More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2188 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2470  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  85.48 
 
 
380 aa  667    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847211  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  84.95 
 
 
384 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2367  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  86.02 
 
 
380 aa  668    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0319493  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1992  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  86.29 
 
 
380 aa  672    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000000073122 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2123  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  86.29 
 
 
379 aa  672    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
376 aa  776    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  84.57 
 
 
376 aa  677    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  86.02 
 
 
380 aa  668    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.473063  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  84.53 
 
 
381 aa  666    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  84.27 
 
 
381 aa  665    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  86.7 
 
 
377 aa  688    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  85.83 
 
 
382 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.49 
 
 
376 aa  718    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  84.27 
 
 
381 aa  665    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  93.35 
 
 
376 aa  734    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.4 
 
 
381 aa  719    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.93 
 
 
378 aa  553  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.15 
 
 
376 aa  541  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  67.92 
 
 
377 aa  528  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.67 
 
 
378 aa  521  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3179  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  65.27 
 
 
399 aa  517  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0449668  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  67.91 
 
 
378 aa  513  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.42 
 
 
377 aa  512  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1734  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  68.19 
 
 
377 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.51 
 
 
382 aa  499  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.78 
 
 
376 aa  496  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.53 
 
 
380 aa  491  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.44 
 
 
375 aa  489  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.7 
 
 
375 aa  490  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.27 
 
 
376 aa  488  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.83 
 
 
375 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.56 
 
 
375 aa  487  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.56 
 
 
375 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.38 
 
 
375 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.64 
 
 
375 aa  481  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.81 
 
 
383 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.16 
 
 
376 aa  479  1e-134  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  474  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.69 
 
 
380 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.9 
 
 
375 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.56 
 
 
407 aa  474  1e-132  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.9 
 
 
375 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.37 
 
 
375 aa  471  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.9 
 
 
375 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  473  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.64 
 
 
375 aa  473  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.56 
 
 
375 aa  473  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  60.64 
 
 
375 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.9 
 
 
375 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.7 
 
 
375 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.27 
 
 
378 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.54 
 
 
375 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.88 
 
 
407 aa  471  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.98 
 
 
383 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.56 
 
 
396 aa  467  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.96869  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.98 
 
 
383 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.72 
 
 
402 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.92 
 
 
378 aa  459  9.999999999999999e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1331  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.54 
 
 
383 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0263045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.47 
 
 
383 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  0.131095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1088  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.47 
 
 
383 aa  455  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0935088  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4199  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.47 
 
 
383 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0319412  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1130  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.73 
 
 
383 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.89 
 
 
377 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.73 
 
 
383 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176318  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.93 
 
 
378 aa  449  1e-125  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.87 
 
 
377 aa  448  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.8 
 
 
392 aa  441  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.54 
 
 
383 aa  442  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.57 
 
 
382 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.57 
 
 
382 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.47 
 
 
379 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.42 
 
 
385 aa  436  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
401 aa  434  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.73 
 
 
379 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.4 
 
 
386 aa  432  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.45 
 
 
374 aa  425  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.3 
 
 
374 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1933  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.27 
 
 
379 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.55211 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.08 
 
 
386 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.97 
 
 
386 aa  421  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
379 aa  418  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.53 
 
 
383 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
379 aa  420  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.2 
 
 
383 aa  418  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.25 
 
 
425 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6045  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.790399  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.73 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2032  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460385  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2051  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.73 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>