More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0809 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  78.81 
 
 
389 aa  637    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.77 
 
 
389 aa  654    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
392 aa  798    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.23 
 
 
388 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  79.8 
 
 
411 aa  645    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.3 
 
 
387 aa  645    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  76.74 
 
 
384 aa  611  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.32 
 
 
387 aa  490  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.97 
 
 
388 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.71 
 
 
403 aa  482  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.8 
 
 
392 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.84 
 
 
397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.84 
 
 
397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.66 
 
 
410 aa  448  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.42 
 
 
404 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.75 
 
 
395 aa  441  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.75 
 
 
395 aa  441  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.69 
 
 
388 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.86 
 
 
395 aa  440  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.11 
 
 
426 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.43 
 
 
396 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.33 
 
 
383 aa  435  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.92 
 
 
395 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.33 
 
 
363 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.24 
 
 
388 aa  410  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.1 
 
 
395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.44 
 
 
404 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.48 
 
 
385 aa  394  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.49 
 
 
390 aa  394  1e-108  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.82 
 
 
390 aa  390  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.32 
 
 
387 aa  360  2e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.1 
 
 
389 aa  353  4e-96  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.87 
 
 
380 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.23 
 
 
379 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.28 
 
 
371 aa  341  1e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.62 
 
 
380 aa  341  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.92 
 
 
381 aa  338  8e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.97 
 
 
380 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.46 
 
 
382 aa  335  7e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.87 
 
 
377 aa  333  4e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.53 
 
 
381 aa  330  2e-89  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.48 
 
 
388 aa  328  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.17 
 
 
375 aa  317  3e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.2 
 
 
377 aa  315  9.999999999999999e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.71 
 
 
383 aa  313  3.9999999999999997e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.71 
 
 
378 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.26 
 
 
382 aa  300  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.79 
 
 
378 aa  300  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.26 
 
 
382 aa  300  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.12 
 
 
377 aa  300  3e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.7 
 
 
375 aa  300  3e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.78 
 
 
376 aa  299  5e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.26 
 
 
398 aa  298  8e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.96 
 
 
386 aa  297  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.78 
 
 
392 aa  296  5e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.43 
 
 
380 aa  295  6e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.55 
 
 
386 aa  292  5e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.12 
 
 
385 aa  292  9e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.99 
 
 
383 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.27 
 
 
382 aa  290  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
377 aa  289  5.0000000000000004e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.04 
 
 
383 aa  289  7e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.64 
 
 
376 aa  288  9e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.39 
 
 
383 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.34 
 
 
378 aa  287  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.04 
 
 
383 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.21 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.97 
 
 
376 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.93 
 
 
382 aa  284  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.34 
 
 
376 aa  281  9e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.71 
 
 
375 aa  281  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.15 
 
 
377 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
378 aa  279  6e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.13 
 
 
380 aa  278  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.49 
 
 
407 aa  278  9e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
375 aa  277  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
375 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
375 aa  277  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.37 
 
 
383 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
375 aa  277  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  41.45 
 
 
375 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
375 aa  277  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
375 aa  277  3e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
375 aa  277  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.45 
 
 
375 aa  276  6e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.07 
 
 
377 aa  276  6e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.64 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.44 
 
 
386 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.67 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1331  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.88 
 
 
383 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0263045 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.36 
 
 
374 aa  273  6e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.66 
 
 
407 aa  273  6e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.36 
 
 
374 aa  272  6e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.9 
 
 
402 aa  272  7e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.31 
 
 
376 aa  271  1e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.64 
 
 
395 aa  271  1e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.56 
 
 
378 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.67 
 
 
375 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.67 
 
 
375 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
391 aa  270  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>