
 
392 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.69 
 
 
388 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.44 
 
 
389 aa  448  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.58 
 
 
411 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.58 
 
 
410 aa  444  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  65.53 
 
 
396 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.18 
 
 
404 aa  419  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.81 
 
 
395 aa  414  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.81 
 
 
395 aa  414  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.42 
 
 
426 aa  408  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.54 
 
 
395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.5 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.35 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.07 
 
 
395 aa  403  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.95 
 
 
363 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.7 
 
 
390 aa  400  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.01 
 
 
390 aa  383  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.74 
 
 
388 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.72 
 
 
395 aa  369  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.52 
 
 
385 aa  369  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.55 
 
 
389 aa  364  2e-99  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.55 
 
 
404 aa  360  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.3 
 
 
381 aa  349  4e-95  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.51 
 
 
382 aa  342  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.6 
 
 
387 aa  340  2.9999999999999998e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.56 
 
 
381 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.37 
 
 
371 aa  333  3e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.66 
 
 
380 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.82 
 
 
379 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.87 
 
 
380 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.24 
 
 
388 aa  323  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.91 
 
 
375 aa  320  3e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.08 
 
 
380 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.92 
 
 
377 aa  317  3e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.42 
 
 
398 aa  306  3e-82  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.52 
 
 
386 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.72 
 
 
407 aa  301  2e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.19 
 
 
386 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.37 
 
 
377 aa  298  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
407 aa  296  3e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.63 
 
 
375 aa  295  7e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.98 
 
 
380 aa  295  8e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.12 
 
 
402 aa  293  5e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.83 
 
 
383 aa  290  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.42 
 
 
395 aa  290  4e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.84 
 
 
382 aa  288  9e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.78 
 
 
375 aa  288  9e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.03 
 
 
382 aa  288  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
376 aa  285  5.999999999999999e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
378 aa  286  5.999999999999999e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  42.18 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.01 
 
 
376 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.62 
 
 
383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.6 
 
 
386 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.86 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.42 
 
 
377 aa  283  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.3 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.29 
 
 
375 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.62 
 
 
375 aa  282  6.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.03 
 
 
383 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.6 
 
 
376 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.9 
 
 
383 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.64 
 
 
378 aa  281  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.69 
 
 
382 aa  281  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.59 
 
 
380 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.69 
 
 
382 aa  281  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.71 
 
 
378 aa  280  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.49 
 
 
383 aa  280  4e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1088  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.16 
 
 
383 aa  280  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0935088  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.36 
 
 
377 aa  280  4e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.26 
 
 
379 aa  279  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.52 
 
 
382 aa  279  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.71 
 
 
391 aa  278  9e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.11 
 
 
375 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.3 
 
 
392 aa  277  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.3 
 
 
378 aa  277  2e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.11 
 
 
375 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.11 
 
 
375 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.11 
 
 
375 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.76 
 
 
376 aa  277  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.11 
 
 
375 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.26 
 
 
375 aa  276  5e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.36 
 
 
385 aa  275  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.58 
 
 
375 aa  276  7e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>