More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3855 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
359 aa  703    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.27 
 
 
376 aa  518  1e-146  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.25 
 
 
354 aa  424  1e-117  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  67.51 
 
 
356 aa  421  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.08 
 
 
354 aa  408  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.69 
 
 
366 aa  406  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60 
 
 
367 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.28 
 
 
358 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.69 
 
 
366 aa  406  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.69 
 
 
366 aa  406  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.25 
 
 
354 aa  404  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.42 
 
 
357 aa  403  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.73 
 
 
354 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.36 
 
 
353 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.95 
 
 
357 aa  394  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.57 
 
 
354 aa  394  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.56 
 
 
371 aa  388  1e-107  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.55 
 
 
351 aa  384  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.16 
 
 
374 aa  382  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.91 
 
 
369 aa  380  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.44 
 
 
354 aa  380  1e-104  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  61.47 
 
 
353 aa  378  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.82 
 
 
375 aa  375  1e-103  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.06 
 
 
359 aa  368  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.52 
 
 
378 aa  369  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.3 
 
 
359 aa  370  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.91 
 
 
371 aa  365  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.52 
 
 
378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.24 
 
 
370 aa  353  2e-96  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.34 
 
 
358 aa  353  2.9999999999999997e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.96 
 
 
371 aa  349  5e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.93 
 
 
394 aa  343  2e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.81 
 
 
364 aa  335  5.999999999999999e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.46 
 
 
397 aa  331  1e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.69 
 
 
378 aa  321  9.999999999999999e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.6 
 
 
401 aa  294  2e-78  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  33.33 
 
 
356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.58 
 
 
361 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.52 
 
 
354 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.18 
 
 
368 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.62 
 
 
368 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  38.35 
 
 
368 aa  196  5.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  43.43 
 
 
344 aa  195  9e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.5 
 
 
368 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  33.22 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.81 
 
 
395 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  32 
 
 
400 aa  99.4  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0407  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.02 
 
 
392 aa  96.7  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.5 
 
 
400 aa  96.3  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0150  acetylornithine deacetylase  29.12 
 
 
385 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  28.98 
 
 
365 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  31.29 
 
 
375 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.45 
 
 
387 aa  94  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0239  acetylornithine deacetylase  32 
 
 
428 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  32.2 
 
 
368 aa  92  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  31.13 
 
 
374 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  30.46 
 
 
369 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0171  peptidase M20  24.23 
 
 
341 aa  90.1  6e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2313  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.68 
 
 
389 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0897692 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  30.38 
 
 
374 aa  89.7  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2044  acetylornithine deacetylase  27.54 
 
 
392 aa  89.7  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.234319  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  28.85 
 
 
364 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.72 
 
 
398 aa  89  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0256  acetylornithine deacetylase  28.44 
 
 
385 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1025  peptidase M20  28.76 
 
 
362 aa  88.6  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  25.66 
 
 
379 aa  87.4  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3515  peptidase M20  31.17 
 
 
377 aa  87  5e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1500  peptidase  26.13 
 
 
394 aa  86.7  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.22 
 
 
379 aa  86.7  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  31.27 
 
 
376 aa  86.7  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  30.74 
 
 
393 aa  85.5  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1014  acetylornithine deacetylase (ArgE)  25.82 
 
 
393 aa  84.7  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00488739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6175  acetylornithine deacetylase  30.65 
 
 
384 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  31.68 
 
 
385 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0287  peptidase M20  30.39 
 
 
373 aa  84  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  27.38 
 
 
416 aa  84.3  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.85 
 
 
388 aa  84.3  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0769  acetylornithine deacetylase  29.45 
 
 
386 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.811427 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.69 
 
 
395 aa  83.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2580  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  33.6 
 
 
357 aa  84  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5256  acetylornithine deacetylase  28.83 
 
 
406 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000221107  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4203  peptidase M20  27.54 
 
 
360 aa  83.6  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0267175  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5407  acetylornithine deacetylase  31.4 
 
 
387 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532883  normal  0.0112485 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1969  acetylornithine deacetylase  29.36 
 
 
406 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.850845  normal  0.0303442 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6134  acetylornithine deacetylase  28.83 
 
 
406 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131137  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1945  acetylornithine deacetylase  28.83 
 
 
406 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1860  acetylornithine deacetylase  28.83 
 
 
406 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000219748  hitchhiker  0.0000660568 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0331  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.3 
 
 
388 aa  82.8  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1296  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  27.11 
 
 
375 aa  82.8  0.000000000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00178496 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  27.02 
 
 
404 aa  82.8  0.000000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7452  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.22 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.248803  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  30.26 
 
 
380 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1326  acetylornithine deacetylase  29.05 
 
 
406 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000659455  hitchhiker  0.00151978 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1312  acetylornithine deacetylase  29.63 
 
 
398 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00749769  normal  0.95577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0439  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.43 
 
 
391 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3428  peptidase M20  25.21 
 
 
356 aa  82  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00953913  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  26.46 
 
 
412 aa  81.6  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1873  acetylornithine deacetylase  28.57 
 
 
404 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0968397  normal  0.014477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0401  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.97 
 
 
391 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309762  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5672  acetylornithine deacetylase  30.67 
 
 
387 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16138  normal  0.344042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>