More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0474 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
404 aa  828    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  78.73 
 
 
397 aa  662    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  80.05 
 
 
397 aa  671    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  78.68 
 
 
426 aa  653    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.61 
 
 
395 aa  591  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.5 
 
 
395 aa  588  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.95 
 
 
395 aa  580  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.95 
 
 
395 aa  580  1e-164  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.82 
 
 
403 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.81 
 
 
387 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.64 
 
 
390 aa  464  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.87 
 
 
388 aa  463  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.42 
 
 
392 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.93 
 
 
392 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.41 
 
 
384 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.4 
 
 
387 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.22 
 
 
383 aa  429  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.56 
 
 
389 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.2 
 
 
388 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.32 
 
 
411 aa  425  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.54 
 
 
410 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.05 
 
 
389 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.25 
 
 
396 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.18 
 
 
388 aa  391  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.64 
 
 
404 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.8 
 
 
363 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.52 
 
 
395 aa  381  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.21 
 
 
385 aa  379  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.93 
 
 
388 aa  365  1e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.32 
 
 
390 aa  357  1.9999999999999998e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.5 
 
 
389 aa  347  2e-94  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.84 
 
 
382 aa  342  7e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.06 
 
 
387 aa  342  9e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.2 
 
 
381 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.42 
 
 
377 aa  333  5e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.48 
 
 
381 aa  330  4e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.23 
 
 
379 aa  328  9e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.9 
 
 
388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.54 
 
 
378 aa  326  6e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.85 
 
 
380 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.65 
 
 
375 aa  321  1.9999999999999998e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.08 
 
 
380 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.57 
 
 
380 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.81 
 
 
398 aa  318  1e-85  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.48 
 
 
371 aa  312  6.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.48 
 
 
376 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.33 
 
 
375 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.24 
 
 
375 aa  304  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.36 
 
 
378 aa  301  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
377 aa  301  2e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.17 
 
 
386 aa  300  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.56 
 
 
407 aa  300  3e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.3 
 
 
407 aa  298  9e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.75 
 
 
376 aa  298  1e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.5 
 
 
376 aa  296  5e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.97 
 
 
377 aa  296  5e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.2 
 
 
378 aa  296  6e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.31 
 
 
385 aa  295  7e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.07 
 
 
383 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.47 
 
 
376 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.55 
 
 
383 aa  293  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
375 aa  292  6e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.13 
 
 
386 aa  292  6e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.74 
 
 
378 aa  292  7e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.12 
 
 
382 aa  292  9e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.24 
 
 
392 aa  291  1e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.21 
 
 
380 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.99 
 
 
377 aa  290  4e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.31 
 
 
383 aa  290  4e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.31 
 
 
386 aa  289  7e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.21 
 
 
377 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.03 
 
 
402 aa  288  1e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.65 
 
 
389 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.16 
 
 
382 aa  287  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.55 
 
 
382 aa  285  9e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
376 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
391 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.17 
 
 
391 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.54 
 
 
383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.8 
 
 
383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.52 
 
 
381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.27 
 
 
374 aa  283  5.000000000000001e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.27 
 
 
374 aa  283  5.000000000000001e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.8 
 
 
383 aa  282  9e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.85 
 
 
401 aa  282  9e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
378 aa  281  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
383 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
383 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  42.4 
 
 
378 aa  279  5e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
380 aa  279  5e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.473063  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.12 
 
 
381 aa  279  6e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.12 
 
 
381 aa  279  6e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1734  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.4 
 
 
377 aa  279  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
395 aa  279  7e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.05 
 
 
380 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.86 
 
 
381 aa  278  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2123  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.99 
 
 
379 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
377 aa  278  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.21 
 
 
375 aa  278  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.08 
 
 
391 aa  278  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>