More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2019 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
377 aa  752    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.58 
 
 
375 aa  472  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.94 
 
 
377 aa  448  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.09 
 
 
395 aa  368  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.89 
 
 
388 aa  357  9.999999999999999e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.35 
 
 
371 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.39 
 
 
385 aa  341  1e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.39 
 
 
404 aa  341  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.56 
 
 
389 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.07 
 
 
388 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.2 
 
 
392 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.41 
 
 
389 aa  322  5e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.77 
 
 
381 aa  321  9.999999999999999e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.2 
 
 
389 aa  318  7e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.3 
 
 
387 aa  318  9e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.13 
 
 
387 aa  315  8e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.48 
 
 
381 aa  312  6.999999999999999e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.97 
 
 
404 aa  311  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.35 
 
 
384 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.21 
 
 
390 aa  310  2.9999999999999997e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.69 
 
 
392 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.83 
 
 
388 aa  305  6e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.8 
 
 
398 aa  305  7e-82  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.35 
 
 
403 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.62 
 
 
411 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.6 
 
 
395 aa  301  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.6 
 
 
395 aa  301  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.44 
 
 
380 aa  299  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.66 
 
 
379 aa  299  6e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.34 
 
 
390 aa  296  3e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.53 
 
 
397 aa  296  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.18 
 
 
380 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.7 
 
 
380 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.19 
 
 
397 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.29 
 
 
426 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.09 
 
 
395 aa  292  5e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.1 
 
 
395 aa  292  7e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.23 
 
 
383 aa  290  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.37 
 
 
388 aa  288  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.05 
 
 
388 aa  288  1e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.09 
 
 
387 aa  285  7e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.89 
 
 
376 aa  281  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.06 
 
 
383 aa  279  5e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.24 
 
 
383 aa  279  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.24 
 
 
383 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.46 
 
 
396 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.78 
 
 
382 aa  277  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.8 
 
 
383 aa  276  4e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.5 
 
 
391 aa  273  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.23 
 
 
395 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.69 
 
 
363 aa  272  6e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.24 
 
 
391 aa  271  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.57 
 
 
375 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.01 
 
 
391 aa  271  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
379 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.31 
 
 
401 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47 
 
 
410 aa  270  4e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
382 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.44 
 
 
389 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.55 
 
 
382 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.56 
 
 
407 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.01 
 
 
378 aa  265  1e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.9 
 
 
425 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.92 
 
 
401 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.08 
 
 
376 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.76 
 
 
380 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.06 
 
 
386 aa  263  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.6 
 
 
386 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.24 
 
 
385 aa  263  4.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.97 
 
 
386 aa  262  8e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.01 
 
 
392 aa  262  8e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
379 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.92 
 
 
374 aa  261  1e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
377 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.92 
 
 
374 aa  261  1e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
407 aa  259  5.0000000000000005e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
379 aa  259  7e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.65 
 
 
379 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.41 
 
 
391 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.17 
 
 
386 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.63 
 
 
378 aa  256  4e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.92 
 
 
375 aa  256  4e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.71 
 
 
383 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1810  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.35 
 
 
406 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.834903 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1933  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.12 
 
 
379 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.55211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.9 
 
 
382 aa  253  3e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
383 aa  253  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2596  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.26 
 
 
383 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.93 
 
 
375 aa  252  6e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
379 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
379 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.73 
 
 
382 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2051  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.12 
 
 
379 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
379 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
379 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
379 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
379 aa  251  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
379 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.93 
 
 
375 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40 
 
 
375 aa  250  3e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>