More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0266 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
395 aa  809    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.84 
 
 
388 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.1 
 
 
392 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.41 
 
 
383 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.9 
 
 
404 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.6 
 
 
381 aa  398  9.999999999999999e-111  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.74 
 
 
387 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.4 
 
 
389 aa  395  1e-109  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.91 
 
 
388 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.32 
 
 
389 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.3 
 
 
385 aa  392  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.52 
 
 
404 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53 
 
 
389 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.45 
 
 
426 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.73 
 
 
397 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.1 
 
 
397 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.88 
 
 
384 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.84 
 
 
387 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.93 
 
 
388 aa  385  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.4 
 
 
403 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.73 
 
 
392 aa  384  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.38 
 
 
411 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.05 
 
 
381 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.35 
 
 
390 aa  381  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.6 
 
 
380 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.34 
 
 
380 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.48 
 
 
380 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.86 
 
 
377 aa  369  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.64 
 
 
395 aa  368  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.31 
 
 
390 aa  367  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.09 
 
 
377 aa  368  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.77 
 
 
395 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.64 
 
 
395 aa  368  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.23 
 
 
371 aa  366  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.25 
 
 
410 aa  358  9e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.96 
 
 
396 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.72 
 
 
388 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.05 
 
 
379 aa  354  2e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.15 
 
 
363 aa  353  4e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.84 
 
 
395 aa  351  1e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.52 
 
 
375 aa  350  2e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.74 
 
 
388 aa  349  4e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.65 
 
 
382 aa  347  2e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47 
 
 
387 aa  333  4e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.68 
 
 
398 aa  331  1e-89  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.68 
 
 
376 aa  329  7e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.87 
 
 
376 aa  327  3e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.67 
 
 
375 aa  327  3e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.79 
 
 
407 aa  326  4.0000000000000003e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.97 
 
 
402 aa  325  8.000000000000001e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.42 
 
 
407 aa  320  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.13 
 
 
392 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.65 
 
 
375 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.3 
 
 
385 aa  316  5e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.95 
 
 
391 aa  316  5e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.41 
 
 
377 aa  316  5e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.62 
 
 
383 aa  315  9.999999999999999e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.19 
 
 
378 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.43 
 
 
391 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.25 
 
 
395 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.6 
 
 
376 aa  313  3.9999999999999997e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47 
 
 
389 aa  311  2e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.56 
 
 
378 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.72 
 
 
380 aa  309  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.26 
 
 
378 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.84 
 
 
375 aa  306  3e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.21 
 
 
376 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.21 
 
 
382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.15 
 
 
386 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.31 
 
 
383 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.29 
 
 
386 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.67 
 
 
401 aa  301  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  45.53 
 
 
378 aa  300  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.19 
 
 
391 aa  299  7e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.16 
 
 
377 aa  298  8e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.94 
 
 
382 aa  298  8e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.79 
 
 
386 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.21 
 
 
378 aa  297  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.53 
 
 
379 aa  297  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
374 aa  296  4e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.88 
 
 
377 aa  296  4e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
374 aa  296  5e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.05 
 
 
383 aa  296  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.71 
 
 
376 aa  296  5e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.31 
 
 
379 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.42 
 
 
378 aa  295  1e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.69 
 
 
391 aa  295  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.31 
 
 
383 aa  295  1e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.31 
 
 
379 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.79 
 
 
386 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.79 
 
 
379 aa  294  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2596  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.05 
 
 
383 aa  293  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.79 
 
 
383 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.05 
 
 
379 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.05 
 
 
379 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.05 
 
 
379 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.15 
 
 
377 aa  293  4e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.05 
 
 
379 aa  293  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.27 
 
 
379 aa  293  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.53 
 
 
401 aa  292  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>