More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0805 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
371 aa  758    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.390833 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25960  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  64.39 
 
 
359 aa  461  1e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129356  normal  0.963419 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0998  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.57 
 
 
371 aa  424  1e-117  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.56 
 
 
397 aa  402  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2929  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.95 
 
 
394 aa  401  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511731 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3752  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.25 
 
 
357 aa  390  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0165343  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2805  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.1 
 
 
374 aa  390  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2525  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.38 
 
 
378 aa  388  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000873561 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.47 
 
 
354 aa  382  1e-105  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7949  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.05 
 
 
371 aa  381  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4134  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.02 
 
 
357 aa  379  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.100674  normal  0.0650172 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1143  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.14 
 
 
378 aa  377  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.575079  decreased coverage  0.00167008 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3899  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.16 
 
 
354 aa  374  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0558004  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5500  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.79 
 
 
358 aa  372  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230023  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11210  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.96 
 
 
370 aa  370  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.331267  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1200  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.71 
 
 
354 aa  367  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.89 
 
 
401 aa  364  2e-99  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3022  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.29 
 
 
351 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.654756  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1172  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.87 
 
 
353 aa  362  6e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.258754  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0773  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.41 
 
 
359 aa  360  2e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.743362  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8429  dipeptidase  55.75 
 
 
353 aa  357  9.999999999999999e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.628473  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15460  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.33 
 
 
378 aa  357  9.999999999999999e-98  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.213876  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06290  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.26 
 
 
358 aa  352  7e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1160  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.48 
 
 
369 aa  350  3e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4301  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.28 
 
 
367 aa  347  2e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal  0.667956 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2180  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.97 
 
 
354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136819  normal  0.30884 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3855  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.96 
 
 
359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.149878 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.28 
 
 
375 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.230632  normal  0.0555085 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11226  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.56 
 
 
354 aa  335  9e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4515  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.53 
 
 
354 aa  335  1e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113007  normal  0.287636 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.44 
 
 
356 aa  329  4e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.1255  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4242  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.99 
 
 
366 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156168 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.99 
 
 
366 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.75558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4086  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.99 
 
 
366 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3315  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.07 
 
 
364 aa  319  5e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.621792  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0874  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.86 
 
 
376 aa  317  2e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.254055  normal  0.247532 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0594  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  35.54 
 
 
356 aa  220  3e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0072  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.86 
 
 
354 aa  208  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3891  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.67 
 
 
368 aa  193  5e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.909274  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3969  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.11 
 
 
368 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3828  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  36.11 
 
 
368 aa  189  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3942  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.1 
 
 
361 aa  187  4e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0243581 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0661  peptidase M20  36.97 
 
 
344 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5271  peptidase M20  36.87 
 
 
368 aa  179  5.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.2 
 
 
366 aa  103  7e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  31.05 
 
 
368 aa  100  4e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  31.43 
 
 
378 aa  98.2  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  26.36 
 
 
365 aa  97.4  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4976  acetylornithine deacetylase  31.25 
 
 
376 aa  94  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0778383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0239  acetylornithine deacetylase  28.48 
 
 
428 aa  93.6  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.35 
 
 
387 aa  92  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3515  peptidase M20  28.28 
 
 
377 aa  90.1  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1860  acetylornithine deacetylase  30 
 
 
406 aa  89.7  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000219748  hitchhiker  0.0000660568 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.84 
 
 
365 aa  89  1e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.119075  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0990  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.9 
 
 
365 aa  88.6  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1312  acetylornithine deacetylase  29.2 
 
 
398 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00749769  normal  0.95577 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.28 
 
 
398 aa  88.2  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5256  acetylornithine deacetylase  29.25 
 
 
406 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000221107  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6134  acetylornithine deacetylase  29.38 
 
 
406 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131137  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1933  acetylornithine deacetylase  29.71 
 
 
406 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0058469  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1945  acetylornithine deacetylase  29.38 
 
 
406 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  30.87 
 
 
364 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.3 
 
 
442 aa  87.4  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1969  acetylornithine deacetylase  29.55 
 
 
406 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.850845  normal  0.0303442 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  30.72 
 
 
369 aa  86.7  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1905  acetylornithine deacetylase  30.84 
 
 
397 aa  86.7  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119437  normal  0.233853 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.57 
 
 
376 aa  86.7  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  28.81 
 
 
380 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0377  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.81 
 
 
389 aa  85.9  0.000000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000963652  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0688  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.28 
 
 
365 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1025  peptidase M20  26.23 
 
 
362 aa  85.1  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1166  acetylornithine deacetylase  27.42 
 
 
384 aa  85.1  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0439  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.01 
 
 
391 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  29.29 
 
 
374 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.12 
 
 
385 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1576  acetylornithine deacetylase  30.53 
 
 
397 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.398543  normal  0.0213097 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.64 
 
 
365 aa  84.3  0.000000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.467708  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.21 
 
 
383 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.23 
 
 
363 aa  84.3  0.000000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0445  acetylornithine deacetylase  26.63 
 
 
390 aa  84.3  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.35 
 
 
399 aa  84.3  0.000000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.72 
 
 
400 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.47 
 
 
379 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  26.87 
 
 
379 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  28.05 
 
 
375 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1326  acetylornithine deacetylase  28.31 
 
 
406 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000659455  hitchhiker  0.00151978 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.3 
 
 
380 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1359  acetylornithine deacetylase  28.53 
 
 
404 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.97 
 
 
413 aa  82.8  0.000000000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  29.69 
 
 
376 aa  82.8  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1172  acetylornithine deacetylase  26.67 
 
 
384 aa  82.4  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.87 
 
 
407 aa  82.4  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0171  peptidase M20  24.23 
 
 
341 aa  82.8  0.00000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.93 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.08 
 
 
370 aa  82.4  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0240606  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.55 
 
 
377 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7452  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.08 
 
 
397 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.248803  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0407  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.23 
 
 
392 aa  81.6  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0369  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.65 
 
 
391 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2527  acetylornithine deacetylase  28.86 
 
 
403 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  hitchhiker  0.00344998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>