More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2064 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.82 
 
 		 379 aa  694    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1933  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  98.68 
 
 		 379 aa  770    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.55211 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  82.59 
 
 		 379 aa  660    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.82 
 
 		 379 aa  693    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.82 
 
 		 379 aa  693    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2051  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  94.72 
 
 		 379 aa  719    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2596  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.82 
 
 		 383 aa  693    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.82 
 
 		 379 aa  693    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  94.72 
 
 		 379 aa  721    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  86.54 
 
 		 379 aa  682    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.29 
 
 		 383 aa  692    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  86.02 
 
 		 401 aa  677    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  94.2 
 
 		 379 aa  716    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2032  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  95.25 
 
 		 379 aa  722    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460385  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6045  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  95.25 
 
 		 379 aa  722    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.790399  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 		 379 aa  778    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.82 
 
 		 379 aa  693    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  91.82 
 
 		 379 aa  694    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.46 
 
 		 386 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  76.24 
 
 		 383 aa  601  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  76.5 
 
 		 383 aa  586  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  74.93 
 
 		 386 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.2 
 
 		 383 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.93 
 
 		 391 aa  529  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  68.34 
 
 		 386 aa  526  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  65.89 
 
 		 391 aa  524  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  65.63 
 
 		 391 aa  520  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.41 
 
 		 391 aa  516  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.75 
 
 		 383 aa  511  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.77 
 
 		 425 aa  512  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.23 
 
 		 383 aa  508  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  66.93 
 
 		 386 aa  507  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1810  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.93 
 
 		 406 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.834903 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.96 
 
 		 378 aa  503  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  65.52 
 
 		 392 aa  501  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.99 
 
 		 385 aa  496  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  68.16 
 
 		 382 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.92 
 
 		 401 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.17 
 
 		 375 aa  490  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  65.1 
 
 		 389 aa  491  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.84 
 
 		 382 aa  470  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.93 
 
 		 377 aa  465  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.64 
 
 		 376 aa  464  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.05 
 
 		 380 aa  453  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.05 
 
 		 376 aa  451  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.11 
 
 		 378 aa  449  1e-125  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.97 
 
 		 377 aa  451  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.13 
 
 		 376 aa  449  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.35 
 
 		 377 aa  447  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.98 
 
 		 375 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.35 
 
 		 376 aa  443  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.98 
 
 		 375 aa  444  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.71 
 
 		 375 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.71 
 
 		 375 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.71 
 
 		 375 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.33 
 
 		 375 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.71 
 
 		 375 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.71 
 
 		 375 aa  438  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.8 
 
 		 375 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.89 
 
 		 383 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.41 
 
 		 382 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2367  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.1 
 
 		 380 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0319493  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2470  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.57 
 
 		 380 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847211  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1992  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.84 
 
 		 380 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000000073122 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.8 
 
 		 375 aa  436  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.82 
 
 		 378 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.37 
 
 		 380 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.473063  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.8 
 
 		 375 aa  435  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.33 
 
 		 376 aa  436  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.91 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.91 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.91 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.65 
 
 		 375 aa  432  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1912  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.57 
 
 		 381 aa  434  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271061 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.32 
 
 		 396 aa  431  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.96869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.1 
 
 		 384 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  56.91 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.38 
 
 		 375 aa  434  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.91 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.91 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.84 
 
 		 380 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.91 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.07 
 
 		 375 aa  433  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1857  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.57 
 
 		 381 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2121  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.57 
 
 		 381 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.91 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.65 
 
 		 375 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.99 
 
 		 377 aa  429  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2123  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.76 
 
 		 379 aa  428  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.73 
 
 		 376 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.2 
 
 		 376 aa  428  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.2 
 
 		 377 aa  428  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1130  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.21 
 
 		 383 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.74 
 
 		 383 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.35 
 
 		 375 aa  426  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.03 
 
 		 381 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.26 
 
 		 383 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.68 
 
 		 383 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.882269  normal  0.131095 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4199  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.68 
 
 		 383 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0319412  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.03 
 
 		 376 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>