More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4235 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
396 aa  785    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  87.88 
 
 
410 aa  641    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  79 
 
 
388 aa  608  1e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  79.27 
 
 
403 aa  609  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  77.28 
 
 
387 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.65 
 
 
392 aa  580  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.43 
 
 
392 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.14 
 
 
387 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.02 
 
 
389 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.98 
 
 
383 aa  475  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.34 
 
 
388 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.1 
 
 
411 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.62 
 
 
389 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.89 
 
 
384 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.16 
 
 
395 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.67 
 
 
397 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.16 
 
 
395 aa  456  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.42 
 
 
397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.25 
 
 
404 aa  446  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.68 
 
 
388 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.54 
 
 
395 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.96 
 
 
426 aa  435  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.48 
 
 
395 aa  437  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.92 
 
 
390 aa  415  9.999999999999999e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.77 
 
 
363 aa  402  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.38 
 
 
404 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.96 
 
 
395 aa  378  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.1 
 
 
382 aa  375  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.94 
 
 
381 aa  366  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.9 
 
 
390 aa  364  2e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.52 
 
 
388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.73 
 
 
379 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.26 
 
 
388 aa  352  5e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.95 
 
 
380 aa  349  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.22 
 
 
380 aa  346  4e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.57 
 
 
385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.96 
 
 
380 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.79 
 
 
387 aa  334  1e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.12 
 
 
377 aa  315  9.999999999999999e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.82 
 
 
371 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.34 
 
 
381 aa  311  1e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.41 
 
 
389 aa  310  4e-83  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.84 
 
 
398 aa  305  1.0000000000000001e-81  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.65 
 
 
378 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.7 
 
 
375 aa  299  6e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.42 
 
 
395 aa  293  3e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.06 
 
 
377 aa  292  8e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.55 
 
 
386 aa  289  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.17 
 
 
386 aa  288  9e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.03 
 
 
386 aa  287  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.26 
 
 
407 aa  287  2e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.21 
 
 
382 aa  288  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.26 
 
 
407 aa  287  2.9999999999999996e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.21 
 
 
382 aa  285  9e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.21 
 
 
382 aa  285  9e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.03 
 
 
383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
376 aa  280  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.19 
 
 
378 aa  281  2e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.36 
 
 
383 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.97 
 
 
391 aa  278  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.99 
 
 
378 aa  277  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.93 
 
 
402 aa  276  4e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.36 
 
 
377 aa  275  7e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.18 
 
 
378 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.97 
 
 
376 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.38 
 
 
380 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.47 
 
 
386 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.56 
 
 
380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.6 
 
 
392 aa  273  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.52 
 
 
383 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.31 
 
 
383 aa  271  1e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.75 
 
 
385 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
375 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.42 
 
 
376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.9 
 
 
383 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.05 
 
 
378 aa  270  5e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.36 
 
 
374 aa  269  5e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.36 
 
 
374 aa  269  5e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.26 
 
 
383 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
383 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  0.131095 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4199  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
383 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0319412  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.08 
 
 
375 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1130  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
383 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002797  N-succinyl-L,L-diaminopimelate desuccinylase  41.67 
 
 
378 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
375 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.99 
 
 
382 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  40.85 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
375 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.56 
 
 
383 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176318  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1331  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
383 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0263045 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
375 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1810  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.04 
 
 
406 aa  265  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.834903 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1088  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.12 
 
 
383 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0935088  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.38 
 
 
425 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.44 
 
 
375 aa  265  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>